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万見
- EMDB-40059: Homo-octamer of PbuCsx28 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-40059
タイトルHomo-octamer of PbuCsx28 protein
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: octameric assembly of csx28
    • タンパク質・ペプチド: Accessory protein Csx28
キーワードCRISPR-associated protein / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Prevotella buccae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Park JU / Kellogg EH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R00 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Csx28 is a membrane pore that enhances CRISPR-Cas13b-dependent antiphage defense.
著者: Arica R VanderWal / Jung-Un Park / Bogdan Polevoda / Julia K Nicosia / Adrian M Molina Vargas / Elizabeth H Kellogg / Mitchell R O'Connell /
要旨: Type VI CRISPR-Cas systems use RNA-guided ribonuclease (RNase) Cas13 to defend bacteria against viruses, and some of these systems encode putative membrane proteins that have unclear roles in Cas13- ...Type VI CRISPR-Cas systems use RNA-guided ribonuclease (RNase) Cas13 to defend bacteria against viruses, and some of these systems encode putative membrane proteins that have unclear roles in Cas13-mediated defense. We show that Csx28, of type VI-B2 systems, is a transmembrane protein that assists to slow cellular metabolism upon viral infection, increasing antiviral defense. High-resolution cryo-electron microscopy reveals that Csx28 forms an octameric pore-like structure. These Csx28 pores localize to the inner membrane in vivo. Csx28's antiviral activity in vivo requires sequence-specific cleavage of viral messenger RNAs by Cas13b, which subsequently results in membrane depolarization, slowed metabolism, and inhibition of sustained viral infection. Our work suggests a mechanism by which Csx28 acts as a downstream, Cas13b-dependent effector protein that uses membrane perturbation as an antiviral defense strategy.
履歴
登録2023年3月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_40059.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_40059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 220 pix.
= 292.6 Å		1.33 Å/pix.
x 220 pix.
= 292.6 Å		1.33 Å/pix.
x 220 pix.
= 292.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.33 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.21349421 - 0.31146443
平均 (標準偏差)0.00012077732 (±0.0054890136)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 292.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: halfmap 1

ファイルemd_40059_half_map_1.map
注釈halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap 2

ファイルemd_40059_half_map_2.map
注釈halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : octameric assembly of csx28

全体名称: octameric assembly of csx28
要素
  • 複合体: octameric assembly of csx28
    • タンパク質・ペプチド: Accessory protein Csx28

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超分子 #1: octameric assembly of csx28

超分子名称: octameric assembly of csx28 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Prevotella buccae (バクテリア)
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: Accessory protein Csx28

分子名称: Accessory protein Csx28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Prevotella buccae (バクテリア)
分子量理論値: 21.910193 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDYMELAKEA FSIICTFIAA YVAYYYAIKQ LHQKSVENIE YAKYQAVLQA HKSLYKLLRF TTNTENEDSI LIWEKTKDGK QEATYYFRK ENIRKFIKEL SKEIYNEGCG IFMSKEALSL ISEYRNIVYG FMLSAQNNPQ ETIRITNRES VERMKKIHQN L SIEIRQAI NLKKRDLRFE NLYFQ

UniProtKB: Uncharacterized protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
200.0 mMKClPotassium chloride
5.0 %C3H8O3Glycerol
1.0 mMC9H15O6PTCEP
0.1 %C24H46O11n-Dodecyl-beta-D-Maltoside
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GRAPHENE OXIDE / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 247026
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio model generation / 詳細: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 58694
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8gi1:
Homo-octamer of PbuCsx28 protein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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