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- EMDB-39556: Cryo-EM structure of the Helicobacter pylori OorDABC complex in t... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39556
タイトルCryo-EM structure of the Helicobacter pylori OorDABC complex in the apo-form
マップデータ
試料
  • 複合体: Helicobacter pylori OorDABC complex in the apo-form
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE
キーワードOxoglutarate Oxidoreductase / Electron Transport / Tricarboxylic Acid Cycle / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / small molecule metabolic process / cellular respiration / thiamine pyrophosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold
類似検索 - ドメイン・相同性
2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta / : / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Lan W / Gao Y / Bi H
資金援助 中国, 7件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82302542 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073899 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570053 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870029 中国
The National Key Research and Development Program of China2018YFC0311003
The National Key Research and Development Program of China2022YFA1305900
Shanghai Rising-Star Program23QA1406400
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase-catalyzed redox cycling effectively targets coccoid forms of Helicobacter pylori.
著者: Xudong Hang / Weiqi Lan / Huang Yanqiang / Hongming Huang / Mingjing Zhang / Liping Zeng / Ting Shi / Yuefan Bai / Zhiyu Yang / Shanwei Hu / Junfan Wang / Linlin Dong / Qian Tong / Jia Jia / ...著者: Xudong Hang / Weiqi Lan / Huang Yanqiang / Hongming Huang / Mingjing Zhang / Liping Zeng / Ting Shi / Yuefan Bai / Zhiyu Yang / Shanwei Hu / Junfan Wang / Linlin Dong / Qian Tong / Jia Jia / Shuzhuang Bi / Qianfeng Xia / Yan Gao / Hongkai Bi /
要旨: Helicobacter pylori, a globally significant pathogen, plays a central etiological role in diverse gastric pathologies ranging from chronic gastritis and peptic ulcers to gastric adenocarcinoma. ...Helicobacter pylori, a globally significant pathogen, plays a central etiological role in diverse gastric pathologies ranging from chronic gastritis and peptic ulcers to gastric adenocarcinoma. Although conventional antibiotics effectively inhibit or kill growing helical H. pylori, metabolically dormant coccoid forms of H. pylori exhibit considerable tolerance, posing a persistent and clinically significant challenge. Here, we report napabucasin (2-acetylfuro-1,4-naphthoquinone) as a redox-cycling antibiotic with potent bactericidal activity against both drug-resistant helical and coccoid forms of H. pylori. Notably, napabucasin does not induce acquired resistance in vitro and demonstrates superior efficacy compared to standard triple therapy in murine infection models. Mechanistic studies reveal that napabucasin acts through 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase (OOR)-catalyzed futile redox cycling, generating bactericidal levels of reactive oxygen species (ROS). Compared to menaquinone 6, a proposed physiological electron acceptor, napabucasin exhibits enhanced oxidative capacity. Structural, biochemical, and microbiological analyses identify Leu44 and Lys46 within the OorD subunit as critical residues for napabucasin recognition and catalysis. These findings establish OOR-mediated redox cycling as a robust antimicrobial strategy that sustains endogenous ROS production to combat refractory H. pylori infections.
履歴
登録2024年3月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月2日-
マップ公開2025年7月2日-
更新2026年1月21日-
現状2026年1月21日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 262.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.471369 - 4.8056083
平均 (標準偏差)-0.0010884068 (±0.12148276)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39556_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39556_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Helicobacter pylori OorDABC complex in the apo-form

全体名称: Helicobacter pylori OorDABC complex in the apo-form
要素
  • 複合体: Helicobacter pylori OorDABC complex in the apo-form
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THIAMINE DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Helicobacter pylori OorDABC complex in the apo-form

超分子名称: Helicobacter pylori OorDABC complex in the apo-form / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)

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分子 #1: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase

