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- EMDB-34952: Neck of DT57C bacteriophage in the full state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34952
タイトルNeck of DT57C bacteriophage in the full state
マップデータ
試料
  • ウイルス: Tequintavirus DT57C (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Head completion protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail terminator protein
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein
キーワードNeck / Portal / T5 / VIRUS / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Head completion protein / : / Bacteriophage Tail Tube Terminator Protein / : / : / Tape measure protein N-terminal / Tape measure protein C-terminal / Bacteriophage/Gene transfer agent portal protein / Phage portal protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Head completion protein / Portal protein / Tape measure protein / Tail terminator protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia phage DT57C (ファージ) / Tequintavirus DT57C (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ayala R / Moiseenko AV / Chen TH / Kulikov EE / Golomidova AK / Orekhov PS / Street MA / Sokolova OS / Letarov AV / Wolf M
資金援助 ロシア, 日本, 4件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation21-44-07002 ロシア
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21K20645 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06581 日本
Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries (MAFF)20320378 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Nearly complete structure of bacteriophage DT57C reveals architecture of head-to-tail interface and lateral tail fibers.
著者: Rafael Ayala / Andrey V Moiseenko / Ting-Hua Chen / Eugene E Kulikov / Alla K Golomidova / Philipp S Orekhov / Maya A Street / Olga S Sokolova / Andrey V Letarov / Matthias Wolf /
要旨: The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a ...The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a different receptor (BtuB) and features highly divergent lateral tail fibers (LTF). Considerable portions of T5-like phages remain structurally uncharacterized. Here, we present the structure of DT57C determined by cryo-EM, and an atomic model of the virus, which was further explored using all-atom molecular dynamics simulations. The structure revealed a unique way of LTF attachment assisted by a dodecameric collar protein LtfC, and an unusual composition of the phage neck constructed of three protein rings. The tape measure protein (TMP) is organized within the tail tube in a three-stranded parallel α-helical coiled coil which makes direct contact with the genomic DNA. The presence of the C-terminal fragment of the TMP that remains within the tail tip suggests that the tail tip complex returns to its original state after DNA ejection. Our results provide a complete atomic structure of a T5-like phage, provide insights into the process of DNA ejection as well as a structural basis for the design of engineered phages and future mechanistic studies.
履歴
登録2022年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34952.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34952.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.4 Å/pix.
x 300 pix.
= 420. Å		1.4 Å/pix.
x 300 pix.
= 420. Å		1.4 Å/pix.
x 300 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.1
最小 - 最大-9.474767 - 31.962872000000001
平均 (標準偏差)-0.01705147 (±0.97205377)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34952_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34952_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34952_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tequintavirus DT57C

全体名称: Tequintavirus DT57C (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Tequintavirus DT57C (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Head completion protein
    • タンパク質・ペプチド: Tail terminator protein
    • タンパク質・ペプチド: Tape measure protein

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超分子 #1: Tequintavirus DT57C

超分子名称: Tequintavirus DT57C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1567006 / 生物種: Tequintavirus DT57C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ)
分子量理論値: 45.408574 KDa
配列文字列: MGFKSWITEK LNPGQRIIRD MEPVSHRTNR KPFTTGQAYS KIEILNRTAN MVIDSAAECS YTVGDKYNIV TYANGVKTKT LDTLLNVRP NPFMDISTFR RLVVTDLLFE GCAYIYWDGT SLYHVPAALM QVEADANKFI KKFIFNNQIN YRVDEIIFIK D NSYVCGTN ...文字列:
MGFKSWITEK LNPGQRIIRD MEPVSHRTNR KPFTTGQAYS KIEILNRTAN MVIDSAAECS YTVGDKYNIV TYANGVKTKT LDTLLNVRP NPFMDISTFR RLVVTDLLFE GCAYIYWDGT SLYHVPAALM QVEADANKFI KKFIFNNQIN YRVDEIIFIK D NSYVCGTN SQISGQSRVA TVIDSLEKRS KMLNFKEKFL DNGTVIGLIL ETDEILNKKL RERKQEELQL DYNPSTGQSS VL ILDGGMK AKPYSQISSF KDLDFKEDIA GFNKSICLAF GVPQVLIDGG NNANIRPNIE LFYYMTIIPM LNKLTSSLTF FFG YKITPN TKEVAALTPD KEAEAKHLTS LVNNGIMTGN EARLELNLEP LDDEQMNRIR IPANVAGSAT GVSGQEGGRP QGST EGDKE

