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万見
- EMDB-12993: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12993
タイトルCenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
マップデータ
試料
  • 複合体: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
    • 複合体: Kinetochore subunit
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1
    • 複合体: Histones
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • 複合体: DNA (152-MER), DNA (123-MER)
      • DNA: DNA (152-MER)
      • DNA: DNA (123-MER)
キーワードKinetochore / Nucleosome / Complex / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / RmlC-like jelly roll fold / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B ...Mif2, N-terminal / Kinetochore CENP-C fungal homologue, Mif2, N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / RmlC-like jelly roll fold / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MIF2 isoform 1 / CSE4 isoform 1 / Histone H2B / Histone H2A / Histone H4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Yan K / Yang J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
著者: Yan K / Yang J / Zhang Z / Barford D
履歴
登録2021年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.009
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7on1
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7on1
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12993.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.009 / ムービー #1: 0.009
最小 - 最大-0.031082341 - 0.057323515
平均 (標準偏差)0.00010721267 (±0.0014586484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z272.000272.000272.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0310.0570.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C

全体名称: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
要素
  • 複合体: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C
    • 複合体: Kinetochore subunit
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1
    • 複合体: Histones
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
    • 複合体: DNA (152-MER), DNA (123-MER)
      • DNA: DNA (152-MER)
      • DNA: DNA (123-MER)

+
超分子 #1: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C

超分子名称: Cenp-A nucleosome in complex with Cenp-C / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Kinetochore subunit

超分子名称: Kinetochore subunit / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #3: Histones

超分子名称: Histones / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #4: DNA (152-MER), DNA (123-MER)

超分子名称: DNA (152-MER), DNA (123-MER) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0006610.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 62.553461 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MDYMKLGLKS RKTGIDVKQD IPKDEYSMEN IDDFFKDDET SLISMRRKSR RKSSLFLPST LNGDTKNVLP PFLQSYKSQD DEVVQSPSG KGDGSRRSSL LSHQSNFLSP ANDFEPIEEE PEQEENDIRG NDFATPITQK LSKPTYKRKY STRYSLDTSE S PSVRLTPD ...文字列:
MDYMKLGLKS RKTGIDVKQD IPKDEYSMEN IDDFFKDDET SLISMRRKSR RKSSLFLPST LNGDTKNVLP PFLQSYKSQD DEVVQSPSG KGDGSRRSSL LSHQSNFLSP ANDFEPIEEE PEQEENDIRG NDFATPITQK LSKPTYKRKY STRYSLDTSE S PSVRLTPD RITNKNVYSD VPDLVADEDD DDRVNTSLNT SDNALLEDEL EDDGFIPESE EDGDYIESDS SLDSGSDSAS DS DGDNTYQ EVEEEAEVNT NDNEDDYIRR QASDVVRTDS IIDRNGLRKS TRVKVAPLQY WRNEKIVYKR KSNKPVLDID KIV TYDESE DEEEILAAQR RKKQKKKPTP TRPYNYVPTG RPRGRPKKDP NAKENLIPED PNEDIIERIE SGGIENGEWL KHGI LEANV KISDTKEETK DEIIAFAPNL SQTEQVKDTK DENFALEIMF DKHKEYFASG ILKLPAISGQ KKLSNSFRTY ITFHV IQGI VEVTVCKNKF LSVKGSTFQI PAFNEYAIAN RGNDEAKMFF VQVTVSEDAN DDNDKELDST FDTFG

UniProtKB: MIF2 isoform 1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 11.52352 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GAMSGRGKGG KGLGKGGAKR HRKILRDNIQ GITKPAIRRL ARRGGVKRIS GLIYEEVRAV LKSFLESVIR DSVTYTEHAK RKTVTSLDV VYALKRQGRT LYGFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #3: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.408493 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GAMSAKAEKK PASKAPAEKK PAAKKTSTST DGKKRSKARK ETYSSYIYKV LKQTHPDTGI SQKSMSILNS FVNDIFERIA TEASKLAAY NKKSTISARE IQTAVRLILP GELAKHAVSE GTRAVTKYSS STQA

UniProtKB: Histone H2B

+
分子 #4: BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0007000.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 27.013564 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMSSKQQWV SSAIQSDSSG RSLSNVNRLA GDQQSINDRA LSLLQRTRAT KNLFPRREER RRYESSKSDL DIETDYEDQA GNLEIETEN EEEAEMETEV PAPVRTHSYA LDRYVRQKRR EKQRKQSLKR VEKKYTPSEL ALYEIRKYQR STDLLISKIP F ARLVKEVT ...文字列:
GAMSSKQQWV SSAIQSDSSG RSLSNVNRLA GDQQSINDRA LSLLQRTRAT KNLFPRREER RRYESSKSDL DIETDYEDQA GNLEIETEN EEEAEMETEV PAPVRTHSYA LDRYVRQKRR EKQRKQSLKR VEKKYTPSEL ALYEIRKYQR STDLLISKIP F ARLVKEVT DEFTTKDQDL RWQSMAIMAL QEASEAYLVG LLEHTNLLAL HAKRITIMKK DMQLARRIRG QFI

UniProtKB: CSE4 isoform 1

+
分子 #5: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.141307 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GAMSGGKGGK AGSAAKASQS RSAKAGLTFP VGRVHRLLRR GNYAQRIGSG APVYLTAVLE YLAAEILELA GNAARDNKKT RIIPRHLQL AIRNDDELNK LLGNVTIAQG GVLPNIHQNL LPKKSAKATK ASQEL

UniProtKB: Histone H2A

+
分子 #6: DNA (152-MER)

分子名称: DNA (152-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 45.13877 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DA)(DT)

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分子 #7: DNA (123-MER)

分子名称: DNA (123-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 38.125273 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT) (DG) (DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DA)(DA)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG) (DA)(DC)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 39.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124953
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る