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- EMDB-13594: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae TOROID (TORC1 Organ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13594
タイトルCryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae TOROID (TORC1 Organized in Inhibited Domains).
マップデータMain EM map of TORC1 in TOROID (TORC1 Organized in Inhibited Domains), obtained by Single Particle Analysis (SPA) after signal subtraction performed on TOROID filaments.
試料
  • 複合体: TORC1 Organized in Inhibited Domains (TOROID)
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 1 subunit KOG1,Target of rapamycin complex 1 subunit Kog1
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase TOR2
キーワードTARGET OF RAPAMYCIN / TORC1 / KOG1 / LST8 / TOR2 / FRB DOMAIN / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


PIP3 activates AKT signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of snRNA pseudouridine synthesis / mitochondria-nucleus signaling pathway / Regulation of TP53 Degradation / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / HSF1-dependent transactivation / VEGFR2 mediated vascular permeability ...PIP3 activates AKT signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / regulation of snRNA pseudouridine synthesis / mitochondria-nucleus signaling pathway / Regulation of TP53 Degradation / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / HSF1-dependent transactivation / VEGFR2 mediated vascular permeability / fungal-type cell wall organization / Amino acids regulate mTORC1 / TORC2 complex / TORC1 complex / TORC1 signaling / fungal-type vacuole membrane / cellular response to nitrogen starvation / vacuolar membrane / positive regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of macroautophagy / positive regulation of endocytosis / TOR signaling / cytoskeleton organization / cellular response to starvation / protein serine/threonine kinase activator activity / nuclear periphery / negative regulation of autophagy / response to nutrient / ubiquitin binding / regulation of autophagy / regulation of cell growth / regulation of actin cytoskeleton organization / cellular response to amino acid stimulus / cytoplasmic stress granule / ribosome biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of cell growth / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / endosome membrane / Golgi membrane / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / protein-containing complex binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR ...Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PIK-related kinase, FAT / FATC domain / FATC / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase TOR2 / Target of rapamycin complex 1 subunit KOG1 / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Felix J / Prouteau M / Bourgoint C / Bonadei L / Desfosses A / Gabus C / Sadian Y / Savvides SN / Gutsche I / Loewith R
資金援助European Union, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)834394European Union
Swiss National Science Foundation179517European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission789385European Union
European Research Council (ERC)64778European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: EGOC inhibits TOROID polymerization by structurally activating TORC1.
著者: Manoël Prouteau / Clélia Bourgoint / Jan Felix / Lenny Bonadei / Yashar Sadian / Caroline Gabus / Savvas N Savvides / Irina Gutsche / Ambroise Desfosses / Robbie Loewith /
要旨: Target of rapamycin complex 1 (TORC1) is a protein kinase controlling cell homeostasis and growth in response to nutrients and stresses. In Saccharomyces cerevisiae, glucose depletion triggers a ...Target of rapamycin complex 1 (TORC1) is a protein kinase controlling cell homeostasis and growth in response to nutrients and stresses. In Saccharomyces cerevisiae, glucose depletion triggers a redistribution of TORC1 from a dispersed localization over the vacuole surface into a large, inactive condensate called TOROID (TORC1 organized in inhibited domains). However, the mechanisms governing this transition have been unclear. Here, we show that acute depletion and repletion of EGO complex (EGOC) activity is sufficient to control TOROID distribution, independently of other nutrient-signaling pathways. The 3.9-Å-resolution structure of TORC1 from TOROID cryo-EM data together with interrogation of key interactions in vivo provide structural insights into TORC1-TORC1' and TORC1-EGOC interaction interfaces. These data support a model in which glucose-dependent activation of EGOC triggers binding to TORC1 at an interface required for TOROID assembly, preventing TORC1 polymerization and promoting release of active TORC1.
履歴
登録2021年9月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main EM map of TORC1 in TOROID (TORC1 Organized in Inhibited Domains), obtained by Single Particle Analysis (SPA) after signal subtraction performed on TOROID filaments.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 405. Å		1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 405. Å		1.35 Å/pix.
x 300 pix.
= 405. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.057120483 - 2.3437147
平均 (標準偏差)0.0039005666 (±0.04260644)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 405.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: EM half map 1 of TORC1 in TOROID...