分子名称: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
分子量理論値: 12.467625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKMSTPDGV AVWVNEDRCK GCDICVSVCP AGVLGMGIEK ERVLGKVAKV AYPESCIGCV QCELHCPDFA IYVADRKDFK FAKVSKEAQ ERSEKVKANK YMLLEETILE GRGK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A0B2EGL0

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分子 #2: 2-oxoglutarate synthase subunit alpha

分子名称: 2-oxoglutarate synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
分子量理論値: 41.565902 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MREIISDGNE LVAKAAIEVG CRFFGGYPIT PSSDIMHAMS VALPKCGGHF IQMEDEISGI SVSLGASMSG TKSMTASSGP GISLKVEQI GYSFMAEIPL VIADVMRSGP STGMPTRVAQ GDVNFLKHPI HGDFKAVALA PASLEEAYTE TVRAFNLAEM L MTPVFLLM ...文字列:
MREIISDGNE LVAKAAIEVG CRFFGGYPIT PSSDIMHAMS VALPKCGGHF IQMEDEISGI SVSLGASMSG TKSMTASSGP GISLKVEQI GYSFMAEIPL VIADVMRSGP STGMPTRVAQ GDVNFLKHPI HGDFKAVALA PASLEEAYTE TVRAFNLAEM L MTPVFLLM DETVGHMYGK VQIPDLEEVQ KMTINRKEFV GDKKDYKPYG VAQDEPAVLN PFFKGYRYHV SGLHHGPIGF PT EDAKIGG DLIDRLFHKI ESKQDIINEN EEMDLEGAEI VIIAYGSVSL AVKEALKDYH KESKQKVGFF RPKTLWPSPA KRL KEIGDK YEKILVIELN KGQYLEEIER AMQRKVHFFG QANGRTISPK QIIAKLKEL

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A2T6W5S4

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分子 #3: 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta

分子名称: 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 2-oxoglutarate synthase
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
分子量理論値: 30.481701 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAFNYDEYLR VDKIPTLWCW GCGDGVILKS IIRTIDALGW KMDDVCLVSG IGCSGRMSSY VNCNTVHTTH GRAVAYATGI KMANPSKHV IVVSGDGDGF AIGGNHTMHA CRRNIDLNFI LVNNFIYGLT NSQTSPTTPN GMWTVTAQWG NIDNQFDPCA L TTAAGASF ...文字列:
MAFNYDEYLR VDKIPTLWCW GCGDGVILKS IIRTIDALGW KMDDVCLVSG IGCSGRMSSY VNCNTVHTTH GRAVAYATGI KMANPSKHV IVVSGDGDGF AIGGNHTMHA CRRNIDLNFI LVNNFIYGLT NSQTSPTTPN GMWTVTAQWG NIDNQFDPCA L TTAAGASF VARESVLDPQ KLEKVLKEGF SHKGFSFFDV HSNCHINLGR KNKMGEASQM LKWMESRLVS KRQFEAMSPE ER VDKFPTG VLRHDTDRKE YCEAYQEIIE KAQGKQ

UniProtKB: 2-oxoglutarate ferredoxin oxidoreductase subunit beta

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分子 #4: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase

分子名称: 2-oxoglutarate:acceptor oxidoreductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Helicobacter pylori (ピロリ菌)
分子量理論値: 20.253453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEAQLRFTGV GGQGVLLAGE ILAEAKIVSG GYGTKTSTYT SQVRGGPTKV DILLDKDEII FPYAKEGEID FMLSVAQISY NQFKSDIKQ GGIVVIDPNL VTPTKEDEEK YQIYKIPIIS IAKDEVGNII TQSVVALAIT VELTKCVEEN IVLDTMLKKV P AKVADTNK KAFEIGKKHA LEALKVRA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A0B2EEZ8

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: THIAMINE DIPHOSPHATE

分子名称: THIAMINE DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: TPP
分子量理論値: 425.314 Da
Chemical component information

ChemComp-TPP:
THIAMINE DIPHOSPHATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 186894
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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