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- EMDB-26490: Cryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CD... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26490
タイトルCryo-EM structure of BG24 inferred germline Fabs with germline CDR3s and 10-1074 Fabs in complex with HIV-1 Env immunogen BG505-SOSIPv4.1-GT1 - Class 1
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s light chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose
キーワードHIV-1 Env / neutralizing antibody / CD4 binding site antibody / VIRAL PROTEIN / Germline / precursor / immunogen / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dam KA / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HIVRAD P01 AI100148 米国
Bill & Melinda Gates FoundationCAVD INV-002143 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: HIV-1 CD4-binding site germline antibody-Env structures inform vaccine design.
著者: Kim-Marie A Dam / Christopher O Barnes / Harry B Gristick / Till Schoofs / Priyanthi N P Gnanapragasam / Michel C Nussenzweig / Pamela J Bjorkman /
要旨: BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4- ...BG24, a VRC01-class broadly neutralizing antibody (bNAb) against HIV-1 Env with relatively few somatic hypermutations (SHMs), represents a promising target for vaccine strategies to elicit CD4-binding site (CD4bs) bNAbs. To understand how SHMs correlate with BG24 neutralization of HIV-1, we report 4.1 Å and 3.4 Å single-particle cryo-EM structures of two inferred germline (iGL) BG24 precursors complexed with engineered Env-based immunogens lacking CD4bs N-glycans. Structures reveal critical Env contacts by BG24 and identify antibody light chain structural features that impede Env recognition. In addition, biochemical data and cryo-EM structures of BG24 variants bound to Envs with CD4bs glycans present provide insights into N-glycan accommodation, including structural modes of light chain adaptations in the presence of the N276 glycan. Together, these findings reveal Env regions critical for germline antibody recognition and potential sites to alter in immunogen design.
履歴
登録2022年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月26日-
マップ公開2022年10月26日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26490.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26490.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å		0.87 Å/pix.
x 336 pix.
= 290.774 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8654 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0081
最小 - 最大-0.0342862 - 0.07077352
平均 (標準偏差)0.00019932172 (±0.0019210324)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 290.7744 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Local refinement map used to build BG24-iGL CDR3iGL Fab CDRL1

ファイルemd_26490_additional_1.map
注釈Local refinement map used to build BG24-iGL CDR3iGL Fab CDRL1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_26490_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_26490_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with ...

全体名称: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp41
    • タンパク質・ペプチド: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s light chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: 10-1074 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: alpha-D-mannopyranose

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超分子 #1: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with ...

超分子名称: Cryo-EM map of BG24-iGL CDR3iGL and 10-1074 Fabs in complex with BG505 SOSIP.664v4.1-GT1 Env trimer immunogen
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Env mimic BG505-SOSIPv4.1-GT1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 50.87102 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY KKHNVWATHA CVPTDPNPQE IHLENVTEEF NMWKNNMVEQ MHTDIISLWD QSLKPCVKL TPLCVTLQCT NVTNNIDDMR GELKNCSFNM TTELRDKRQK VHALFYKLDI VPINENQNTS YRLINCNTAA I TQACPKVS ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWKDAETT LFCASDAKAY KKHNVWATHA CVPTDPNPQE IHLENVTEEF NMWKNNMVEQ MHTDIISLWD QSLKPCVKL TPLCVTLQCT NVTNNIDDMR GELKNCSFNM TTELRDKRQK VHALFYKLDI VPINENQNTS YRLINCNTAA I TQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCK DKKFNGTGPC PSVSTVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEEE VMIRSEDIRN NA KNILVQF NTPVQINCTR PNNNTRKSIR IGPGQWFYAT GDIIGDIRQA HCNVSKATWN ETLGKVVKQL RKHFGNNTII RFA NSSGGD LEVTTHSFNC GGEFFYCDTS GLFNSTWISN DSITLPCRIK QIINMWQRIG QAMYAPPIQG VIRCVSNITG LILT RDGGS TDSTTETFRP SGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTR CKRRVV

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp41

分子名称: Envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Env mimic BG505-SOSIPv4.1-GT1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 14.676723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VFLGFLGAAG STMGAASMTL TVQARNLLSL LKLTVWGIKQ LQARVLAVER YLRDQQLLGI WGCSGKLICC TNVPWNSSWS NRNLSEIWD NMTWLQWDKE ISNYTQIIYG LLEESQNQQE KNEQDLLALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s heavy chain

分子名称: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.685237 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT GYYMHWVRQA PGQGLEWMGW INPNSGGTNY AQKFQGRVTM TRDTSISTAY MELSRLRSD DTAVYYCATQ LELDSSAGYA FDIWGQGTMV TVSSAS

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分子 #4: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s light chain

分子名称: BG24 inferred germline Fab with germline CDR3s light chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.212226 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPRSV SGSPGQSVTI SCTGTSSDVG GYNYVSWYQQ HPGKAPKLMI YDVSKRPSGV PDRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDEADYY CSSYEYFGGG TKLTVLS

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分子 #5: 10-1074 Fab heavy chain

分子名称: 10-1074 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.791433 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSV TCSVSGDSMN NYYWTWIRQS PGKGLEWIGY ISDRESATYN PSLNSRVVIS RDTSKNQLSL KLNSVTPAD TAVYYCATAR RGQRIYGVVS FGEFFYYYSM DVWGKGTTVT VSSA

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分子 #6: 10-1074 Fab light chain

分子名称: 10-1074 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.701023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VRPLSVALGE TARISCGRQA LGSRAVQWYQ HRPGQAPILL IYNNQDRPSG IPERFSGTPD INFGTRATLT ISGVEAGDEA DYYCHMWDS RSGFSWSFGG ATRLTVLG

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 15 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #12: alpha-D-mannopyranose

分子名称: alpha-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: MAN
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-MAN:
alpha-D-mannopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5cez


詳細: Closed conformation Env trimer (gp120/gp41 subunits) low-pass filtered to 80 angstrom
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 73915
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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