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- EMDB-25687: CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25687
タイトルCryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11
マップデータComposite map of combined focused refinement maps. Used for model refinements.
試料
  • 複合体: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 2種
キーワードglycoprotein complex / antibody complex / Neuropilin 2 / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / branchiomotor neuron axon guidance ...vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / branchiomotor neuron axon guidance / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / NrCAM interactions / Neuropilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / vascular endothelial growth factor receptor activity / nerve development / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / regulation of postsynapse organization / negative chemotaxis / growth factor binding / cytokine binding / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / heparin binding / signaling receptor activity / angiogenesis / host cell Golgi apparatus / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / postsynaptic membrane / cell adhesion / fusion of virus membrane with host plasma membrane / axon / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / glutamatergic synapse / extracellular region / membrane / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / : / HCMV glycoprotein pUL130 / Cytomegalovirus UL128 protein / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein ...Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / : / HCMV glycoprotein pUL130 / Cytomegalovirus UL128 protein / Cytomegalovirus glycoprotein L / Cytomegalovirus glycoprotein L / Betaherpesvirus glycoprotein L (gL) domain profile. / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / Spermadhesin, CUB domain superfamily / CUB domain profile. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / Neuropilin-2 / UL128 / UL130 / Envelope glycoprotein L / UL131A
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kschonsak M / Johnson MC
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for HCMV Pentamer receptor recognition and antibody neutralization.
著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia ...著者: Marc Kschonsak / Matthew C Johnson / Rachel Schelling / Evan M Green / Lionel Rougé / Hoangdung Ho / Nidhi Patel / Cem Kilic / Edward Kraft / Christopher P Arthur / Alexis L Rohou / Laetitia Comps-Agrar / Nadia Martinez-Martin / Laurent Perez / Jian Payandeh / Claudio Ciferri /
要旨: Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial ...Human cytomegalovirus (HCMV) represents the viral leading cause of congenital birth defects and uses the gH/gL/UL128-130-131A complex (Pentamer) to enter different cell types, including epithelial and endothelial cells. Upon infection, Pentamer elicits the most potent neutralizing response against HCMV, representing a key vaccine candidate. Despite its relevance, the structural basis for Pentamer receptor recognition and antibody neutralization is largely unknown. Here, we determine the structures of Pentamer bound to neuropilin 2 (NRP2) and a set of potent neutralizing antibodies against HCMV. Moreover, we identify thrombomodulin (THBD) as a functional HCMV receptor and determine the structures of the Pentamer-THBD complex. Unexpectedly, both NRP2 and THBD also promote dimerization of Pentamer. Our results provide a framework for understanding HCMV receptor engagement, cell entry, antibody neutralization, and outline strategies for antiviral therapies against HCMV.
履歴
登録2021年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月23日-
マップ公開2022年3月23日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 87.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of combined focused refinement maps. Used for model refinements.
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x 284 pix.
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x 284 pix.
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x 284 pix.
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対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ284284284
Spacing284284284
セルA=B=C: 383.7976 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Non-sharpened, full map of overall (non-focused)refinement

ファイルemd_25687_additional_1.map
注釈Non-sharpened, full map of overall (non-focused)refinement
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注釈Non-sharpened, full map of focused refinement on 8I21-UL128 region
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注釈Half map 1 of focused refinement on 8I21-UL128 region
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追加マップ: Density modified map of focused refined 8I12-UL128 region....

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注釈Density modified map of focused refined 8I12-UL128 region. Map used for composite map generation.
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追加マップ: Density modified map of focused refined NRP2-UL region....

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注釈Density modified map of focused refined NRP2-UL region. Map used for composite map generation.
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注釈Half map 1 of focused refinement on NRP2-UL region
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注釈Half map 2 of focused refinement on 8I21-UL128 region
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注釈Half map 1 of focused refinement on 13H11-gH region
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注釈Half map 2 of focused refinement on 13H11-gH region
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注釈Density modified map of focused refined 13H11-gH region. Map used for composite map generation.
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試料の構成要素

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全体 : Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A ...