ファイルemd_13594_half_map_1.map
注釈EM half map 1 of TORC1 in TOROID (TORC1 Organized in Inhibited Domains), obtained by Single Particle Analysis (SPA) after signal subtraction performed on TOROID filaments.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map 2 of TORC1 in TOROID...

ファイルemd_13594_half_map_2.map
注釈EM half map 2 of TORC1 in TOROID (TORC1 Organized in Inhibited Domains), obtained by Single Particle Analysis (SPA) after signal subtraction performed on TOROID filaments.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TORC1 Organized in Inhibited Domains (TOROID)

全体名称: TORC1 Organized in Inhibited Domains (TOROID)
要素
  • 複合体: TORC1 Organized in Inhibited Domains (TOROID)
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex 1 subunit KOG1,Target of rapamycin complex 1 subunit Kog1
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase TOR2

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超分子 #1: TORC1 Organized in Inhibited Domains (TOROID)

超分子名称: TORC1 Organized in Inhibited Domains (TOROID) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RL174-5b: MATa; TB50, KOG1::TAP-HIS3 tor1Delta::KanMX6

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分子 #1: Target of rapamycin complex 1 subunit KOG1,Target of rapamycin co...

分子名称: Target of rapamycin complex 1 subunit KOG1,Target of rapamycin complex 1 subunit Kog1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: S. cerevisiae TOROIDS (TORC1 Organized in Inhibited Domains) in the sample are composed of Kog1 (P38873) Lst8, P41318) and Tor2 (P32600),S. cerevisiae TOROIDS (TORC1 Organized in Inhibited ...詳細: S. cerevisiae TOROIDS (TORC1 Organized in Inhibited Domains) in the sample are composed of Kog1 (P38873) Lst8, P41318) and Tor2 (P32600),S. cerevisiae TOROIDS (TORC1 Organized in Inhibited Domains) in the sample are composed of Kog1 (P38873) Lst8, P41318) and Tor2 (P32600)
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 183.594562 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MPEIYGPQPL KPLNTVMRHG FEEQYQSDQL LQSLANDFIF YFDDKRHKTN GNPIPEEDKQ RDVNRYYQPI TDWKIMKDRQ KTVSAALLL CLNLGVDPPD VMKTHPCARV EAWVDPLNFQ DSKKAIEQIG KNLQAQYETL SLRTRYKQSL DPCVEDVKRF C NSLRRTSK ...文字列:
MPEIYGPQPL KPLNTVMRHG FEEQYQSDQL LQSLANDFIF YFDDKRHKTN GNPIPEEDKQ RDVNRYYQPI TDWKIMKDRQ KTVSAALLL CLNLGVDPPD VMKTHPCARV EAWVDPLNFQ DSKKAIEQIG KNLQAQYETL SLRTRYKQSL DPCVEDVKRF C NSLRRTSK EDRILFHYNG HGVPKPTKSG EIWVFNRGYT QYIPVSLYDL QTWLGAPCIF VYDCNSAENI LINFQKFVQK RI KDDEEGN HDVAAPSPTS AYQDCFQLAS CTSDELLLMS PELPADLFSC CLTCPIEISI RIFLMQSPLK DSKYKIFFEN STS NQPFGD SKNSFKSKIP NVNIPGMLSD RRTPLGELNW IFTAITDTIA WTSLPRPLFK KLFRHDLMIA ALFRNFLLAK RIMP WYNCH PVSDPELPDS ITTHPMWKSW DLAMDEVLTK IVIDLKNAPP ATALESQMIL QQQETLQNGG SSKSNAQDTK AGSIQ TQSR FAVANLSTMS LVNNPALQSR KSISLQSSQQ QLQQQQQQQQ QFTGFFEQNL TAFELWLKYA SNVRHPPEQL PIVLQV LLS QVHRIRALVL LSRFLDLGPW AVYLSLSIGI FPYVLKLLQS PAPELKPILV FIWARIMSID YKNTQSELIK EKGYMYF VT VLVPDWGVNG MSATNGSAMI NSGNPLTMTA SQNINGPSSR YYERQQGNRT SNLGHNNLPF YHSNDTTDEQ KAMAVFVL A SFVRNFPLGQ KNCFSLELVN KLCFYIDNSE IPLLRQWCVI LLGLLFADNP LNRFVCMNTG AVEILLKSLK DPVPEVRTA SIFALKHFIS GFQDAEVILR LQQEFEEQYQ QLHSQLQHLQ NQSHLQQQQS QQQQQHLEQQ QMKIEKQIRH CQVMQNQLEV IDLRKLKRQ EIGNLISILP LINDGSSLVR KELVVYFSHI VSRYSNFFIV VVFNDLLEEI KLLEKSDINT RNTSDKYSVS Q GSIFYTVW KSLLILAEDP FLENKELSKQ VIDYILLELS AHKELGGPFA VMEKFLLKRS SKAHQTGKFG FNSSQVQFVK SS LRSFSPN ERVDNNAFKK EQQQHDPKIS HPMRTSLAKL FQSLGFSESN SDSDTQSSNT SMKSHTSKKG PSGLYLLNGN NNI YPTAET PRFRKHTEPL QLPLNSSFLD YSREYFQEPQ MKKQEADEPG SVEYNARLWR RNRNETIIQE TQGEKKLSIY GNWS KKLIS LNNKSQPKLM KFAQFEDQLI TADDRSTITV FDWEKGKTLS KFSNGTPFGT KVTDLKLINE DDSALLLTGS SDGVI KIYR DYQDVDTFKI VSAWRGLTDM LLTPRSTGLL TEWLQIRGSL LTTGDVKVIR VWDAHTETVE VDIPAKTSSL ITSLTA DQL AGNIFVAGFA DGSLRVYDRR LDPRDSMIRR WRAGNDKQGV WINNVHLQRG GYRELVSGAT NGVVELWDIR SEDPVES FV DQNVTSQYGS QQKPTTMTCM QVHEHAPIIA TGTKQIKIWT TSGDLLNSFK NSHNNGVTST LAATGIPKSL SYSSTSDA F LSSMAFHPHR MMIAATNSHD SIVNIYKCED ERIDYFRTLQ VDKRRWKKNF IAVSAANRFK KISSSGALDY DIPTTASVD GSENLYFQ

