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万見
- EMDB-1052: Untangling desmosomal knots with electron tomography. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1052
タイトルUntangling desmosomal knots with electron tomography.
マップデータThis is a 3D reconstruction map of an desmosome based on high pressure freezing/freeze-subsitution electron tomography
試料
  • 試料: mouse skin
  • 細胞器官・細胞要素: desmosome
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者He W / Cowin P / Stokes DL
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Untangling desmosomal knots with electron tomography.
著者: Wanzhong He / Pamela Cowin / David L Stokes /
要旨: Cell adhesion by adherens junctions and desmosomes relies on interactions between cadherin molecules. However, the molecular interfaces that define molecular specificity and that mediate adhesion ...Cell adhesion by adherens junctions and desmosomes relies on interactions between cadherin molecules. However, the molecular interfaces that define molecular specificity and that mediate adhesion remain controversial. We used electron tomography of plastic sections from neonatal mouse skin to visualize the organization of desmosomes in situ. The resulting three-dimensional maps reveal individual cadherin molecules forming discrete groups and interacting through their tips. Fitting of an x-ray crystal structure for C-cadherin to these maps is consistent with a flexible intermolecular interface mediated by an exchange of amino-terminal tryptophans. This flexibility suggests a novel mechanism for generating both cis and trans interactions and for propagating these adhesive interactions along the junction.
履歴
登録2003年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年8月28日-
マップ公開2003年9月28日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1q55, PDB-1q5a, PDB-1q5b, PDB-1q5c
  • 表面レベル: 1760
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1q55
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1q5a
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1q5b
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1q5c
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  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1052.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈This is a 3D reconstruction map of an desmosome based on high pressure freezing/freeze-subsitution electron tomography
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.27 Å/pix.
x 85 pix.
= 617.61 Å		7.27 Å/pix.
x 512 pix.
= 3720.192 Å		7.27 Å/pix.
x 512 pix.
= 3720.192 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.266 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1760.0
最小 - 最大-1866.0 - 2603.0
平均 (標準偏差)1323.980000000000018 (±218.754999999999995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ51251285
Spacing51251285
セルA: 3720.19 Å / B: 3720.19 Å / C: 617.61 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z7.2667.2667.266
M x/y/z51251285
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z3720.1923720.192617.610
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS51251285
D min/max/mean-1866.0002603.0001323.977

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mouse skin

全体名称: mouse skin
要素
  • 試料: mouse skin
  • 細胞器官・細胞要素: desmosome

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超分子 #1000: mouse skin

超分子名称: mouse skin / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Skin from newborn mice frozen by high-pressure freezer followed by freeze-substitution, embedding in Epon resin and thin sectioning
集合状態: desmosome / Number unique components: 1

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超分子 #1: desmosome

超分子名称: desmosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: desmosome
詳細: in-situ desmosome from frozen skin; fresh skin from newborn mice frozen immediately with high pressure freezer.
コピー数: 1 / 集合状態: unique / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: mouse / 組織: mouse / 細胞: skin / Organelle: cell junction / 細胞中の位置: between two cells plasma membrane

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 0.5mM MgCl2 and 1-2mM CaCl2 in PBS
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: staining en bloc freeze-substitution with 1% OsO4/0.1% uranyl acetate in acetone, thin section stained with 3% uranyl acetate/SATO Pb post-stain
グリッド詳細: 200 mesh thin bar hexgonal cooper grid with formvar
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: BalTec HPM 010. high pressure freezing at 2050 bar with liquid nitrigen
Timed resolved state: 50msec / 手法: High pressure freezing

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
温度最低: 293 K / 最高: 293 K / 平均: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected with thin carbon at 200-390kx
Legacy - Electron beam tilt params: 0
詳細dose corresponds to the cumulative dose for the entire the dataset.
日付2002年11月23日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 実像数: 300 / 詳細: imaging directly on the CCD
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: high tilt / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °

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画像解析

詳細details 50nm thin section stained with 3% uranyl acetate and followed by SATO Lead stain, picked on formvar coated grids and both sides coated 5-10nm amorphous carbon.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD
詳細: tomographic reconstruction from dual axis tilt series (tilt range:-78/+73; -68/+75,interval:1 degree).
使用した粒子像数: 150
CTF補正詳細: no CTF correction

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1l3w

ソフトウェア名称: AmiraMol 3.0
詳細Protocol: Rigid Body. tomographic map used for fitting C-cadherin structure. #Results deposited in PDB database under codes 1Q55, 1Q5A, 1Q5B and 1Q5C.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-1q55:
W-shaped trans interactions of cadherins model based on fitting C-cadherin (1L3W) to 3D map of desmosomes obtained by electron tomography

PDB-1q5a:
S-shaped trans interactions of cadherins model based on fitting C-cadherin (1L3W) to 3D map of desmosomes obtained by electron tomography

PDB-1q5b:
lambda-shaped TRANS and CIS interactions of cadherins model based on fitting C-cadherin (1L3W) to 3D map of desmosomes obtained by electron tomography

PDB-1q5c:
S-S-lambda-shaped TRANS and CIS interactions of cadherins model based on fitting C-cadherin (1L3W) to 3D map of desmosomes obtained by electron tomography

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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