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- EMDB-39501: Cryo-EM structure of human lanosterol 14alpha-demethylase (CYP51)... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39501
タイトルCryo-EM structure of human lanosterol 14alpha-demethylase (CYP51) in complex with FLZ
マップデータ
試料
  • 複合体: Lanosterol 14-alpha demethylase
    • タンパク質・ペプチド: Lanosterol 14-alpha demethylase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (~{E})-2-(2,5-dimethoxyphenyl)-~{N}-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enamide
キーワードCYP51A1 / FLZ / cryo-EM / Parkinson's disease / Alzheimer's disease / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol biosynthetic process via 24,25-dihydrolanosterol / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol metabolic process / steroid biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cholesterol biosynthetic process ...cholesterol biosynthetic process via 24,25-dihydrolanosterol / sterol 14alpha-demethylase / sterol 14-demethylase activity / negative regulation of amyloid-beta clearance / sterol metabolic process / steroid biosynthetic process / Cholesterol biosynthesis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of protein secretion / Endogenous sterols / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of protein catabolic process / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
Lanosterol 14-alpha demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Zhou LC
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of human lanosterol 14alpha-demethylase (CYP51) in complex with FLZ
著者: Zhou LC
履歴
登録2024年3月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月26日-
マップ公開2025年3月26日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39501.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å		1.08 Å/pix.
x 280 pix.
= 302.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.46
最小 - 最大-2.4589643 - 3.2997663
平均 (標準偏差)0.0049709766 (±0.051239498)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 302.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39501_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39501_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lanosterol 14-alpha demethylase

全体名称: Lanosterol 14-alpha demethylase
要素
  • 複合体: Lanosterol 14-alpha demethylase
    • タンパク質・ペプチド: Lanosterol 14-alpha demethylase
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (~{E})-2-(2,5-dimethoxyphenyl)-~{N}-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enamide

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超分子 #1: Lanosterol 14-alpha demethylase

超分子名称: Lanosterol 14-alpha demethylase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Lanosterol 14-alpha demethylase

分子名称: Lanosterol 14-alpha demethylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: sterol 14alpha-demethylase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.470188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAKKTSSKGK LPPYIFSPIP FLGHAIAFGK SPIEFLENAY EKYGPVFSFT MVGKTFTYLL GSDAAALLFN SKNEDLNAED VYSRLTTPV FGKGVAYDVP NPVFLEQKKM LKSGLNIAHF KQHVSIIEKE TKEYFESWGE SGEKNVFEAL SELIILTASH C LHGKEIRS ...文字列:
MAKKTSSKGK LPPYIFSPIP FLGHAIAFGK SPIEFLENAY EKYGPVFSFT MVGKTFTYLL GSDAAALLFN SKNEDLNAED VYSRLTTPV FGKGVAYDVP NPVFLEQKKM LKSGLNIAHF KQHVSIIEKE TKEYFESWGE SGEKNVFEAL SELIILTASH C LHGKEIRS QLNEKVAQLY ADLDGGFSHA AWLLPGWLPL PSFRRRDRAH REIKDIFYKA IQKRRQSQEK IDDILQTLLD AT YKDGRPL TDDEVAGMLI GLLLAGQHTS STTSAWMGFF LARDKTLQKK CYLEQKTVCG ENLPPLTYDQ LKDLNLLDRC IKE TLRLRP PIMIMMRMAR TPQTVAGYTI PPGHQVCVSP TVNQRLKDSW VERLDFNPDR YLQDNPASGE KFAYVPFGAG RHRC IGENF AYVQIKTIWS TMLRLYEFDL IDGYFPTVNY TTMIHTPENP VIRYKRRSKH HHH

UniProtKB: Lanosterol 14-alpha demethylase

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分子 #2: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #3: (~{E})-2-(2,5-dimethoxyphenyl)-~{N}-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-3-...

分子名称: (~{E})-2-(2,5-dimethoxyphenyl)-~{N}-[2-(4-hydroxyphenyl)ethyl]-3-(3-methoxy-4-oxidanyl-phenyl)prop-2-enamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: A1D61
分子量理論値: 449.496 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 2.56 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 287217
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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