UniProtKB: Portal protein

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分子 #2: Head completion protein

分子名称: Head completion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ)
分子量理論値: 19.2039 KDa
配列文字列:
MQIITAEDYR LYGGLKRPEL ESGVEMMITA ANALITSLLG MDDADAVDQL INTKPTRKKY FLSSPSATSV TKMTINDKEI DPEQYKLYS DGVILLKFSP PEGYMDVEYT QGGFNPIPED LKLAACMLVD HWHKQDYRQA KTIGGETVTF NNTKSGIPEH I RTIIEVYR RV

UniProtKB: Head completion protein

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分子 #3: Tail terminator protein

分子名称: Tail terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ)
分子量理論値: 18.317475 KDa
配列文字列:
MDHRTSIAQA LVDRIAQQMD GSQPDEYFNN LYGNVSRQTY KFEEIREFPY VAVHIGTETG QYLPSGQQWM FLELPILVYD KEKTDIQEQ LEKLVADIKT VIDTGGNLEY TVSKPNGSTF PCEATDMSIT SVSTDEGLLA PYGLAEINVT VRYQPPRRSL R R

UniProtKB: Tail terminator protein

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分子 #4: Tape measure protein

分子名称: Tape measure protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage DT57C (ファージ)
分子量理論値: 132.626406 KDa
配列文字列: MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP KTLYSIERAA DRAAKSLTKM QASRGMAGIT KSIDSIGAK LDDLSIAMIE VADKLEAGFD GVSRSVKVMG NDVAAATEKV QDRLYDTNRV LGGTARGFND TAGAAGRASR A IGNTSGSA ...文字列:
MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP KTLYSIERAA DRAAKSLTKM QASRGMAGIT KSIDSIGAK LDDLSIAMIE VADKLEAGFD GVSRSVKVMG NDVAAATEKV QDRLYDTNRV LGGTARGFND TAGAAGRASR A IGNTSGSA RGATRDFAAM AKVGGGLPLL YAAIASNIFV LQSAFEQLKL GDQLNRLEEF GVIVGTQTGT PVQSLARSLQ EA AGYAISF EEAMRQASSA SAYGFDAEQL NKFGLVARRA AAVLGVDMTD ALNRVIKGVS KQEIELLDEL GVTIRLNDAY ADY VKQLNA ANTGITYNIN SLTTFQKQQA YANAVIAEST KRFGYLDEVL RATPWEQFAA NADAALRTIQ QAAAKYLGPV IDAI NTVFY TSQASISAEA ARAQEQTNKQ IDPTNVGAVA LSLSASEEGY NKALDMYKES LDKRNKLKSE FDKRMEQADF YTKLA IRQV GEGIPAGLAT AGASEANKKF VEETAAMGLQ VARLDKEVTD STENLNAWKS AYQAAGAAAA KANPEFQKQI NLQRDT TDP GAVYDFNSTV LKGLTEQQKA YNQTKKTASD LANDIQNVAQ NTDTAAKTSA TLADAIKNIE SLSLGTGKSA DEYVKNL NL GYNTLSEMKT ASQALSEYVK LTGNETKNQL AVQQKIADVY NQTKDKEKAQ EAGRRLELQQ LEEQEAALRR VLQTNQGN K AVEREIEKIQ LEKIKLTNQG MEAQKKVKDY TDKILGVDRE IALLNNRTMT DTQYRLAQLN LELTIEKEKY EWYTKQADK QKEAEQSRRA QAQIEREIWK FHQDQQAEMT SKRQEAFENT LTSMFPLAGE MQKMEMQLDF YTQMKELTKD NANEQMRWNA EIAKTRAQM SALTAQRNAQ MQSSVGSSLG AVYTPTTGLS GEDKKFADMG NQLASYDQAI SKLSELNSEA TAVAQSMGNL A NAMIQFSQ GSLDTTSTIA VGMQTVASMI QYSTSQQVSA IDQAIAAEQK RDGKSEASKA KLKKLEAEKL KIQQDAAKKQ II IQTAVAV MQAATAVPYP FSIPLMIAAG LAGALALAQA SSASGMSSIG DSGADTASYL TLGERQKNID VSMSANAGEL SYV RGDKGI GNANSFVPRA EGGNMYPGVS YQMGEHGTEV VTPMVPMKAT PNDELKNSSN STAGRPIILN ISAMDAASFR EFAS SNSGA LRDAVELALN ENGASLKTLG NS

UniProtKB: Tape measure protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio model generated in cryoSPARC
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34102
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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