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万見
- EMDB-14135: Bovine complex I in lipid nanodisc, Deactive-ligand (consensus) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14135
タイトルBovine complex I in lipid nanodisc, Deactive-ligand (consensus)
マップデータLocally sharpened consensus map generated using Phenix Autosharpen
試料
  • 複合体: Consensus map of mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound
キーワードMitochondrial complex I / Respiratory complex I / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Nanodisc / ELECTRON TRANSPORT
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chung I / Bridges HR / Hirst J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_00015/2 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structures define ubiquinone-10 binding to mitochondrial complex I and conformational transitions accompanying Q-site occupancy
著者: Chung I / Wright JJ / Bridges HR / Ivanov BS / Biner O / Pereira CS / Arantes GM / Hirst J
履歴
登録2022年1月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14135.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Locally sharpened consensus map generated using Phenix Autosharpen
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 479.744 Å		0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 479.744 Å		0.75 Å/pix.
x 640 pix.
= 479.744 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.7496 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.2
最小 - 最大-22.166204 - 36.530265999999997
平均 (標準偏差)0.000051981297 (±0.79403454)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 479.744 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14135_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Globally sharpened consensus map generated using RELION Postprocess

ファイルemd_14135_additional_1.map
注釈Globally sharpened consensus map generated using RELION Postprocess
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 generated using RELION Postprocess (unsharpened...

ファイルemd_14135_half_map_1.map
注釈Half map 1 generated using RELION Postprocess (unsharpened and unfiltered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 generated using RELION Postprocess (unsharpened...

ファイルemd_14135_half_map_2.map
注釈Half map 2 generated using RELION Postprocess (unsharpened and unfiltered)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Consensus map of mitochondrial complex I in the deactive state wi...

全体名称: Consensus map of mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound
要素
  • 複合体: Consensus map of mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound

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超分子 #1: Consensus map of mitochondrial complex I in the deactive state wi...

超分子名称: Consensus map of mitochondrial complex I in the deactive state with a ligand bound
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#45
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart / Organelle: Mitochondria
分子量理論値: 1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.78 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMMOPS3-(N-morpholino)propanesulfonic acid
50.0 mMKClpotassium chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
詳細: Following glow discharge for 90 s at 20 mA, the grid was treated for 48 hours in an anaerobic glovebox in ethanol containing 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol, washed three times in ...詳細: Following glow discharge for 90 s at 20 mA, the grid was treated for 48 hours in an anaerobic glovebox in ethanol containing 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol, washed three times in ethanol and dried prior to blotting
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 10 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6780 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 40.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1078933
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 235957
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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