UniProtKB: Target of rapamycin complex 1 subunit KOG1

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分子 #2: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: S. cerevisiae TOROIDs (TORC1 Organized in Inhibited Domains) in the sample are composed of Kog1 (P38873), Lst8 (P41318) and Tor2 (P32600)
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 34.077879 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSVILVSAGY DHTIRFWEAL TGVCSRTIQH SDSQVNRLEI TNDKKLLATA GHQNVRLYDI RTTNPNPVAS FEGHRGNVTS VSFQQDNRW MVTSSEDGTI KVWDVRSPSI PRNYKHNAPV NEVVIHPNQG ELISCDRDGN IRIWDLGENQ CTHQLTPEDD T SLQSLSMA ...文字列:
MSVILVSAGY DHTIRFWEAL TGVCSRTIQH SDSQVNRLEI TNDKKLLATA GHQNVRLYDI RTTNPNPVAS FEGHRGNVTS VSFQQDNRW MVTSSEDGTI KVWDVRSPSI PRNYKHNAPV NEVVIHPNQG ELISCDRDGN IRIWDLGENQ CTHQLTPEDD T SLQSLSMA SDGSMLAAAN TKGNCYVWEM PNHTDASHLK PVTKFRAHST YITRILLSSD VKHLATCSAD HTARVWSIDD DF KLETTLD GHQRWVWDCA FSADSAYLVT ASSDHYVRLW DLSTREIVRQ YGGHHKGAVC VALNDV

UniProtKB: Target of rapamycin complex subunit LST8

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分子 #3: Serine/threonine-protein kinase TOR2

