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万見
- EMDB-19006: Lysosomal peptide transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19006
タイトルLysosomal peptide transporter
マップデータ
試料
  • 複合体: GLMP-MFSD1
    • タンパク質・ペプチド: Major facilitator superfamily domain-containing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Glycosylated lysosomal membrane protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードMFS transporter / MFSD family / nutrition transporter / lysosomal transporter / outward open / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptide transmembrane transport from lysosomal lumen to cytosol / dipeptide uniporter activity / protein localization to lysosome / lysosome / protein stabilization / lysosomal membrane / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Lysosomal transcription factor, NCU-G1 / Lysosomal transcription factor, NCU-G1 / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal dipeptide transporter MFSD1 / Glycosylated lysosomal membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Jungnickel KEJ / Loew C
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Other government05K18YEA ドイツ
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2024
タイトル: MFSD1 with its accessory subunit GLMP functions as a general dipeptide uniporter in lysosomes.
著者: Katharina Esther Julia Jungnickel / Océane Guelle / Miharu Iguchi / Wentao Dong / Vadim Kotov / Florian Gabriel / Cécile Debacker / Julien Dairou / Isabelle McCort-Tranchepain / Nouf N ...著者: Katharina Esther Julia Jungnickel / Océane Guelle / Miharu Iguchi / Wentao Dong / Vadim Kotov / Florian Gabriel / Cécile Debacker / Julien Dairou / Isabelle McCort-Tranchepain / Nouf N Laqtom / Sze Ham Chan / Akika Ejima / Kenji Sato / David Massa López / Paul Saftig / Ahmad Reza Mehdipour / Monther Abu-Remaileh / Bruno Gasnier / Christian Löw / Markus Damme /
要旨: The lysosomal degradation of macromolecules produces diverse small metabolites exported by specific transporters for reuse in biosynthetic pathways. Here we deorphanized the major facilitator ...The lysosomal degradation of macromolecules produces diverse small metabolites exported by specific transporters for reuse in biosynthetic pathways. Here we deorphanized the major facilitator superfamily domain containing 1 (MFSD1) protein, which forms a tight complex with the glycosylated lysosomal membrane protein (GLMP) in the lysosomal membrane. Untargeted metabolomics analysis of MFSD1-deficient mouse lysosomes revealed an increase in cationic dipeptides. Purified MFSD1 selectively bound diverse dipeptides, while electrophysiological, isotope tracer and fluorescence-based studies in Xenopus oocytes and proteoliposomes showed that MFSD1-GLMP acts as a uniporter for cationic, neutral and anionic dipeptides. Cryoelectron microscopy structure of the dipeptide-bound MFSD1-GLMP complex in outward-open conformation characterized the heterodimer interface and, in combination with molecular dynamics simulations, provided a structural basis for its selectivity towards diverse dipeptides. Together, our data identify MFSD1 as a general lysosomal dipeptide uniporter, providing an alternative route to recycle lysosomal proteolysis products when lysosomal amino acid exporters are overloaded.
履歴
登録2023年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19006.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19006.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 330. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.443
最小 - 最大-2.9615512 - 4.0634503
平均 (標準偏差)0.0010480474 (±0.053601544)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 330.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19006_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19006_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GLMP-MFSD1

全体名称: GLMP-MFSD1
要素
  • 複合体: GLMP-MFSD1
    • タンパク質・ペプチド: Major facilitator superfamily domain-containing protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Glycosylated lysosomal membrane protein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: GLMP-MFSD1

超分子名称: GLMP-MFSD1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Major facilitator superfamily domain-containing protein 1

分子名称: Major facilitator superfamily domain-containing protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 55.765551 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEDEDGEDRA LLGGRREADS AVHGAPRALS ALCDPSRLAH RLVVLSLMCF LGFGSYFCYD NPAALQTQVK RDMQVNTTKF MLLYAWYSW PNVVLCFLGG FLIDRIFGIR WGTVIFSCFV CIGQVIFALG GIFNAFWLME LGRFVFGIGG ESLAVAQNTY A VSWFKGKE ...文字列:
MEDEDGEDRA LLGGRREADS AVHGAPRALS ALCDPSRLAH RLVVLSLMCF LGFGSYFCYD NPAALQTQVK RDMQVNTTKF MLLYAWYSW PNVVLCFLGG FLIDRIFGIR WGTVIFSCFV CIGQVIFALG GIFNAFWLME LGRFVFGIGG ESLAVAQNTY A VSWFKGKE LNLVFGLQLS MARIGSTVNM NLMGWLYGKI EALLGSAGHM TLGVTLMIGC ITCIFSLICA LALAYLDRRA EK ILHKEQG KTGEVIKLRD IKDFSLPLIL VFVICVCYYV AVFPFIGLGK VFFMEKFRFS SQSASAINSI VYIISAPMSP LFG LLVDKT GKNIIWVLYA VAATLVSHMM LAFTFWNPWI AMCLLGFSYS LLACALWPMV AFIVPEHQLG TAYGFMQSIQ NLGL AVIAI LAGMILDSKG YLLLEVFFIA CVSLSLLAVV CLYLVNRAQG GNLNYSAKQR ERMKLSHPEI IILEVLFQGP SSGWS HPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EK

UniProtKB: Lysosomal dipeptide transporter MFSD1

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分子 #2: Glycosylated lysosomal membrane protein

分子名称: Glycosylated lysosomal membrane protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 43.102711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFRCWGPHWG WVPCAPTPWL LLSLLVCSAP FGLQGEETRQ VSMEVISGWP NPQNLLHIRA VGSNSTLHYV WSSLGPPAVV LVATNTTQS VLSVNWSLLL SPDPAGALMV LPKSSIQFSS ALVFTRLLEF DSTNASEGAQ PPGKPYPPYS LAKFSWNNIT N SLDLANLS ...文字列:
MFRCWGPHWG WVPCAPTPWL LLSLLVCSAP FGLQGEETRQ VSMEVISGWP NPQNLLHIRA VGSNSTLHYV WSSLGPPAVV LVATNTTQS VLSVNWSLLL SPDPAGALMV LPKSSIQFSS ALVFTRLLEF DSTNASEGAQ PPGKPYPPYS LAKFSWNNIT N SLDLANLS ADFQGRPVDD PTGAFANGSL TFKVQAFSRS GRPAQPPRLL HTADVCQLEV ALVGASPRGN HSLFGLEVAT LG QGPDCPS VNERNSIDDE YAPAVFQLNQ LLWGSSPSGF MQWRPVAFSE EERARESALP CQASTLHSTL ASSLPHSPIV QAF FGSQNN FCAFNLTFGA PTGPGYWDQY YLCWSMLLGM GFPPVDIFSP LVLGIMAVAL GAPGLMFLGG GLFLLGSAGS AAGS GEF

UniProtKB: Glycosylated lysosomal membrane protein

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.33 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHis-Ala
150.0 mMsodium chlorideNaCl
0.015 %DDM
0.0015 %CHS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3193 / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 400191
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8r8q:
Lysosomal peptide transporter

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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