+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20798 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii (Primary map: sharpened. Additional map: unsharpened.) | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Campbell MG / Cormier A / Cheng Y / Nishimura SL | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
| ||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM Reveals Integrin-Mediated TGF-β Activation without Release from Latent TGF-β. 著者: Melody G Campbell / Anthony Cormier / Saburo Ito / Robert I Seed / Andrew J Bondesson / Jianlong Lou / James D Marks / Jody L Baron / Yifan Cheng / Stephen L Nishimura / 要旨: Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. ...Integrin αvβ8 binds with exquisite specificity to latent transforming growth factor-β (L-TGF-β). This binding is essential for activating L-TGF-β presented by a variety of cell types. Inhibiting αvβ8-mediated TGF-β activation blocks immunosuppressive regulatory T cell differentiation, which is a potential therapeutic strategy in cancer. Using cryo-electron microscopy, structure-guided mutagenesis, and cell-based assays, we reveal the binding interactions between the entire αvβ8 ectodomain and its intact natural ligand, L-TGF-β, as well as two different inhibitory antibody fragments to understand the structural underpinnings of αvβ8 binding specificity and TGF-β activation. Our studies reveal a mechanism of TGF-β activation where mature TGF-β signals within the confines of L-TGF-β and the release and diffusion of TGF-β are not required. The structural details of this mechanism provide a rational basis for therapeutic strategies to inhibit αvβ8-mediated L-TGF-β activation. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20798.map.gz | 1.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-20798-v30.xml emd-20798.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20798.png | 93.1 KB | ||
その他 | emd_20798_additional.map.gz emd_20798_additional_1.map.gz | 52 MB 52 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20798 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20798_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_20798_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20798_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20798 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20798 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6ujaC 6ujbC 6ujcC C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10343 (タイトル: CryoEM dataset containing multiple conformations of the asymmetric αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a holey carbon grid (strongly preferred orientations) Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned 80-frame movies of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a holey carbon grid [micrographs - multiframe] Data #2: Dose-weighted aligned micrographs of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a holey carbon grid [micrographs - single frame] Data #3: Dose-weighted aligned particle stacks of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a holey carbon grid [picked particles - single frame - processed]) EMPIAR-10344 (タイトル: CryoEM dataset containing multiple conformations of the asymmetric αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a graphene oxide grid (preferred orientations) Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned 80-frame movies of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a graphene oxide grid [micrographs - multiframe] Data #2: Dose-weighted aligned micrographs of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a graphene oxide grid [micrographs - single frame] Data #3: Dose-weighted aligned particle stacks of αVβ8 integrin bound to latent TGF-β on a graphene oxide grid [picked particles - single frame - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20798.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii, sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.345 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta,...
ファイル | emd_20798_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii (Additional unsharpened map.) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta,...
ファイル | emd_20798_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Integrin alpha-v beta-8 in complex with latent TGF-beta, Conformation ii (Additional unsharpened map.) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 ...
全体 | 名称: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 ...
超分子 | 名称: Binary complex of Integrin alpha-v beta-8 with Latent TGF-beta-1 (L-TGF-b1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
分子量 | 理論値: 260 KDa |
-超分子 #2: alpha-v beta-8 integrin
超分子 | 名称: alpha-v beta-8 integrin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) |
-超分子 #3: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein
超分子 | 名称: Transforming Growth Factor Beta-1 proprotein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 32689 |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |