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- EMDB-33353: Cryo-EM structure of empty ring subunit 1 (ER1) from single empty... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33353
タイトルCryo-EM structure of empty ring subunit 1 (ER1) from single empty ring of GroEL-UGT1A complex
マップデータPrimary EM-map of ER(1)-GroEL-UGT1A (unmasked)
試料
  • 複合体: GroEL-UGT1A single empty ring complex
    • 複合体: Empty Ring subunit 1 (ER1) of GroEL-UGT1A
      • タンパク質・ペプチド: Chaperonin GroEL
    • 複合体: UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A)
キーワードcryogenic electron microscopy / single-particle analysis / molecular motion / structure-function relationship / focus classification / separating heterogeneity / GroEL / chaperone / unfolded protein
機能・相同性
機能・相同性情報


GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation ...GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / protein folding / positive regulation of T cell activation / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stapleton K / Takagi J / Mizohata E
資金援助 日本, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)21am0101075 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)22ama121025j0001 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP21am0101066 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP19K06513 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR17GB 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)19H05780 日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)JPNP18016 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unmasking GroEL: Structure, dynamics, and substrate binding revealed by single-particle cryo-EM
著者: Stapleton KM / Mizobata T / Miyazaki N / Takatsuji T / Kato T / Iwasaki K / Standley DM / Kawamura T / Nakane T / Takagi J / Mizohata E
履歴
登録2022年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33353.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33353.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Primary EM-map of ER(1)-GroEL-UGT1A (unmasked)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.02696032 - 0.07964498
平均 (標準偏差)-0.00016080734 (±0.005703355)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 261.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33353_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_33353_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional EM-map of a GroEL subunit that was...

ファイルemd_33353_additional_1.map
注釈Additional EM-map of a GroEL subunit that was used for modeling the atomic coordinates (subunit ER-1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map-1 used for processing the Primary EM-map ER(1)-GroEL-UGT1A

ファイルemd_33353_half_map_1.map
注釈Half_map-1 used for processing the Primary EM-map ER(1)-GroEL-UGT1A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map-2 used for processing the Primary EM-map ER(1)-GroEL-UGT1A

ファイルemd_33353_half_map_2.map
注釈Half_map-2 used for processing the Primary EM-map ER(1)-GroEL-UGT1A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GroEL-UGT1A single empty ring complex

全体名称: GroEL-UGT1A single empty ring complex
要素
  • 複合体: GroEL-UGT1A single empty ring complex
    • 複合体: Empty Ring subunit 1 (ER1) of GroEL-UGT1A
      • タンパク質・ペプチド: Chaperonin GroEL
    • 複合体: UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A)

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超分子 #1: GroEL-UGT1A single empty ring complex

超分子名称: GroEL-UGT1A single empty ring complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #2: Empty Ring subunit 1 (ER1) of GroEL-UGT1A

超分子名称: Empty Ring subunit 1 (ER1) of GroEL-UGT1A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
詳細: The model was built in the additional EM-map of ER1 (masked)
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A)

超分子名称: UDP-glucuronosyltransferase 1A (UGT1A) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: Model is not built
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Chaperonin GroEL

分子名称: Chaperonin GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chaperonin ATPase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12
分子量理論値: 57.260504 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV ...文字列:
AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV GKEGVITVED GTGLQDELDV VEGMQFDRGY LSPYFINKPE TGAVELESPF ILLADKKISN IREMLPVLEA VA KAGKPLL IIAEDVEGEA LATLVVNTMR GIVKVAAVKA PGFGDRRKAM LQDIATLTGG TVISEEIGME LEKATLEDLG QAK RVVINK DTTTIIDGVG EEAAIQGRVA QIRQQIEEAT SDYDREKLQE RVAKLAGGVA VIKVGAATEV EMKEKKARVE DALH ATRAA VEEGVVAGGG VALIRVASKL ADLRGQNEDQ NVGIKVALRA MEAPLRQIVL NCGEEPSVVA NTVKGGDGNY GYNAA TEEY GNMIDMGILD PTKVTRSALQ YAASVAGLMI TTECMVTDLP KNDAADLGAA GGMGGMGGMG GMM

UniProtKB: Chaperonin GroEL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度33 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Cloride
20.0 mMTris-HClTris Hydrochloride Acid

詳細: Sample containing GorEL-UGT1A was made fresh and used without undergoing any freeze-thaw cycles to avoid degradation in the solution. The sample was in a buffer solution of 150mM NaCl, 20mM Tris-HCl at pH 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 3 ul of 33 mg/ml GroEL-UGT1A was placed on Holey carbon Quanitifoil copper grids (300 mesh size R1.2/1.3) and blotted for 3 seconds (blot force =1).

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2951 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: Using a Titan KRIOS TEM operated at 300 kV, 2,951 movies were collected using the Falcon III DED in Counting mode at a magnification of 75000x corresponding to a pixel size of 0.87 Pixel/A at ...詳細: Using a Titan KRIOS TEM operated at 300 kV, 2,951 movies were collected using the Falcon III DED in Counting mode at a magnification of 75000x corresponding to a pixel size of 0.87 Pixel/A at the specimen level. All 2,951 movies were imported into the RELION pipeline and prepared for single-particle analysis
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1289236
詳細: Parameters for auto picking (LoG) single particles from motion-corrected micrographs with estimated CTF parameters resulted in 1,289,236 particles picked (an average of 437 particles per ...詳細: Parameters for auto picking (LoG) single particles from motion-corrected micrographs with estimated CTF parameters resulted in 1,289,236 particles picked (an average of 437 particles per micrograph). All particle images were then extracted with a box size of 300 pixels and a spherical mask diameter of 240 A for 2D classification.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
詳細: The initial model was from a previously derived map generated from screening data of the same sample and grid
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 171495
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7xon:
Cryo-EM structure of empty ring subunit 1 (ER1) from single empty ring of GroEL-UGT1A complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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