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- EMDB-34895: base module state 1 of Tetrahymena IFT-A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34895
タイトルbase module state 1 of Tetrahymena IFT-A
マップデータ
試料
  • 複合体: IFT-A_base-1
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: WD40 repeat protein
    • タンパク質・ペプチド: Tetratricopeptide repeat protein
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 43 homolog
  • リガンド: ZINC ION
キーワードintraflagellar transport complex / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


intraciliary transport particle A / intraciliary retrograde transport / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / non-motile cilium / cilium assembly / cilium
類似検索 - 分子機能
Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats ...Intraflagellar transport protein 43 / Intraflagellar transport protein 43 / Tetratricopeptide repeat protein 21A/21B / WD repeat protein 35 / Intraflagellar transport protein 122 homolog / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tetratricopeptide repeat protein / Uncharacterized protein / WD40 repeat protein / Intraflagellar transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Ma Y / Wu J / Lei M
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the intraflagellar transport complex IFT-A and its assembly in the anterograde IFT train.
著者: Yuanyuan Ma / Jun He / Shaobai Li / Deqiang Yao / Chenhui Huang / Jian Wu / Ming Lei /
要旨: Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and ...Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and signaling. IFT-A plays crucial roles in the ciliary import of membrane proteins and the retrograde cargo trafficking. However, the molecular architecture of IFT-A and the assembly mechanism of the IFT-A into the IFT trains in vivo remains elusive. Here, we report the cryo-electron microscopic structures of the IFT-A complex from protozoa Tetrahymena thermophila. We find that IFT-A complexes present two distinct, elongated and folded states. Remarkably, comparison with the in situ cryo-electron tomography structure of the anterograde IFT train unveils a series of adjustments of the flexible arms in apo IFT-A when incorporated into the anterograde train. Our results provide an atomic-resolution model for the IFT-A complex and valuable insights into the assembly mechanism of anterograde IFT trains.
履歴
登録2022年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月14日-
マップ公開2023年6月14日-
更新2023年6月14日-
現状2023年6月14日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34895.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0196
最小 - 最大-0.071930334 - 0.14259094
平均 (標準偏差)0.00004042868 (±0.0037170933)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 369.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34895_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34895_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : IFT-A_base-1

全体名称: IFT-A_base-1
要素
  • 複合体: IFT-A_base-1
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 122 homolog
    • タンパク質・ペプチド: WD40 repeat protein
    • タンパク質・ペプチド: Tetratricopeptide repeat protein
    • タンパク質・ペプチド: Intraflagellar transport protein 43 homolog
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: IFT-A_base-1

超分子名称: IFT-A_base-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)

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分子 #1: Intraflagellar transport protein 122 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 143.939422 KDa
配列文字列: MKCSELWTEI IPKNDPNSNI TNQVWSCSFN NDGSILLACV GDAILVYDSF TGNLVNKAIR GGQKEQINCI KFSKDGKRFA TASNDKTVW VWSFDVNKNP KLAPEVKYSH TDKVLCLAFN PLTHQIFSGG AQDYALWTPD QQSIEKSKFK DKIITCAWSW D GLYLGFGT ...文字列:
MKCSELWTEI IPKNDPNSNI TNQVWSCSFN NDGSILLACV GDAILVYDSF TGNLVNKAIR GGQKEQINCI KFSKDGKRFA TASNDKTVW VWSFDVNKNP KLAPEVKYSH TDKVLCLAFN PLTHQIFSGG AQDYALWTPD QQSIEKSKFK DKIITCAWSW D GLYLGFGT MGGIIGIRNR ALEQLAEIQR SFPIWCMDWT PITPDYQNSV LVVGVWEQSI AHYNIQGQQL GSDKKLTYDP ID INFSTQG EFLLVSGTNN KCTLYTREGG FLIDVATKND WVWNNKLKPV IKEAGSVAVQ DQLHVALTTN DGEISMFKIQ QLT VHALEG DKYAYRDNLT DIVVQSMSSN QRIRLKCKEL VKNISIYKDK LAAHLTERIL IYGTSSEDSQ MKYKLHKRIV KKVE AHILE IVSNHLIACV KNKVQLYQLS GDLEKEWVFD SRVNCIKIIG GMPNKEGAYV GLKNGQIFKI FVDNSFPIPI LNHNI SIKN IDASQKRKRL AVVDKNSNLT VYDLSNKEQV FQEMNIVSCA FNNNFDDLLA FSSTDTTFIR CSNHPPLSQK ISGQVV GFK ANKLFVLNDN VMSTIDVSMT QTMIKYLERK EFQSAYEISL LGVTDQDFLY LGNEALIATQ FAIARKCYTR IKKLDFI YL LEKAEKDFKK NTFVEGFYQG EIYALQTKFY EAENALTKSN LASQAKEMWI ILKEFDKAMR ITDTGASPIN RGQNKEIN S DASRKDLLIQ RAEWEVKQGN WKKGGELYIQ AEVYKKAIEV YVTNNFSEGI VEVCRNADAE TQRKEIEQCA AYFKKAKLH QYTKEAYLKL QDNKALLQLN IDLEKWDEAM TLAKAHPEFM EIVKLPYANW LAKQDRYEES LKAYRKIGKH DMATKMLYNL SQNAVFEKR FSDAALFTWM IATEHLGLIR NMKAPTPEDI ENLMKFYQYR DDAEIYFAYS KVQSFVDEPF LPLSGHAYML N IFNAARFA INKLGNRQLY GVQHSYLYYS LGKVSKQLEG YKTARICYEK LASYKIPTEW SEEIELSTLL IRSKPYSDQE SL LPICNRC YNQNPALTEG NRCSSCMHQF QNCFISFENL PLVEFKLDPK ITHKRFIELI NSDKSKTQPN KKKKKANDGW QES HQGDQQ VLTFNNSPQK GGNDNESSPF LDKLNEVFEI QQTTQEYIPV TLDENIVSSL SIDEVYWVDY TKYCYTAEIK YYKS MLTDI PLKNCQECGT FYILDEYEFE ISKTQKCPFC RSVDERAGPQ KDVFDF