分子名称: Serine/threonine-protein kinase TOR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3
詳細: S. cerevisiae TOROIDs (TORC1 Organized in Inhibited Domains) in the sample are composed of Kog1 (P38873), Lst8 (P41318) and Tor2 (P32600)
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 1-phosphatidylinositol 4-kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 281.915438 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNKYINKYTT PPNLLSLRQR AEGKHRTRKK LTHKSHSHDD EMSTTSNTDS NHNGPNDSGR VITGSAGHIG KISFVDSELD TTFSTLNLI FDKLKSDVPQ ERASGANELS TTLTSLAREV SAEQFQRFSN SLNNKIFELI HGFTSSEKIG GILAVDTLIS F YLSTEELP ...文字列:
MNKYINKYTT PPNLLSLRQR AEGKHRTRKK LTHKSHSHDD EMSTTSNTDS NHNGPNDSGR VITGSAGHIG KISFVDSELD TTFSTLNLI FDKLKSDVPQ ERASGANELS TTLTSLAREV SAEQFQRFSN SLNNKIFELI HGFTSSEKIG GILAVDTLIS F YLSTEELP NQTSRLANYL RVLIPSSDIE VMRLAANTLG RLTVPGGTLT SDFVEFEVRT CIDWLTLTAD NNSSSSKLEY RR HAALLII KALADNSPYL LYPYVNSILD NIWVPLRDAK LIIRLDAAVA LGKCLTIIQD RDPALGKQWF QRLFQGCTHG LSL NTNDSV HATLLVFREL LSLKAPYLRD KYDDIYKSTM KYKEYKFDVI RREVYAILPL LAAFDPAIFT KKYLDRIMVH YLRY LKNID MNAANNSDKP FILVSIGDIA FEVGSSISPY MTLILDNIRE GLRTKFKVRK QFEKDLFYCI GKLACALGPA FAKHL NKDL LNLMLNCPMS DHMQETLMIL NEKIPSLEST VNSRILNLLS ISLSGEKFIQ SNQYDFNNQF SIEKARKSRN QSFMKK TGE SNDDITDAQI LIQCFKMLQL IHHQYSLTEF VRLITISYIE HEDSSVRKLA ALTSCDLFIK DDICKQTSVH ALHSVSE VL SKLLMIAITD PVAEIRLEIL QHLGSNFDPQ LAQPDNLRLL FMALNDEIFG IQLEAIKIIG RLSSVNPAYV VPSLRKTL L ELLTQLKFSN MPKKKEESAT LLCTLINSSD EVAKPYIDPI LDVILPKCQD ASSAVASTAL KVLGELSVVG GKEMTRYLK ELMPLIINTF QDQSNSFKRD AALTTLGQLA ASSGYVVGPL LDYPELLGIL INILKTENNP HIRRGTVRLI GILGALDPYK HREIEVTSN SKSSVEQNAP SIDIALLMQG VSPSNDEYYP TVVIHNLMKI LNDPSLSIHH TAAIQAIMHI FQNLGLRCVS F LDQIIPGI ILVMRSCPPS QLDFYFQQLG SLISIVKQHI RPHVEKIYGV IREFFPIIKL QITIISVIES ISKALEGEFK RF VPETLTF FLDILENDQS NKRIVPIRIL KSLVTFGPNL EDYSHLIMPI VVRMTEYSAG SLKKISIITL GRLAKNINLS EMS SRIVQA LVRILNNGDR ELTKATMNTL SLLLLQLGTD FVVFVPVINK ALLRNRIQHS VYDQLVNKLL NNECLPTNII FDKE NEVPE RKNYEDEMQV TKLPVNQNIL KNAWYCSQQK TKEDWQEWIR RLSIQLLKES PSACLRSCSS LVSVYYPLAR ELFNA SFSS CWVELQTSYQ EDLIQALCKA LSSSENPPEI YQMLLNLVEF MEHDDKPLPI PIHTLGKYAQ KCHAFAKALH YKEVEF LEE PKNSTIEALI SINNQLHQTD SAIGILKHAQ QHNELQLKET WYEKLQRWED ALAAYNEKEA AGEDSVEVMM GKLRSLY AL GEWEELSKLA SEKWGTAKPE VKKAMAPLAA GAAWGLEQWD EIAQYTSVMK SQSPDKEFYD AILCLHRNNF KKAEVHIF N ARDLLVTELS ALVNESYNRA YNVVVRAQII AELEEIIKYK KLPQNSDKRL TMRETWNTRL LGCQKNIDVW QRILRVRSL VIKPKEDAQV RIKFANLCRK SGRMALAKKV LNTLLEETDD PDHPNTAKAS PPVVYAQLKY LWATGLQDEA LKQLINFTSR MAHDLGLDP NNMIAQSVPQ QSKRVPRHVE DYTKLLARCF LKQGEWRVCL QPKWRLSNPD SILGSYLLAT HFDNTWYKAW H NWALANFE VISMLTSVSK KKQEGSDASS VTDINEFDNG MIGVNTFDAK EVHYSSNLIH RHVIPAIKGF FHSISLSESS SL QDALRLL TLWFTFGGIP EATQAMHEGF NLIQIGTWLE VLPQLISRIH QPNQIVSRSL LSLLSDLGKA HPQALVYPLM VAI KSESLS RQKAALSIIE KMRIHSPVLV DQAELVSHEL IRMAVLWHEQ WYEGLDDASR QFFGEHNTEK MFAALEPLYE MLKR GPETL REISFQNSFG RDLNDAYEWL MNYKKSKDVS NLNQAWDIYY NVFRKIGKQL PQLQTLELQH VSPKLLSAHD LELAV PGTR ASGGKPIVKI SKFEPVFSVI SSKQRPRKFC IKGSDGKDYK YVLKGHEDIR QDSLVMQLFG LVNTLLQNDA ECFRRH LDI QQYPAIPLSP KSGLLGWVPN SDTFHVLIRE HREAKKIPLN IEHWVMLQMA PDYDNLTLLQ KVEVFTYALN NTEGQDL YK VLWLKSRSSE TWLERRTTYT RSLAVMSMTG YILGLGDRHP SNLMLDRITG KVIHIDFGDC FEAAILREKF PEKVPFRL T RMLTYAMEVS GIEGSFRITC ENVMKVLRDN KGSLMAILEA FAFDPLINWG FDLPTKKIEE ETGIQLPVMN ANELLSNGA ITEEEVQRVE NEHKNAIRNA RAMLVLKRIT DKLTGNDIRR FNDLDVPEQV DKLIQQATSV ENLCQHYIGW CPFW

