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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22222 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 HexaPro S Two RBD up | |||||||||
![]() | Full map sharpened | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
![]() | Wrapp D / Hsieh C-L / Goldsmith JA / McLellan JS | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: Structure-based Design of Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 Spikes. 著者: Ching-Lin Hsieh / Jory A Goldsmith / Jeffrey M Schaub / Andrea M DiVenere / Hung-Che Kuo / Kamyab Javanmardi / Kevin C Le / Daniel Wrapp / Alison Gene-Wei Lee / Yutong Liu / Chia-Wei Chou / ...著者: Ching-Lin Hsieh / Jory A Goldsmith / Jeffrey M Schaub / Andrea M DiVenere / Hung-Che Kuo / Kamyab Javanmardi / Kevin C Le / Daniel Wrapp / Alison Gene-Wei Lee / Yutong Liu / Chia-Wei Chou / Patrick O Byrne / Christy K Hjorth / Nicole V Johnson / John Ludes-Meyers / Annalee W Nguyen / Juyeon Park / Nianshuang Wang / Dzifa Amengor / Jennifer A Maynard / Ilya J Finkelstein / Jason S McLellan / ![]() 要旨: The COVID-19 pandemic caused by the novel coronavirus SARS-CoV-2 has led to accelerated efforts to develop therapeutics, diagnostics, and vaccines to mitigate this public health emergency. A key ...The COVID-19 pandemic caused by the novel coronavirus SARS-CoV-2 has led to accelerated efforts to develop therapeutics, diagnostics, and vaccines to mitigate this public health emergency. A key target of these efforts is the spike (S) protein, a large trimeric class I fusion protein that is metastable and difficult to produce recombinantly in large quantities. Here, we designed and expressed over 100 structure-guided spike variants based upon a previously determined cryo-EM structure of the prefusion SARS-CoV-2 spike. Biochemical, biophysical and structural characterization of these variants identified numerous individual substitutions that increased protein yields and stability. The best variant, HexaPro, has six beneficial proline substitutions leading to ~10-fold higher expression than its parental construct and is able to withstand heat stress, storage at room temperature, and multiple freeze-thaws. A 3.2 Å-resolution cryo-EM structure of HexaPro confirmed that it retains the prefusion spike conformation. High-yield production of a stabilized prefusion spike protein will accelerate the development of vaccines and serological diagnostics for SARS-CoV-2. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 290.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 139 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 154.7 MB 154.7 MB 285.7 MB 285.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 77.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 76.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 491 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map sharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Full map unsharpened
ファイル | emd_22222_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Full map unsharpened
ファイル | emd_22222_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full map unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map A
ファイル | emd_22222_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map B
ファイル | emd_22222_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike trimer with two RBDs up
全体 | 名称: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike trimer with two RBDs up |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike trimer with two RBDs up
超分子 | 名称: Prefusion-stabilized SARS-CoV-2 spike trimer with two RBDs up タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 600 KDa |
-分子 #1: SARS-CoV-2 HexaPro S
分子 | 名称: SARS-CoV-2 HexaPro S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV CEFQFCNDPF LGVYYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NLVRDLPQGF SALEPLVDLP IGINITRFQT LLALHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPTESIVRFP NITNLCPFGE VFNATRFASV YAWNRKRISN CVADYSVLYN SASFSTFKCY GVSPTKLNDL CFTNVYADSF VIRGDEVRQI APGQTGKIAD YNYKLPDDFT GCVIAWNSNN LDSKVGGNYN YLYRLFRKSN LKPFERDIST EIYQAGSTPC NGVEGFNCYF PLQSYGFQPT NGVGYQPYRV VVLSFELLHA PATVCGPKKS TNLVKNKCVN FNFNGLTGTG VLTESNKKFL PFQQFGRDIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQDVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRAGCL IGAEHVNNSY ECDIPIGAGI CASYQTQTNS PGSASSVASQ SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTGI AVEQDKNTQE VFAQVKQIYK TPPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFGA GPALQIPFPM QMAYRFNGIG VTQNVLYENQ KLIANQFNSA IGKIQDSLSS TPSALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LSRLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVSGNCDVVI GIVNNTVYDP LQPELDSFKE ELDKYFKNHT SPDVDLGDIS GINASVVNIQ KEIDRLNEVA KNLNESLIDL QELGKYEQGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEKGGG SGGGGSGGSA WSHPQFEK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.35 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |