EMDB-29336: Golden shiner reovirus tropical vertex missing TEC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-29336

タイトル

Golden shiner reovirus tropical vertex missing TEC

マップデータ

tropical without tec

試料

ウイルス: Golden shiner reovirus (ウイルス)

キーワード

dsRNA virus / aquareovirus / RNA-dependent RNA-polymerase / VIRUS

生物種

Golden shiner reovirus (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Zhou ZH / Stevens AW

資金援助

米国, 6件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24GM116792	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1338135	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1548924	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI007323	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U24GM116792	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD018111

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Asymmetric reconstruction of the aquareovirus core at near-atomic resolution and mechanism of transcription initiation.
著者: Alexander Stevens / Yanxiang Cui / Sakar Shivakoti / Z Hong Zhou /

履歴

登録	2022年12月29日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年3月15日	-
マップ公開	2023年3月15日	-
更新	2024年1月17日	-
現状	2024年1月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_29336.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_29336.map.gz	114 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-29336-v30.xml emd-29336.xml	16.4 KB 16.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_29336_fsc.xml	11.3 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_29336.png	174.6 KB
Filedesc metadata	emd-29336.cif.gz	4.3 KB
その他	emd_29336_half_map_1.map.gz emd_29336_half_map_2.map.gz	98 MB 97.9 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-29336	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	29243C 29244C 29337C 8fjkC 8fjlC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_29336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

tropical without tec

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.36 Å/pix. x 320 pix. = 435.2 Å	1.36 Å/pix. x 320 pix. = 435.2 Å	1.36 Å/pix. x 320 pix. = 435.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.36 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00973
最小 - 最大	-0.019279374 - 0.03734499
平均 (標準偏差)	0.00049092993 (±0.0030357146)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_29336_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_29336_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Golden shiner reovirus

全体	名称: Golden shiner reovirus (ウイルス)
要素	ウイルス: Golden shiner reovirus (ウイルス)

-
超分子 #1: Golden shiner reovirus

超分子	名称: Golden shiner reovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10 / 詳細: Purified from infected cells / NCBI-ID: 185783 / 生物種: Golden shiner reovirus / Sci species strain: AQRVC / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主	生物種: Notemigonus crysoleucas (魚類)
分子量	理論値: 47 MDa
ウイルス殻	Shell ID: 1 / 名称: capsid / 直径: 750.0 Å / T番号(三角分割数): 13

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4 / 詳細: Phosphate buffered saline
グリッド	モデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 45.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 6m99
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 21844
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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