全体名称: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
要素
  • 複合体: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein UL128
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein UL130
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein UL131A
    • タンパク質・ペプチド: Neuropilin-2
    • タンパク質・ペプチド: Fab 8I21 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 13H11 light chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab 8I21 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A ...

超分子名称: Pentameric complex of HCMV proteins gH, gL, UL128, UL130, UL131A bound to Neuropilin 2 and fabs of human neutralizing antibodies 8I21 and 13H11
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 87.311273 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM ...文字列:
MRPGLPSYLI ILAVCLFSHL LSSRYGAEAV SEPLDKAFHL LLNTYGRPIR FLRENTTQCT YNSSLRNSTV VRENAISFNF FQSYNQYYV FHMPRCLFAG PLAEQFLNQV DLTETLERYQ QRLNTYALVS KDLASYRSFS QQLKAQDSLG EQPTTVPPPI D LSIPHVWM PPQTTPHGWT ESHTTSGLHR PHFNQTCILF DGHDLLFSTV TPCLHQGFYL IDELRYVKIT LTEDFFVVTV SI DDDTPML LIFGHLPRVL FKAPYQRDNF ILRQTEKHEL LVLVKKDQLN RHSYLKDPDF LDAALDFNYL DLSALLRNSF HRY AVDVLK SGRCQMLDRR TVEMAFAYAL ALFAAARQEE AGAQVSVPRA LDRQAALLQI QEFMITCLSQ TPPRTTLLLY PTAV DLAKR ALWTPNQITD ITSLVRLVYI LSKQNQQHLI PQWALRQIAD FALKLHKTHL ASFLSAFARQ ELYLMGSLVH SMLVH TTER REIFIVETGL CSLAELSHFT QLLAHPHHEY LSDLYTPCSS SGRRDHSLER LTRLFPDATV PATVPAALSI LSTMQP STL ETFPDLFCLP LGESFSALTV SEHVSYIVTN QYLIKGISYP VSTTVVGQSL IITQTDSQTK CELTRNMHTT HSITVAL NI SLENCAFCQS ALLEYDDTQG VINIMYMHDS DDVLFALDPY NEVVVSSPRT HYLMLLKNGT VLEVTDVVVD ATDGTKLG P EQKLISEEDL NSAVDGSGLN DIFEAQKIEW HENLYFQGHH HHHHHH

UniProtKB: Envelope glycoprotein H

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分子 #2: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 30.846492 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS ...文字列:
MCRRPDCGFS FSPGPVILLW CCLLLPIVSS AAVSVAPTAA EKVPAECPEL TRRCLLGEVF EGDKYESWLR PLVNVTGRDG PLSQLIRYR PVTPEAANSV LLDEAFLDTL ALLYNNPDQL RALLTLLSSD TAPRWMTVMR GYSECGDGSP AVYTCVDDLC R GYDLTRLS YGRSIFTEHV LGFELVPPSL FNVVVAIRNE ATRTNRAVRL PVSTAAAPEG ITLFYGLYNA VKEFCLRHQL DP PLLRHLD KYYAGLPPEL KQTRVNLPAH SRYGPQAVDA R

UniProtKB: Envelope glycoprotein L

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分子 #3: Envelope protein UL128

分子名称: Envelope protein UL128 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 19.746023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSPKNLTPFL TALWLLLGHS RVPRVRAEEC CEFINVNHPP ERCYDFKMCN RFTVALRCPD GEVCYSPEKT AEIRGIVTTM THSLTRQVV HNKLTSCNYN PLYLEADGRI RCGKVNDKAQ YLLGAAGSVP YRWINLEYDK ITRIVGLDQY LESVKKHKRL D VCRAKMGY MLQ

UniProtKB: UL128

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分子 #4: Envelope glycoprotein UL130

