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万見
- EMDB-32511: Cryo-EM Structure of Leishmanial GDP-mannose pyrophosphorylase in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32511
タイトルCryo-EM Structure of Leishmanial GDP-mannose pyrophosphorylase in complex with GDP-Mannose
マップデータLd GDP-MP with GDP-Mannose
試料
  • 細胞: Ld GDP-MP
    • タンパク質・ペプチド: Nucleotidyl transferase family protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードprotozoan enzyme / Leishmania donovani / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mannose-1-phosphate guanylyltransferase / mannose-1-phosphate guanylyltransferase (GTP) activity / GDP-mannose biosynthetic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Mannose-1-phosphate guanyltransferase, N-terminal domain / : / : / GMPPB C-terminal domain / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
mannose-1-phosphate guanylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Xu W / Li H / Huang C
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971144 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770807 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Structural insights into selective inhibition of leishmanial GDP-mannose pyrophosphorylase.
著者: Hang Li / Tuo Ji / Qi Sun / Yao Chen / Weiya Xu / Chengdong Huang /
履歴
登録2021年12月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月12日-
マップ公開2022年10月12日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32511.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ld GDP-MP with GDP-Mannose
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.142
最小 - 最大-1.2943354 - 2.0527003
平均 (標準偏差)0.0009144063 (±0.0509537)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ld GDP-MP

全体名称: Ld GDP-MP
要素
  • 細胞: Ld GDP-MP
    • タンパク質・ペプチド: Nucleotidyl transferase family protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Ld GDP-MP

超分子名称: Ld GDP-MP / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

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分子 #1: Nucleotidyl transferase family protein

分子名称: Nucleotidyl transferase family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
分子量理論値: 41.780074 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSASDGQGMR AVILVGGFGT RLRPLTLTTP KPLVPFCNKP MIIHQIEALK AVGVTEVILA VAYRPEAMKE QMDEWSRKLG VSFVFSVEE EPLGTAGPLA LARDILMQDD KPFFVLNSDV TCTFPMQELL DFHKAHGGEG TIMVSQVTQW EKYGVVVYSP Q NYQIERFV ...文字列:
MSASDGQGMR AVILVGGFGT RLRPLTLTTP KPLVPFCNKP MIIHQIEALK AVGVTEVILA VAYRPEAMKE QMDEWSRKLG VSFVFSVEE EPLGTAGPLA LARDILMQDD KPFFVLNSDV TCTFPMQELL DFHKAHGGEG TIMVSQVTQW EKYGVVVYSP Q NYQIERFV EKPSRFLGDR INAGIYIFNK SILDRIPPRR ASIEKEIFPA MAAEGQLYAF NLEGFWMDVG QPKDYILGMT KF IPSLVHG NRETEQLHTE AVEHQRGGRF TVIGASLIDP SAKIGDGAVI GPYASIGANC VIGESCRIDN AAILENSKVG KGT MVSRSI VGWNNRIGSW CHIKDISVLG DDVEVKDGVI LIGTKVLPNK DVGEHRFEPG IIM

UniProtKB: mannose-1-phosphate guanylyltransferase

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分子 #2: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: GDD
分子量理論値: 605.341 Da
Chemical component information

ChemComp-GDD:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-ALPHA-D-MANNOSE

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123461
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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