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- EMDB-34212: Cryo-EM structure of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34212
タイトルCryo-EM structure of BRCA1/BARD1 bound to H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of BRCA1/BARD1 and H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast), isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-H
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (147-MER)
    • タンパク質・ペプチド: H2B
  • タンパク質・ペプチド: Breast cancer type 1 susceptibility protein
  • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated RING domain protein 1
  • リガンド: ZINC ION
キーワードnucleosome / BRCA1/BARD1 / BRCA1 / BARD1 / H2AK127 / H2AK127-UbcH5c-Ub / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mRNA 3'-end processing / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function ...negative regulation of mRNA 3'-end processing / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Negative Regulation of CDH1 Gene Transcription / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Condensation of Prophase Chromosomes / histone H2AK127 ubiquitin ligase activity / histone H2AK129 ubiquitin ligase activity / Defective DNA double strand break response due to BRCA1 loss of function / Defective DNA double strand break response due to BARD1 loss of function / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / BRCA1-BARD1 complex / Cleavage of the damaged purine / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / Metalloprotease DUBs / BRCA1-B complex / BRCA1-A complex / BRCA1-C complex / UCH proteinases / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / negative regulation of centriole replication / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / polytene chromosome / RMTs methylate histone arginines / random inactivation of X chromosome / ubiquitin-modified histone reader activity / chordate embryonic development / gamma-tubulin ring complex / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / regulation of phosphorylation / cellular response to indole-3-methanol / DNA strand resection involved in replication fork processing / nuclear ubiquitin ligase complex / homologous recombination / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in DNA replication, damage repair and senescence / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / tissue homeostasis / Ub-specific processing proteases / lateral element / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of protein export from nucleus / regulation of DNA damage checkpoint / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / XY body / RNA polymerase binding / DNA repair complex / DNA damage tolerance / protein K6-linked ubiquitination / centrosome cycle / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / response to ionizing radiation / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Transcriptional Regulation by E2F6 / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of cell cycle / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / ubiquitin ligase complex / regulation of DNA repair / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein autoubiquitination / Meiotic synapsis / positive regulation of DNA repair / cellular response to ionizing radiation / male germ cell nucleus / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / chromosome segregation / tubulin binding / negative regulation of cell growth / RING-type E3 ubiquitin transferase / G2/M DNA damage checkpoint / double-strand break repair via homologous recombination / Meiotic recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / cellular response to tumor necrosis factor / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / kinase binding / Metalloprotease DUBs / fatty acid biosynthetic process / positive regulation of angiogenesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / p53 binding / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / structural constituent of chromatin / UCH proteinases / KEAP1-NFE2L2 pathway / nucleosome
類似検索 - 分子機能
BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain ...BARD1, Zinc finger, RING-type / zf-RING of BARD1-type protein / Breast cancer type 1 susceptibility protein (BRCA1) / BRCA1, serine-rich domain / BRCA1-associated / Serine-rich domain associated with BRCT / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Ankyrin repeats (3 copies) / Histone 2A / Histone H2A / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4 / Histone H4 / ankyrin repeats / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H3 / Breast cancer type 1 susceptibility protein / Histone H2A type 1-H / BRCA1-associated RING domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Ai HS / Zebin T / Zhiheng D / Jiakun T / Liying Z / Jia-Bin L / Man P / Liu L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005, 81621002 and 21977090 中国
引用ジャーナル: Chem / 年: 2023
タイトル: Synthetic E2-Ub-nucleosome conjugates for studying nucleosome ubiquitination.
著者: Ai HS / Tong Z / Deng Z / Tian J / Zhang L / Sun M / Du Y / Xu Z / Shi Q / Liang L / Zheng Q / Li JB / Pan M / Liu L
履歴
登録2022年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34212.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009
最小 - 最大-0.018249646 - 0.037647523
平均 (標準偏差)0.000043581007 (±0.0017302328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34212_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_34212_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34212_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34212_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of BRCA1/BARD1 and H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

全体名称: Complex of BRCA1/BARD1 and H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
要素
  • 複合体: Complex of BRCA1/BARD1 and H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast), isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-H
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (147-MER)
    • タンパク質・ペプチド: H2B
  • タンパク質・ペプチド: Breast cancer type 1 susceptibility protein
  • タンパク質・ペプチド: BRCA1-associated RING domain protein 1
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Complex of BRCA1/BARD1 and H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome

超分子名称: Complex of BRCA1/BARD1 and H2AK127-UbcH5c-Ub nucleosome
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #9, #1-#3, #5-#6, #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.530447 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQS SAVMALQEAS EAYLVGLFED TNLSAIHAKR VTIMPKDIQ LARRIRGER

UniProtKB: Histone H3

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.123692 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LRDNIQGITK PAIRRLARRG GVKRISGLIY EETRGVLKVF LENVIRDAVT YTEHAKRKTV TAMDVVYALK RQGRTLYGFG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #3: Histone H2A type 1-H

分子名称: Histone H2A type 1-H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.066128 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIRN DEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK K

UniProtKB: Histone H2A type 1-H

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分子 #4: H2B

分子名称: H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.937998 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSARSRKE SYSVYVYKVL KQVHPDTGIS SKAMGIMNSF VNDIFERIAG EASRLAHYNK RSTITSREIQ T AVRLLLPG ELAKHAVSEG TKAVTKYTSA

+
分子 #7: Breast cancer type 1 susceptibility protein

分子名称: Breast cancer type 1 susceptibility protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.626693 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LRVEEVQNVI NAMQKILECP ICLELIKEPV STKCDHIFCK FCMLKLLNQK KGPSQCPLCK NDITKRSLQE STRFSQLVEE LLKIICAFQ LDT

UniProtKB: Breast cancer type 1 susceptibility protein

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分子 #8: BRCA1-associated RING domain protein 1

分子名称: BRCA1-associated RING domain protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.348078 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MEPDGRGAWA HSRAALDRLE KLLRCSRCTN ILREPVCLGG CEHIFCSNCV SDCIGTGCPV CYTPAWIQDL KINRQLDSMI QLCSKLRNL LHD

UniProtKB: BRCA1-associated RING domain protein 1

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分子 #9: Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast), isofo...

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2D 3 (UBC4/5 homolog, yeast), isoform CRA_a
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.657938 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MALKRINKEL SDLARDPPAQ SSAGPVGDDM FHWQATIMGP NDSPYQGGVF FLTIHFPTDY PFKPPKVAFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RSQWSPALTI SKVLLSISSL LSDPNPDDPL VPEIARIYKT DRDKYNRISR EWTQKYAM

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分子 #5: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.604047 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #6: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.145754 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

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分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 68006
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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