分子名称: Envelope glycoprotein UL130 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 28.866811 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLRLLLRHHF HCLLLCAVWA TPCLASPWFT LTANQNPSPP WSKLTYPKPH DAATFYCPFL YPSPPRSPSQ FSGFQRVSTG PECRNETLY LLYNREGQTL VERSSTWVKK VIWYLSGRNQ TILQRMPRTA SKPSDGNVQI SVEDAKIFGA HMVPKQTKLL R FVVNDGTR ...文字列:
MLRLLLRHHF HCLLLCAVWA TPCLASPWFT LTANQNPSPP WSKLTYPKPH DAATFYCPFL YPSPPRSPSQ FSGFQRVSTG PECRNETLY LLYNREGQTL VERSSTWVKK VIWYLSGRNQ TILQRMPRTA SKPSDGNVQI SVEDAKIFGA HMVPKQTKLL R FVVNDGTR YQMCVMKLES WAHVFRDYSV SFQVRLTFTE ANNQTYTFCT HPNLIVGSEN LYFQGSAWSH PQFEKGGGSG GG SGGGSAW SHPQFEK

UniProtKB: UL130

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分子 #5: Envelope protein UL131A

分子名称: Envelope protein UL131A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 15.011043 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MRLCRVWLSV CLCAVVLGQC QRETAEKNDY YRVPHYWDAC SRALPDQTRY KYVEQLVDLT LNYHYDASHG LDNFDVLKRI NVTEVSLLI SDFRRQNRRG GTNKRTTFNA AGSLAPHARS LEFSVRLFAN

UniProtKB: UL131A

+
分子 #6: Neuropilin-2

分子名称: Neuropilin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 98.923211 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDMFPLTWVF LALYFSRHQV RGQPDPPCGG RLNSKDAGYI TSPGYPQDYP SHQNCEWIVY APEPNQKIVL NFNPHFEIEK HDCKYDFIE IRDGDSESAD LLGKHCGNIA PPTIISSGSM LYIKFTSDYA RQGAGFSLRY EIFKTGSEDC SKNFTSPNGT I ESPGFPEK ...文字列:
MDMFPLTWVF LALYFSRHQV RGQPDPPCGG RLNSKDAGYI TSPGYPQDYP SHQNCEWIVY APEPNQKIVL NFNPHFEIEK HDCKYDFIE IRDGDSESAD LLGKHCGNIA PPTIISSGSM LYIKFTSDYA RQGAGFSLRY EIFKTGSEDC SKNFTSPNGT I ESPGFPEK YPHNLDCTFT ILAKPKMEII LQFLIFDLEH DPLQVGEGDC KYDWLDIWDG IPHVGPLIGK YCGTKTPSEL RS STGILSL TFHTDMAVAK DGFSARYYLV HQEPLENFQC NVPLGMESGR IANEQISASS TYSDGRWTPQ QSRLHGDDNG WTP NLDSNK EYLQVDLRFL TMLTAIATQG AISRETQNGY YVKSYKLEVS TNGEDWMVYR HGKNHKVFQA NNDATEVVLN KLHA PLLTR FVRIRPQTWH SGIALRLELF GCRVTDAPCS NMLGMLSGLI ADSQISASST QEYLWSPSAA RLVSSRSGWF PRIPQ AQPG EEWLQVDLGT PKTVKGVIIQ GARGGDSITA VEARAFVRKF KVSYSLNGKD WEYIQDPRTQ QPKLFEGNMH YDTPDI RRF DPIPAQYVRV YPERWSPAGI GMRLEVLGCD WTDSKPTVET LGPTVKSEET TTPYPTEEEA TECGENCSFE DDKDLQL PS GFNCNFDFLE EPCGWMYDHA KWLRTTWASS SSPNDRTFPD DRNFLRLQSD SQREGQYARL ISPPVHLPRS PVCMEFQY Q ATGGRGVALQ VVREASQESK LLWVIREDQG GEWKHGRIIL PSYDMEYQIV FEGVIGKGRS GEIAIDDIRI STDVPLENC MEPISAFAGE NFKVDIPEIH EREGYEDEID DEYEVDWSNS SSATSGSGAP STDKEKSWLY TLDPGNSDYK DDDDK

