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- PDB-3j7t: Calcium atpase structure with two bound calcium ions determined b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j7t
タイトルCalcium atpase structure with two bound calcium ions determined by electron crystallography of thin 3D crystals
要素Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ION PUMP / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / P-TYPE ATPASE / ACTIVE TRANSPORT (能動輸送)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of striated muscle contraction / negative regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / regulation of striated muscle contraction / negative regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / 筋小胞体 / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus ...Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain / P-type ATPase, subfamily IIA, SERCA-type / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N / haloacid dehalogenase-like hydrolase / Cation-transporting P-type ATPase, C-terminal / Cation transporting ATPase, C-terminus / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation transport ATPase (P-type) / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yonekura, K. / Kato, K. / Ogasawara, M. / Tomita, M. / Toyoshima, C.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015
タイトル: Electron crystallography of ultrathin 3D protein crystals: atomic model with charges.
著者: Koji Yonekura / Kazuyuki Kato / Mitsuo Ogasawara / Masahiro Tomita / Chikashi Toyoshima /
要旨: Membrane proteins and macromolecular complexes often yield crystals too small or too thin for even the modern synchrotron X-ray beam. Electron crystallography could provide a powerful means for ...Membrane proteins and macromolecular complexes often yield crystals too small or too thin for even the modern synchrotron X-ray beam. Electron crystallography could provide a powerful means for structure determination with such undersized crystals, as protein atoms diffract electrons four to five orders of magnitude more strongly than they do X-rays. Furthermore, as electron crystallography yields Coulomb potential maps rather than electron density maps, it could provide a unique method to visualize the charged states of amino acid residues and metals. Here we describe an attempt to develop a methodology for electron crystallography of ultrathin (only a few layers thick) 3D protein crystals and present the Coulomb potential maps at 3.4-Å and 3.2-Å resolution, respectively, obtained from Ca(2+)-ATPase and catalase crystals. These maps demonstrate that it is indeed possible to build atomic models from such crystals and even to determine the charged states of amino acid residues in the Ca(2+)-binding sites of Ca(2+)-ATPase and that of the iron atom in the heme in catalase.
履歴
登録2014年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,7064
ポリマ－109,6031
非ポリマー1033
水2,792155
1
A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子

A: Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,4118
ポリマ－219,2052
非ポリマー2066
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area91440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.300, 64.402, 147.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 / SERCA1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum ...SERCA1 / SR Ca(2+)-ATPase 1 / Calcium pump 1 / Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type / fast twitch skeletal muscle isoform / Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase


分子量: 109602.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P04191, EC: 3.6.3.8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE 994 G IN THIS STRUCTURE IS NATURAL VARIATION ACCORDING TO DATABASE P04191-2 (AT2A1_RABIT) ...RESIDUE 994 G IN THIS STRUCTURE IS NATURAL VARIATION ACCORDING TO DATABASE P04191-2 (AT2A1_RABIT) ISOFORM SERCA1A. C-TERMINAL RESIDUES 994-1001 (DPEDERRK) ARE REPLACED BY G IN ISOFORM SERCA1A.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: calcium ATPase / タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

顕微鏡モデル: HITACHI HF3000
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION回折
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0032 / 分類: 精密化
3次元再構成対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
精密化解像度: 3.4→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.798 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.768 / SU B: 27.539 / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.939 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3152 436 3 %RANDOM
Rwork0.2769 14184 --
obs0.278 -67.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.19 Å2 / Biso mean: 29.835 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.96 Å2-0 Å21.21 Å2
2---5.94 Å2-0 Å2
3---10.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7670 0 3 155 7828
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0060.0198206
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d0.0010.027691
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.0292.03211250
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg0.769317193
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg5.6535993
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg36.53924.357319
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg17.001151382
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_4_deg15.8071548
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0560.21235
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0040.0218955
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0010.021441
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.459 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.392 27 -
Rwork0.356 678 -
all-705 -
obs--65.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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