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase TOR2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMMES-NaOH2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid-sodium hydroxide
5.0 mMCHAPS3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate
600.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMDTTDithiothreitol
Phosphatase Inhibitor Mix
1.0 1 tablet/50 mlComplete Complete Protease Inhibitor Cocktail (Roche)
1.0 mMPMSFphenylmethylsulfonyl fluoride
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-16 / 実像数: 4901 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 37000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 219455
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3814

最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.01)
詳細: Based on an initial helical reconstruction in RELION2.0, we performed signal subtraction to generate a set of 219,455 subtracted particles containing one isolated Torc1 assembly per segment. ...詳細: Based on an initial helical reconstruction in RELION2.0, we performed signal subtraction to generate a set of 219,455 subtracted particles containing one isolated Torc1 assembly per segment. Next, we employed the localrec module in Scipion to crop and re-center the signal subtracted particles in a smaller box of 300 pixels, as well as assigning to each particle a refined defocus based on the helical geometry. Single-particle analysis of the subtracted particles using 3D refinement in RELION2.0, while imposing D1 symmetry, resulted in a map with a resolution of 4.5 Angstrom (FSC = 0.143). We then imported the particles from the RELION2.0 refinement in cryoSPARC 3.01. After 2D classification and class selection, a set of 213808 selected particles was used for Non-Uniform refinement in cryoSPARC 3.01, employing a dynamic mask, imposing D1 symmetry, using the option to keep particles from the same helix in the same half-set, and allowing high-order aberration estimation and correction, which resulted in a final map with a resolution of 3.87 Angstrom (FSC = 0.143).
使用した粒子像数: 218872
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.01)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.01)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

詳細Initial homology models of Tor2 and Lst8 were generated using Phyre2, while a model of Kog1 was generated using ITasser. Homology models of Tor2, Lst8 and Kog1 were first manually placed in the final 3D map followed by rigid-body fitting in Chimera. The rigid-body fitted models were subsequently subjected to a round of flexible fitting using Imodfit followed by automatic molecular dynamics flexible fitting using NAMDINATOR. The flexibly fitted structure was then refined using the Phenix software package.
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7pqh:
Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae TOROID (TORC1 Organized in Inhibited Domains).

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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