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- EMDB-12225: tomogram of membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12225
タイトルtomogram of membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 in the presence of Kex2 cargo.
マップデータrepresentative tomogram of fungal retromer:Grd19:Kex2
試料
  • 複合体: membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 complex.
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Leneva N / Kovtun O / Morado DR / Briggs JAG / Owen DJ
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust206171/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust202905/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Architecture and mechanism of metazoan retromer:SNX3 tubular coat assembly.
著者: Natalya Leneva / Oleksiy Kovtun / Dustin R Morado / John A G Briggs / David J Owen /
要旨: Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core ...Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core (VPS26/VPS29/VPS35) is present on cargo-transporting, tubular carriers along with a range of sorting nexins. Here, we elucidate the structural basis of membrane tubulation and coupled cargo recognition by metazoan and fungal retromer coats assembled with the non-Bin1/Amphiphysin/Rvs (BAR) sorting nexin SNX3 using cryo-electron tomography. The retromer core retains its arched, scaffolding structure but changes its mode of membrane recruitment when assembled with different SNX adaptors, allowing cargo recognition at subunit interfaces. Thus, membrane bending and cargo incorporation can be modulated to allow retromer to traffic cargoes along different cellular transport routes.
履歴
登録2021年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2021年4月7日-
現状2021年4月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
添付画像

emd_12225.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12225.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 491.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈representative tomogram of fungal retromer:Grd19:Kex2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.52 Å/pix.
x 300 pix.
= 1654.8 Å		5.52 Å/pix.
x 927 pix.
= 5113.332 Å		5.52 Å/pix.
x 927 pix.
= 5113.332 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.516 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-750.0 - 593.0
平均 (標準偏差)3.1675878e-05 (±93.7803)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ927927300
Spacing927927300
セルA: 5113.332 Å / B: 5113.332 Å / C: 1654.7999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z5.5165.5165.516
M x/y/z927927300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z5113.3325113.3321654.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS927927300
D min/max/mean-750.000593.0000.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 complex.

全体名称: membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 complex.
要素
  • 複合体: membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 complex.

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超分子 #1: membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 complex.

超分子名称: membrane tubules coated with fungal retromer:Grd19 complex.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: fungal retromer:Grd19 complex assembled on liposomes containing Kex2 cargo.
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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