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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25591 | |||||||||||||||
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タイトル | Consensus map of 40S ribosome with head motion from wt IRES eIF5B-containing sample | |||||||||||||||
マップデータ | Post processed map | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Brown ZP / Abaeva IS / De S / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Comprehensive structural overview of the HCV IRES-mediated translation initiation pathway 著者: Brown ZP / Abaeva IS / De S / Hellen CUT / Pestova TV / Frank J | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25591.map.gz | 228.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-25591-v30.xml emd-25591.xml | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25591_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25591.png | 32.6 KB | ||
マスクデータ | emd_25591_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_25591_additional_1.map.gz emd_25591_half_map_1.map.gz emd_25591_half_map_2.map.gz | 193.1 MB 194.1 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25591 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25591 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25591_validation.pdf.gz | 892.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_25591_full_validation.pdf.gz | 891.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25591_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25591_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25591 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25591 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25591.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Post processed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_25591_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Refine3D map
ファイル | emd_25591_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_25591_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map
ファイル | emd_25591_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 40S ribosomal small subunit with HCV IRES
全体 | 名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES |
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要素 |
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-超分子 #1: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES
超分子 | 名称: 40S ribosomal small subunit with HCV IRES / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#39 |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.000075 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 4 second blot time, force 3. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 70.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |