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万見生物種
- EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報 -

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検索語

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Gammaproteobacteria

ウィキペディア - ガンマプロテオバクテリア綱: ガンマプロテオバクテリア綱（ガンマプロテオバクテリアこう、Gammaproteobacteria）とは真正細菌プロテオバクテリア門における綱の一つである。この綱の細菌はグラム陰性である。重要な病原菌を多く含む。

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系統検索の結果

検索語「Gammaproteobacteria」の検索結果、1,298件中、1から20件目までを表示しています

名称EMDBPDBSASBDB
Aeromonas caviae (バクテリア)0110
Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)4460
Aeromonas salmonicida (バクテリア)240
Aeromonas sobria (バクテリア)030
Aeromonas jandaei (バクテリア)020
Aeromonas enteropelogenes (バクテリア)020
Aeromonas veronii (バクテリア)010
Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)070
Aeromonas hydrophila J-1 (エロモナス・ハイドロフィラ)010
Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila ATCC 7966 (エロモナス・ハイドロフィラ)050
Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila AL09-71 (エロモナス・ハイドロフィラ)010
Aeromonas salmonicida subsp. achromogenes (バクテリア)030
Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida (バクテリア)010
Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449 (バクテリア)000
Aeromonas veronii Hm21 (バクテリア)010
Aeromonas sp. RU34C (バクテリア)000
Oceanimonas doudoroffii (バクテリア)010
Oceanimonas smirnovii (バクテリア)010
Anaerobiospirillum succiniciproducens (バクテリア)020
Agarivorans gilvus (バクテリア)010

ページ:

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万見生物種について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見生物種

EMDB/PDB/SASBDBの生物種情報

EMDB/PDB/SASBDBの構造データの試料情報、由来する生物種に関するデータベース

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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