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万見
- EMDB-21899: CryoEM structure of human SEMA6A dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21899
タイトルCryoEM structure of human SEMA6A dimer
マップデータ
試料
  • 細胞: SEMA6A dimer
    • タンパク質・ペプチド: SEMA6A
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / negative chemotaxis ...negative regulation of cell adhesion involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of sprouting angiogenesis / semaphorin receptor binding / Other semaphorin interactions / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of neuron migration / chemorepellent activity / neural crest cell migration / negative chemotaxis / semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / cytoskeleton organization / negative regulation of angiogenesis / animal organ morphogenesis / axon guidance / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nervous system development / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of cell migration / axon / apoptotic process / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Semaphorin / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kucharska I / Rubinstein JL / Julien JP
資金援助 カナダ, 3件
OrganizationGrant number国
Other governmentOntario Early Researcher Awards program カナダ
Other governmentOntario Research Fund カナダ
Other governmentCanada Foundation for Innovation カナダ
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Recognition of Semaphorin Proteins by P. sordellii Lethal Toxin Reveals Principles of Receptor Specificity in Clostridial Toxins.
著者: Hunsang Lee / Greg L Beilhartz / Iga Kucharska / Swetha Raman / Hong Cui / Mandy Hiu Yi Lam / Huazhu Liang / John L Rubinstein / Daniel Schramek / Jean-Philippe Julien / Roman A Melnyk / Mikko Taipale /
要旨: Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome ...Pathogenic clostridial species secrete potent toxins that induce severe host tissue damage. Paeniclostridium sordellii lethal toxin (TcsL) causes an almost invariably lethal toxic shock syndrome associated with gynecological infections. TcsL is 87% similar to C. difficile TcdB, which enters host cells via Frizzled receptors in colon epithelium. However, P. sordellii infections target vascular endothelium, suggesting that TcsL exploits another receptor. Here, using CRISPR/Cas9 screening, we establish semaphorins SEMA6A and SEMA6B as TcsL receptors. We demonstrate that recombinant SEMA6A can protect mice from TcsL-induced edema. A 3.3 Å cryo-EM structure shows that TcsL binds SEMA6A with the same region that in TcdB binds structurally unrelated Frizzled. Remarkably, 15 mutations in this evolutionarily divergent surface are sufficient to switch binding specificity of TcsL to that of TcdB. Our findings establish semaphorins as physiologically relevant receptors for TcsL and reveal the molecular basis for the difference in tissue targeting and disease pathogenesis between highly related toxins.
履歴
登録2020年5月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2020年7月8日-
現状2020年7月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 8.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21899.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 8.66 / ムービー #1: 8.66
最小 - 最大-23.617193 - 43.55709
平均 (標準偏差)0.74889517 (±3.949764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin768677
サイズ10993107
Spacing10710993
セルA: 110.21 Å / B: 112.27 Å / C: 95.79 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z10710993
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z110.210112.27095.790
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ777686
NX/NY/NZ10710993
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS867677
NC/NR/NS93109107
D min/max/mean-23.61743.5570.749

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : SEMA6A dimer

全体名称: SEMA6A dimer
要素
  • 細胞: SEMA6A dimer
    • タンパク質・ペプチド: SEMA6A

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超分子 #1: SEMA6A dimer

超分子名称: SEMA6A dimer / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: SEMA6A

分子名称: SEMA6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ET GFPEDSE PISISHGNYT KQYPVFVGHK PGRNTTQRHR LDIQM IMIM NGTLYIAARD HIYTVDIDTS HTEEIYCSKK LTWKSRQADV DTCRMKGKHK DECHNF IKV LLKKNDDALF VCGTNAFNPS CRNYKMDTLE PFGDEFSGMA RCPYDAKHAN VALFADG KL ...文字列:
ET GFPEDSE PISISHGNYT KQYPVFVGHK PGRNTTQRHR LDIQM IMIM NGTLYIAARD HIYTVDIDTS HTEEIYCSKK LTWKSRQADV DTCRMKGKHK DECHNF IKV LLKKNDDALF VCGTNAFNPS CRNYKMDTLE PFGDEFSGMA RCPYDAKHAN VALFADG KL YSATVTDFLA IDAVIYRSLG ESPTLRTVKH DSKWLKEPYF VQAVDYGDYI YFFFREIA V EYNTMGKVVF PRVAQVCKND MGGSQRVLEK QWTSFLKARL NCSVPGDSHF YFNILQAVT DVIRINGRDV VLATFSTPYN SIPGSAVCAY DMLDIASVFT GRFKEQKSPD STWTPVPDER VPKPRPGCC AGSSSLERYA TSNEFPDDTL NFIKTHPLMD EAVPSIFNRP WFLRTMVRYR L TKIAVDTA AGPYQNHTVV FLGSEKGIIL KFLARIGNSG FLNDSLFLEE MSVYNSEKCS YD GVEDKRI MGMQLDRASS SLYVAFSTCV IKVPLGRCER YGKCKKTCIA SRDPYCGWIK EGG ACSHLS PNSRLTFEQD IERGNTDGLG DCHN GSWSH PQFEK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 45.24 e/Å2 / 詳細: Images were collected with FEI Falcon IV.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細FEI Falcon IV
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3afc

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 281207
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3afc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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