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分子 #2: WD40 repeat protein

分子名称: WD40 repeat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 138.076984 KDa
配列文字列: MFVFLSKKIG MPNNAKIEAV CWNKEQGWIA AGGEKGILKV LKIEDQRQKD GSNPTTTGQL LVNNTLEYHT SNVYLVTWND RYRKLTSVE ENGIIVVWAY FRELQLWKEE MINDRKKSVV RDLKWSPDGQ KVCIAYEDGA VIVGSVEGSP LWRKEFPHKL A LIEWSPDS ...文字列:
MFVFLSKKIG MPNNAKIEAV CWNKEQGWIA AGGEKGILKV LKIEDQRQKD GSNPTTTGQL LVNNTLEYHT SNVYLVTWND RYRKLTSVE ENGIIVVWAY FRELQLWKEE MINDRKKSVV RDLKWSPDGQ KVCIAYEDGA VIVGSVEGSP LWRKEFPHKL A LIEWSPDS KMMIFGTPEG EVRVYDSQGM EMQRLKIHCL QKLIDPSKSF SPDLPLAAID WFPQAKMYTD DTPPGLCIAY QC GRVQLMK NEKDDEPVLI DTMMKIFTVK WNPSGSMFAI SGTQDENGEL KGVVQFYSNA GHHLKTLRVP GSDRVTGVSW EGS GLRIAM AVNQAIFFAN IKPDHKWAYM SDGTLAFAYQ KIDRVEYTII FWDTINNKKN LKFVKNLCCL RASGDLCCIV TELI GYDLW QIDLCNSIGS PIDSKQINIY PNAVTMTKTH IIVCSQDHVY AWQYKNQVER LTTFEQQTGL RRVGREQAWF IDKEN DSNN QYDKDTYDVE PQSEDVICTV AANENFLLVA RISGTINVYT FPHISLENKL HIQTRPSQMS LNKDATRLAI IDHNGN LNI LKITPQGDEL LPFEKKECWF VKYSDDIPES FVFMERSRMY IVNDQTPEEP IITEGYICQY KDFQVKIVYL DDIMKSP DG VLRKEELTLE IEANILKDIK DQLYKKSMQE MFIVIKQHDN DCLWRVYAKK ALEDNDFDSA ENAFVQCKDY ASLKFLQR V RELDDRERQR AEIQCYFNKV EEAEEIYNKI ERRDLSIQMR MKLGDWAQVV DQIREGTGQD VELQKARLEL GNYYAENFQ WDKAAKQYAL AKYNPGLIEA YTRIQDYEGL EKLIAEIPER NELLQDMGDR FQQAGLCDAA VKCYEKFGDI KQAIDCCVLL NHWNLAVEL AEQYNFVQIE GLLVQYANQL LEKRRKLEAA ELYRKAKRNT EAAKILSQIA DDLTERDANP LNIKKMYVMA A LEVDLYKK RMLDATMTGQ ATSTAKTLNS LITSTINTSS ADKILNNPWR GAEAWHFFIL AQRQLYNGQF KYALKSALRL GE YELEIDQ KKIYSLIAIA AYYNKSFREC SRAFVKLQNL ENITEDEKER YEAIAVSIFT KHPPLDSPCE YTPCVGKNCS QQV SEYDIH CRACGSNFSP CVASGRPIFQ KEFYQCKNCR HKMIESEVSR LKLYNCALCH SPIDFKRFTE SNNNNNNNI

