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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | Human pseudouridine synthase 3 and tRNA-Gln | ||||||||||||
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![]() | RNA modification / pseudouridylation / tRNA / homodimer / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA pseudouridine38/39 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / tRNA modification in the nucleus and cytosol / tRNA modification / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Lin T-Y / Glatt S | ||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Human pseudouridine synthase 3 (PUS3) and tRNA-Gln 著者: Lin T-Y / Glatt S | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 70.4 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 64 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 875.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 874.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8okdMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : homodimer of PUS3 and tRNA-Gln complex
全体 | 名称: homodimer of PUS3 and tRNA-Gln complex |
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要素 |
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-超分子 #1: homodimer of PUS3 and tRNA-Gln complex
超分子 | 名称: homodimer of PUS3 and tRNA-Gln complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 110 KDa |
-超分子 #2: Pseudouridine synthase 3 (PUS3)
超分子 | 名称: Pseudouridine synthase 3 (PUS3) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: tRNA-Gln
超分子 | 名称: tRNA-Gln / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: tRNA pseudouridine(38/39) synthase
分子 | 名称: tRNA pseudouridine(38/39) synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: tRNA pseudouridine38/39 synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 55.704199 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AMADNDTDRN QTEKLLKRVR ELEQEVQRLK KEQAKNKEDS NIRENSAGAG KTKRAFDFSA HGRRHVALRI AYMGWGYQGF ASQENTNNT IEEKLFEALT KTRLVESRQT SNYHRCGRTA KGVSAFGQVI SLDLRSQFPR GRDSEDFNVK EEANAAAEEI R YTHILNRV ...文字列: AMADNDTDRN QTEKLLKRVR ELEQEVQRLK KEQAKNKEDS NIRENSAGAG KTKRAFDFSA HGRRHVALRI AYMGWGYQGF ASQENTNNT IEEKLFEALT KTRLVESRQT SNYHRCGRTA KGVSAFGQVI SLDLRSQFPR GRDSEDFNVK EEANAAAEEI R YTHILNRV LPPDIRILAW APVEPSFSAR FSCLERTYRY FFPRADLDIV TMDYAAQKYV GTHDFRNLCK MDVANGVINF QR TILSAQV QLVGQSPGEG RWQEPFQLCQ FEVTGQAFLY HQVRCMMAIL FLIGQGMEKP EIIDELLNIE KNPQKPQYSM AVE FPLVLY DCKFENVKWI YDQEAQEFNI THLQQLWANH AVKTHMLYSM LQGLDTVPVP CGIGPKMDGM TEWGNVKPSV IKQT SAFVE GVKMRTYKPL MDRPKCQGLE SRIQHFVRRG RIEHPHLFHE EETKAKRDCN DTLEEENTNL ETPTKRVCVD TEIKS II UniProtKB: tRNA pseudouridine(38/39) synthase |
-分子 #2: human tRNA-Gln (70-MER)
分子 | 名称: human tRNA-Gln (70-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.047236 KDa |
配列 | 文字列: GGCCCCAUGG UGUAAUGGUU AGCACUCUGG ACUUUGAAUC CAGCGAUCCG AGUUCAAAUC UCGGUGGGAC CUCCA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 8 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8320 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | ![]() PDB-8okd: |