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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33605 | |||||||||
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タイトル | PBS of PBS-PSII-PSI-LHCs from Porphyridium purpureum. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / cell adhesion molecule binding / extracellular matrix organization / extracellular matrix / macroautophagy / cell adhesion / lyase activity / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Porphyridium purpureum (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | You X / Zhang X / Cheng J / Xiao YN / Sun S / Sui SF | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: In situ structure of the red algal phycobilisome-PSII-PSI-LHC megacomplex. 著者: Xin You / Xing Zhang / Jing Cheng / Yanan Xiao / Jianfei Ma / Shan Sun / Xinzheng Zhang / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui / 要旨: In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red ...In oxygenic photosynthetic organisms, light energy is captured by antenna systems and transferred to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) to drive photosynthesis. The antenna systems of red algae consist of soluble phycobilisomes (PBSs) and transmembrane light-harvesting complexes (LHCs). Excitation energy transfer pathways from PBS to photosystems remain unclear owing to the lack of structural information. Here we present in situ structures of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplexes from the red alga Porphyridium purpureum at near-atomic resolution using cryogenic electron tomography and in situ single-particle analysis, providing interaction details between PBS, PSII and PSI. The structures reveal several unidentified and incomplete proteins and their roles in the assembly of the megacomplex, as well as a huge and sophisticated pigment network. This work provides a solid structural basis for unravelling the mechanisms of PBS-PSII-PSI-LHC megacomplex assembly, efficient energy transfer from PBS to the two photosystems, and regulation of energy distribution between PSII and PSI. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33605.map.gz | 203.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33605-v30.xml emd-33605.xml | 50.4 KB 50.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33605.png | 183.6 KB | ||
その他 | emd_33605_half_map_1.map.gz emd_33605_half_map_2.map.gz | 200.5 MB 200.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33605 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33605 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33605_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33605_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33605_validation.xml.gz | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33605_validation.cif.gz | 18.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33605 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33605 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.632 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33605_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33605_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : In situ PBS from Porphyridium purpureum
+超分子 #1: In situ PBS from Porphyridium purpureum
+分子 #1: Linker4
+分子 #2: B-phycoerythrin beta chain
+分子 #3: Phycoerythrin alpha subunit
+分子 #4: CaRSPs1
+分子 #5: CaRSPs2
+分子 #6: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
+分子 #7: Phycobilisome rod-core linker polypeptide
+分子 #8: C-phycocyanin alpha subunit
+分子 #9: C-phycocyanin beta subunit
+分子 #10: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...
+分子 #11: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...
+分子 #12: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
+分子 #13: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
+分子 #14: R-phycoerythrin gamma chain, chloroplastic
+分子 #15: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...
+分子 #16: Lrc4
+分子 #17: LRC5
+分子 #18: FAS1 domain-containing protein
+分子 #19: Allophycocyanin alpha subunit
+分子 #20: Allophycocyanin beta subunit
+分子 #21: Allophycocyanin gamma subunit
+分子 #22: Allophycocyanin beta 18 subunit
+分子 #23: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...
+分子 #24: Phycobiliprotein ApcE
+分子 #25: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
+分子 #26: Phycobilisome 27.9 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...
+分子 #27: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...
+分子 #28: Phycobilisome 31.8 kDa linker polypeptide, phycoerythrin-associat...
+分子 #29: FAS1 domain-containing protein
+分子 #30: LPP2
+分子 #31: PHYCOERYTHROBILIN
+分子 #32: PHYCOUROBILIN
+分子 #33: PHYCOCYANOBILIN
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215000 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |