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- EMDB-25606: Zika Virus particle bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25606
タイトルZika Virus particle bound with IgM antibody DH1017 Fab fragment
マップデータ
試料
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM FabC constant domain
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM LambdaC constant domain
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM IgH
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM IgL
    • タンパク質・ペプチド: Core protein
キーワードZika Virus particle / IgM / Fab fragment / Neutralization / VIRUS / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex / antigen binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / adaptive immune response ...IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / immunoglobulin complex / antigen binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / molecular adaptor activity / adaptive immune response / methyltransferase cap1 activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / serine-type endopeptidase activity / symbiont-mediated activation of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / lipid binding / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / : / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Immunoglobulin lambda-like polypeptide 5 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Zika virus (ジカ熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.26 Å
データ登録者Miller AS / Kuhn RJ / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: A Zika virus-specific IgM elicited in pregnancy exhibits ultrapotent neutralization.
著者: Tulika Singh / Kwan-Ki Hwang / Andrew S Miller / Rebecca L Jones / Cesar A Lopez / Sarah J Dulson / Camila Giuberti / Morgan A Gladden / Itzayana Miller / Helen S Webster / Joshua A Eudailey ...著者: Tulika Singh / Kwan-Ki Hwang / Andrew S Miller / Rebecca L Jones / Cesar A Lopez / Sarah J Dulson / Camila Giuberti / Morgan A Gladden / Itzayana Miller / Helen S Webster / Joshua A Eudailey / Kan Luo / Tarra Von Holle / Robert J Edwards / Sarah Valencia / Katherine E Burgomaster / Summer Zhang / Jesse F Mangold / Joshua J Tu / Maria Dennis / S Munir Alam / Lakshmanane Premkumar / Reynaldo Dietze / Theodore C Pierson / Eng Eong Ooi / Helen M Lazear / Richard J Kuhn / Sallie R Permar / Mattia Bonsignori /
要旨: Congenital Zika virus (ZIKV) infection results in neurodevelopmental deficits in up to 14% of infants born to ZIKV-infected mothers. Neutralizing antibodies are a critical component of protective ...Congenital Zika virus (ZIKV) infection results in neurodevelopmental deficits in up to 14% of infants born to ZIKV-infected mothers. Neutralizing antibodies are a critical component of protective immunity. Here, we demonstrate that plasma IgM contributes to ZIKV immunity in pregnancy, mediating neutralization up to 3 months post-symptoms. From a ZIKV-infected pregnant woman, we isolated a pentameric ZIKV-specific IgM (DH1017.IgM) that exhibited ultrapotent ZIKV neutralization dependent on the IgM isotype. DH1017.IgM targets an envelope dimer epitope within domain II. The epitope arrangement on the virion is compatible with concurrent engagement of all ten antigen-binding sites of DH1017.IgM, a solution not available to IgG. DH1017.IgM protected mice against viremia upon lethal ZIKV challenge more efficiently than when expressed as an IgG. Our findings identify a role for antibodies of the IgM isotype in protection against ZIKV and posit DH1017.IgM as a safe and effective candidate immunotherapeutic, particularly during pregnancy.
履歴
登録2021年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2026年4月22日-
現状2026年4月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25606.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25606.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.6 Å/pix.
x 512 pix.
= 1331.2 Å		2.6 Å/pix.
x 512 pix.
= 1331.2 Å		2.6 Å/pix.
x 512 pix.
= 1331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.6 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.8
最小 - 最大-13.76398 - 28.140957
平均 (標準偏差)0.023048181 (±0.76627)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 1331.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25606_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25606_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus

全体名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM FabC constant domain
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM LambdaC constant domain
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM IgH
    • タンパク質・ペプチド: DH1017.IgM IgL
    • タンパク質・ペプチド: Core protein

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超分子 #1: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: DH1017.IgM FabC constant domain

分子名称: DH1017.IgM FabC constant domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.830188 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ASTKGPSVFP LAPSSKSTSG GTAALGCLVK DYFPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKP SNTKVDKKVE PKSCDK

UniProtKB: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

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分子 #2: DH1017.IgM LambdaC constant domain

分子名称: DH1017.IgM LambdaC constant domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.36157 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GQPKANPTVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTECS

UniProtKB: Immunoglobulin lambda-like polypeptide 5

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分子 #3: DH1017.IgM IgH

分子名称: DH1017.IgM IgH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.325816 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSQTLSL TCAVSGGSIS SGDSYWSWIR QHPGKGLEWI GSIYYSGSTY YNPSLKSRVT IPIDTSKNQF SLKLSSVTA ADTAVYYCAR HVGDLRVNDA FDIWGQGTMV TVSS

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分子 #4: DH1017.IgM IgL

分子名称: DH1017.IgM IgL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.48275 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVLTQPPSV SAAPGQKVTI SCSGSSSNIG NNFVSWYQRL PGTPPKLLIY DSDKRPSGIP DRFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEGDYYC GTWDRSLSVV VFGGGTKLTV L

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分子 #5: Core protein

分子名称: Core protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: flavivirin
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)
分子量理論値: 42.623277 KDa
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVG

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4104
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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