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分子 #3: Tetratricopeptide repeat protein

分子名称: Tetratricopeptide repeat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 154.216141 KDa
配列文字列: MQNQQQKMQT ILIAQSQVYY YIREGFWSTM QRFCQEQYKA FGDPFFIFWK AYGLYQEGLP NEAINELTSI QHKKEIQYAT IVALITYHL STNIVDRETV QNLKFEESTQ RRLSSDKAIC LAAFFYAFNK EHAKARDLID EIHSDNFNIR IASAWCYLLE G GKFLEKSV ...文字列:
MQNQQQKMQT ILIAQSQVYY YIREGFWSTM QRFCQEQYKA FGDPFFIFWK AYGLYQEGLP NEAINELTSI QHKKEIQYAT IVALITYHL STNIVDRETV QNLKFEESTQ RRLSSDKAIC LAAFFYAFNK EHAKARDLID EIHSDNFNIR IASAWCYLLE G GKFLEKSV QLFEELYNEQ HEINKNLESL MGRSKANEMI KKFDISLNTI NEINVLYPDF KGGLIEKAKL LMTVDDWEQL VD YCNKILY DDDKNIMALM LLTFYTFARE GDIETGCERL QKLIQAVEFS ESRNMQLMFK ISQVFSRISG RNTQILKFTM KLV NQCKQL SPLNAQYFCE LAQQLLMVNQ FERAEQYFQE ASAIDVDNKE CLMGLILSKI MQGQTEDAES QIDFINQTTN NGER TSEIA YLEALVSTKQ ENVDPRVTIK LLEESLKLHI AQANRLYPSF DFYIVLNPDF LMSLSQAYFF QVGMKEMLAG KQPQN GVAS KGTKLLDFII KKIPGLIPAY LLQAKGKMSM GNTQEALKSV TKVIEQDPKN EEAYILSAMI ASSSKNFSLA QNQLQQ ALS NNFMIRDNPL FMLVKGEVEY AQGSYQACLE TMKAAYEIPE VKDKANQSKV VSAMSVLQFS DKDRCSIFLL YAKALQQ NN NSKEAKKIMT QAISQFTGTT EEVNVLIANS EIALQSGDVK KAISILKGVP QESPYFLRAR QILADVYLDQ LRDRRNYA K CYADLIEIDP SFDNYKMLGD ALMKIREPEE ASRAYEKAAL IKPDDEQIIQ LLGLSLCQTH DYNKALTYYE NALRMNPKR LDLIIDLGKL CIQIKNFNRA EEILKPDIFS DEYQLPTYQN LKRNQEGFYL IAKLNIKRTP PGVFTPIDMY RKALKKSIQI QIDVIEKAK QEGEDVEKER KTLADMYIEL AKYTNQYEKN EKATLDILAE ASKYTNNQDT MSKTVGNQEK ILELEVQMYF K SNQKLECE NKCNLLLKLN PNNDLACLTL AELLLQKDEY SQAIEQFKKI LQDRPNNYGI LAKLIDFFRR SFQINEAKTY IE RAEKKAT NTNDPGLCYC RGLYHKYNRS PKDALNEFSK AKKSSQYAEE SLVNMIDIYL NPDQDLYYSN VEEGPKVVDE VNL RACESL LREMQIRASY LRYIVMESYV FFLGGPRYKG GLEQGLKNLN DILKTNNDYI PAMLALAVGK FIQKKSTDAK NLLK LLWKR QYTTEYGEDL ERAWLLSADS FIAIQKYDSA EEILKKCLKY NQSCGKAEEY MGLIKEKEQS YVDAATHYEK AYKLT NEKS ASIAFRLSFN YLKAKRYVDC INICKKILVL FPNYPKIEKD CLEKARQALK

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分子 #4: Intraflagellar transport protein 43 homolog

分子名称: Intraflagellar transport protein 43 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物)
分子量理論値: 16.711193 KDa
配列文字列:
MAAKGKQGWG FGGKDQNVKI DTSQQDQKKQ NIWEQNNEDL IFVPDLTQEA QEQEVSKVSA PPNQPTVQVQ DINELQKFTK INTLPQTEE GVDLSQLMQI LSPVEDIKEK DEAWEFLQLK TQIYEIVSNM YGGNELIDDD DEDDENQ

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 538078
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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