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- EMDB-24589: Cryo-EM reconstruction of Sulfolobus monocaudavirus SMV1, symmetry 5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24589
タイトルCryo-EM reconstruction of Sulfolobus monocaudavirus SMV1, symmetry 5
マップデータsym5
試料
  • ウイルス: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein
キーワードhelical symmetry / archaeal virus / lemon-shaped virus / spindle-shaped virus / VIRUS
機能・相同性membrane / Hypothetical membrane protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus monocaudavirus SMV1 (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Wang F / Cvirkaite-Krupovic V
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)K99GM138756 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122510 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2022
タイトル: Spindle-shaped archaeal viruses evolved from rod-shaped ancestors to package a larger genome.
著者: Fengbin Wang / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Matthijn Vos / Leticia C Beltran / Mark A B Kreutzberger / Jean-Marie Winter / Zhangli Su / Jun Liu / Stefan Schouten / Mart Krupovic / Edward H Egelman /
要旨: Spindle- or lemon-shaped viruses infect archaea in diverse environments. Due to the highly pleomorphic nature of these virions, which can be found with cylindrical tails emanating from the spindle- ...Spindle- or lemon-shaped viruses infect archaea in diverse environments. Due to the highly pleomorphic nature of these virions, which can be found with cylindrical tails emanating from the spindle-shaped body, structural studies of these capsids have been challenging. We have determined the atomic structure of the capsid of Sulfolobus monocaudavirus 1, a virus that infects hosts living in nearly boiling acid. A highly hydrophobic protein, likely integrated into the host membrane before the virions assemble, forms 7 strands that slide past each other in both the tails and the spindle body. We observe the discrete steps that occur as the tail tubes expand, and these are due to highly conserved quasiequivalent interactions with neighboring subunits maintained despite significant diameter changes. Our results show how helical assemblies can vary their diameters, becoming nearly spherical to package a larger genome and suggest how all spindle-shaped viruses have evolved from archaeal rod-like viruses.
履歴
登録2021年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_24589.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sym5
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 448 pix.
= 492.8 Å		1.1 Å/pix.
x 448 pix.
= 492.8 Å		1.1 Å/pix.
x 448 pix.
= 492.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.4605233 - 1.2456859
平均 (標準偏差)0.0276459 (±0.10937108)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-224-224-224
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 492.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sulfolobus monocaudavirus SMV1

全体名称: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: major capsid protein

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超分子 #1: Sulfolobus monocaudavirus SMV1

超分子名称: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1351702 / 生物種: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: major capsid protein

分子名称: major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sulfolobus monocaudavirus SMV1 (ウイルス)
分子量理論値: 16.179297 KDa
配列文字列:
MSVSVVVPSA KATGAGGKKA KTFKVIKVST PKVNNVHVPK IKKATRIHDP GAISGSLAKV TFGTNGFDIP TIAIALLIVG VIIGLSGLI LSIFATATAS AISNPSPGTL AYNLTHPLIN GMVSFFSFFP TLYVLLGVTG IVLIAAGIIS IIMEKFKT

UniProtKB: Hypothetical membrane protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 0.67 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 101.7 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 123134
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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