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Yorodumi- PDB-5koz: Structure function studies of R. palustris RubisCO (K192C mutant;... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5koz | |||||||||
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Title | Structure function studies of R. palustris RubisCO (K192C mutant; CABP-bound) | |||||||||
Components | Ribulose bisphosphate carboxylaseRuBisCO | |||||||||
Keywords | LYASE / RubisCO / hexamer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Arbing, M.A. / North, J.A. / Satagopan, S. / Tabita, F.R. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure function studies of R. palustris RubisCO. Authors: Arbing, M.A. / North, J.A. / Satagopan, S. / Varaljay, V.A. / Shin, A. / Tabita, F.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5koz.cif.gz | 2.9 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5koz.ent.gz | 2.4 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5koz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5koz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/5koz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5haoC 5hatC 5hjxC 5hjyC 5hk4C 5hqmC 4lf1S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 52688.305 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) Gene: cbbM, RPA4641 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q6N0W9, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: Sugar | ChemComp-CAP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-CO3 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. Reservoir solution: 20-24% PEG 3350, 200 mM Sodium sulfate, 100 mM Bis-Tris Propane pH 7.0-8.0. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Mar 22, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→87.16 Å / Num. obs: 209573 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 32.66 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LF1 Resolution: 2.3→11.495 Å / SU ML: 0.28 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / Phase error: 29.01
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→11.495 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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