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万見
- EMDB-18517: p97 (VCP) mutant - F539A with its adaptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18517
タイトルp97 (VCP) mutant - F539A with its adaptor
マップデータPost-processed map
試料
  • 複合体: Tertiary complex of the hexameric p97 F539A mutant with its adaptor
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear protein localization protein 4 homolog
キーワードHexameric complex / ATPase / Unfoldase / Protein Quality Control / Segregase / CHAPERONE
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rattus (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Arie M / Matzov D / Karmona R / Szenkier N / Stanhill A / Navon A
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation2038/17 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: p97 (VCP) mutant - F539A with its adaptor
著者: Arie M / Matzov D / Karmona R / Szenkier N / Stanhill A / Navon A
履歴
登録2023年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月29日-
マップ公開2024年5月29日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18517.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18517.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post-processed map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 360 pix.
= 285.48 Å		0.79 Å/pix.
x 360 pix.
= 285.48 Å		0.79 Å/pix.
x 360 pix.
= 285.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.793 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00797
最小 - 最大-0.058161628 - 0.09663817
平均 (標準偏差)0.00021431719 (±0.0026036876)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 285.47998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_18517_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_18517_half_map_1.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_18517_half_map_2.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tertiary complex of the hexameric p97 F539A mutant with its adaptor

全体名称: Tertiary complex of the hexameric p97 F539A mutant with its adaptor
要素
  • 複合体: Tertiary complex of the hexameric p97 F539A mutant with its adaptor
    • タンパク質・ペプチド: Transitional endoplasmic reticulum ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear protein localization protein 4 homolog

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超分子 #1: Tertiary complex of the hexameric p97 F539A mutant with its adaptor

超分子名称: Tertiary complex of the hexameric p97 F539A mutant with its adaptor
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The mutant generated by the replacement of phenylalanine to alanine at position 539
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Transitional endoplasmic reticulum ATPase

分子名称: Transitional endoplasmic reticulum ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MASGADSKGD DLSTAILKQK NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVR NNLRVRLGDV ISIQPCPDVK YGKRIHVLPI DDTVEGITGN LFEVYLKPYF LEAYRPIRKG DIFLVRGGMR A VEFKVVET ...文字列:
MASGADSKGD DLSTAILKQK NRPNRLIVDE AINEDNSVVS LSQPKMDELQ LFRGDTVLLK GKKRREAVCI VLSDDTCSDE KIRMNRVVR NNLRVRLGDV ISIQPCPDVK YGKRIHVLPI DDTVEGITGN LFEVYLKPYF LEAYRPIRKG DIFLVRGGMR A VEFKVVET DPSPYCIVAP DTVIHCEGEP IKREDEEESL NEVGYDDIGG CRKQLAQIKE MVELPLRHPA LFKAIGVKPP RG ILLYGPP GTGKTLIARA VANETGAFFF LINGPEIMSK LAGESESNLR KAFEEAEKNA PAIIFIDELD AIAPKREKTH GEV ERRIVS QLLTLMDGLK QRAHVIVMAA TNRPNSIDPA LRRFGRFDRE VDIGIPDATG RLEILQIHTK NMKLADDVDL EQVA NETHG HVGADLAALC SEAALQAIRK KMDLIDLEDE TIDAEVMNSL AVTMDDFRWA LSQSNPSALR ETVVEVPQVT WEDIG GLED VKRELQELVQ YPVEHPDKFL KFGMTPSKGV LFYGPPGCGK TLLAKAIANE CQANAISIKG PELLTMWFGE SEANVR EIF DKARQAAPCV LFFDELDSIA KARGGNIGDG GGAADRVINQ ILTEMDGMST KKNVFIIGAT NRPDIIDPAI LRPGRLD QL IYIPLPDEKS RVAILKANLR KSPVAKDVDL EFLAKMTNGF SGADLTEICQ RACKLAIRES IESEIRRERE RQTNPSAM E VEEDDPVPEI RRDHFEEAMR FARRSVSDND IRKYEMFAQT LQQSRGFGSF RFPSGNQGGA GPSQGSGGGT GGSVYTEDN DDDLYG

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分子 #2: Nuclear protein localization protein 4 homolog

分子名称: Nuclear protein localization protein 4 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MAEGTIIRVQ SPDGVKRITA TKRETAATFL KKVAKEFGFQ NNGFSVYINR NKTGEITASS SKSLHLLKI KHGDLLFLFP SSLAGPSSEM ETSTSVGLKA FGAPHVVEDE IDQYLSKQDG K IYRSRDPQ LCRHGPLGKC VHCVPLEPFD EDYLNHLEPP VKHMSFHAYI ...文字列:
MAEGTIIRVQ SPDGVKRITA TKRETAATFL KKVAKEFGFQ NNGFSVYINR NKTGEITASS SKSLHLLKI KHGDLLFLFP SSLAGPSSEM ETSTSVGLKA FGAPHVVEDE IDQYLSKQDG K IYRSRDPQ LCRHGPLGKC VHCVPLEPFD EDYLNHLEPP VKHMSFHAYI RKLTGGADKG KF VALENIS CKIKSGCEGH LPWPNGICTK CQPSAITLNR QKYRHVDNIM FENHTVADRF LDF WRKTGN QHFGYLYGRY TEHKDIPLGI RAEVAAIYEP PQIGTQNSLE LLEDPKAEVV DEIA SKLGL RKVGWIFTDL VSEDTRKGTV RYSRNKDTYF LSSEECITAG DFQNKHPNIC RLSPD GHFG SKFVTAVATG GPDNQVHFEG YQVSNQCMAL VRDECLLPCK DAPELGYAKE SSSEQY VPD VFYKDIDKFG NEITQLARPL PVEYLIIDIT TTFPKDPVYT FSISQNPFPI ENRDVLG ET QDFHSLATYL SQNTSSVFLD TISDFHLLLF LVTNEVMPLQ DSISLLLEAV RTRNEELA Q TWKKSEQWAT IEQLCSTVGV QLPGLHEFGA VGGSARAATS AMWACQHCTF MNQPGTGHC EMCSLPRT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
30.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC4H10O2S2DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: pre-blotting incubation time of 20 seconds and blot for 3.5 seconds with -1 blot force.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 11807 / 平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2448068
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20730

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3) / 使用した粒子像数: 399769
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

0730


Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: FROM EMDB
精密化温度因子: 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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