UniProtKB: Neuropilin-2

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分子 #7: Fab 8I21 heavy chain

分子名称: Fab 8I21 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.816311 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYALVELVES GGGVVQPGRS LRLSCAASGF TFSSDGMHWV RQSPGRGLEW VAFISSDGST PYYADSVKG RFTISRDNSK NTLYLQMNSL RAEDTAMYFC AKDWALFRWL RTFDHWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYALVELVES GGGVVQPGRS LRLSCAASGF TFSSDGMHWV RQSPGRGLEW VAFISSDGST PYYADSVKG RFTISRDNSK NTLYLQMNSL RAEDTAMYFC AKDWALFRWL RTFDHWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS S KSTSGGTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VD KKVEPKS CD

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分子 #8: Fab 13H11 heavy chain

分子名称: Fab 13H11 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.600086 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAQVQLVQS GAEVKKPGAS VKVSCKASGY TFTNYYIHWV RQAPGQGLEW MGIIHPSSGG TSYAQKFQG RVTMTRDTST STVSMDLSSL RSEDTAVYYC GRAFRILGLS DVFVNDWGQG TVVTVSSAST KGPSVFPLAP S SKSTSGGT AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KV DKKVEPK SCD

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分子 #9: Fab 13H11 light chain

分子名称: Fab 13H11 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.78002 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYADIQMTQS PSSLSASVGD RVTITCRASQ GINNYLAWYQ QKPGKVPKLL IYAASTLQSG VPSRFSGSG SGTAFTLTIL SLQPEDVATY YCQKYNSAPF TFGPGTKVDI KRTVAAPSVF IFPPSDEQLK SGTASVVCLL N NFYPREAK VQWKVDNALQ SGNSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #10: Fab 8I21 light chain

分子名称: Fab 8I21 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.99508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAETVMTQS PATLSVSPGG RATLSCRASQ SVGINLAWYQ QKPGQAPRLL IYGASTRASG FPARFSGSG SGTEFTLTIT SLQSEDFAVY YCQQYNDWPP WTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA ...文字列:
MKKNIAFLLA SMFVFSIATN AYAETVMTQS PATLSVSPGG RATLSCRASQ SVGINLAWYQ QKPGQAPRLL IYGASTRASG FPARFSGSG SGTEFTLTIT SLQSEDFAVY YCQQYNDWPP WTFGQGTKVE IKRTVAAPSV FIFPPSDEQL KSGTASVVCL L NNFYPREA KVQWKVDNAL QSGNSQESVT EQDSKDSTYS LSSTLTLSKA DYEKHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #12: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
300.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPESHEPES
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: blot for 3.5 seconds before plunging.
詳細Sample was mildly crosslinked with 0.025% glutaraldehyde, incubated for 10 min at room temperature and quenched with 9 mM TRIS pH 7.5

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 21357 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 4 frames/second.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movie frames were corrected for motion and aligned. Images with a CTF fit resolution of 6.0 A or better were selected for particle picking.
粒子像選択選択した数: 2532206 / 詳細: template-matching particle picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: ab-initio 3D model generation from select particles within cisTEM
最終 再構成使用したクラス数: 44 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
詳細: A composite map was generated from the three individual focused 3D maps.
使用した粒子像数: 2252924
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02) / 詳細: Auto-refine in cisTEM
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cisTEM (ver. 1.02)
詳細: Manual refine in cisTEM. Map was divided in 3 sections to refine map with focused refinements.
最終 3次元分類クラス数: 100 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2qqo

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5vob

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7t4s:
CryoEM structure of the HCMV Pentamer gH/gL/UL128/UL130/UL131A in complex with NRP2 and neutralizing fabs 8I21 and 13H11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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