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- EMDB-28862: KWOCA 4 nanoparticle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28862
タイトルKWOCA 4 nanoparticle
マップデータKWOCA 4 nanoparticle - The main cryoEM map used for data interpretation
試料
  • 複合体: Designed octahedral nanoparticle KWOCA 4
    • タンパク質・ペプチド: KWOCA 4
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.57 Å
データ登録者Antanasijevic A / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
International AIDS Vaccine InitiativeOPP1196345 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Improving the secretion of designed protein assemblies through negative design of cryptic transmembrane domains.
著者: Jing Yang John Wang / Alena Khmelinskaia / William Sheffler / Marcos C Miranda / Aleksandar Antanasijevic / Andrew J Borst / Susana V Torres / Chelsea Shu / Yang Hsia / Una Nattermann / ...著者: Jing Yang John Wang / Alena Khmelinskaia / William Sheffler / Marcos C Miranda / Aleksandar Antanasijevic / Andrew J Borst / Susana V Torres / Chelsea Shu / Yang Hsia / Una Nattermann / Daniel Ellis / Carl Walkey / Maggie Ahlrichs / Sidney Chan / Alex Kang / Hannah Nguyen / Claire Sydeman / Banumathi Sankaran / Mengyu Wu / Asim K Bera / Lauren Carter / Brooke Fiala / Michael Murphy / David Baker / Andrew B Ward / Neil P King /
要旨: Computationally designed protein nanoparticles have recently emerged as a promising platform for the development of new vaccines and biologics. For many applications, secretion of designed ...Computationally designed protein nanoparticles have recently emerged as a promising platform for the development of new vaccines and biologics. For many applications, secretion of designed nanoparticles from eukaryotic cells would be advantageous, but in practice, they often secrete poorly. Here we show that designed hydrophobic interfaces that drive nanoparticle assembly are often predicted to form cryptic transmembrane domains, suggesting that interaction with the membrane insertion machinery could limit efficient secretion. We develop a general computational protocol, the Degreaser, to design away cryptic transmembrane domains without sacrificing protein stability. The retroactive application of the Degreaser to previously designed nanoparticle components and nanoparticles considerably improves secretion, and modular integration of the Degreaser into design pipelines results in new nanoparticles that secrete as robustly as naturally occurring protein assemblies. Both the Degreaser protocol and the nanoparticles we describe may be broadly useful in biotechnological applications.
履歴
登録2022年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年3月29日-
現状2023年3月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28862.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28862.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈KWOCA 4 nanoparticle - The main cryoEM map used for data interpretation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å		1.15 Å/pix.
x 320 pix.
= 368. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.0077859103 - 0.024581805
平均 (標準偏差)0.000105992316 (±0.001161157)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 368.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28862_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: KWOCA 4 nanoparticle - Half Map 1

ファイルemd_28862_half_map_1.map
注釈KWOCA 4 nanoparticle - Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: KWOCA 4 nanoparticle - Half Map 2

ファイルemd_28862_half_map_2.map
注釈KWOCA 4 nanoparticle - Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Designed octahedral nanoparticle KWOCA 4

全体名称: Designed octahedral nanoparticle KWOCA 4
要素
  • 複合体: Designed octahedral nanoparticle KWOCA 4
    • タンパク質・ペプチド: KWOCA 4

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超分子 #1: Designed octahedral nanoparticle KWOCA 4

超分子名称: Designed octahedral nanoparticle KWOCA 4 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Self-assembling nanoparticle expressed in mammalian cells
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: KWOCA 4

分子名称: KWOCA 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Sequence for expression in mammalian cells / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DGSHHHHHHG GSEQKLISEE DLSGGGSWSG STEVEKKARE VAKEAVELAS LLRSETAIRV AQAILEAAEA AKRAAEQGKT EVAKLALKVL EEAIELAKEK RSEEALKVVL EIARAALAAA QAAEEGFTDV AKMALEVLER AIELAKDDRS ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DGSHHHHHHG GSEQKLISEE DLSGGGSWSG STEVEKKARE VAKEAVELAS LLRSETAIRV AQAILEAAEA AKRAAEQGKT EVAKLALKVL EEAIELAKEK RSEEALKVVL EIARAALAAA QAAEEGFTDV AKMALEVLER AIELAKDDRS EEALKEVLEI ARAALAAAQL AKKGRDDEAR KILMKLRIRI TLRKLEESLR ELRRILEELK EMLERLEKNP DKDVIVKVLK VIVKAIEASV ENQRISAENQ KALAELA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.58 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMTris-HCl
150.0 mMSodium chlorideNaCl
5.0 %GlycerolGlycerol

詳細: TBS + 5% glycerol
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time varied between 3 and 7 seconds..
詳細Self-assembling nanoparticle was expressed in mammalian cells and purified using affinity chromatography and size-exclusion chromatography.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-49 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1341 / 平均露光時間: 9.8 sec. / 平均電子線量: 50.1 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frames were aligned using MotionCorr and GCTF was applied for estimation of CTF parameters.
粒子像選択選択した数: 130000 / 詳細: CryoSPARC template picker
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Map obtained from Ab initio reconstruction in cryoSPARC with application of symmetry
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 17416
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4zk7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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