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Yorodumi- PDB-5hqm: Structure function studies of R. palustris RubisCO (R. palustris/... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5hqm | |||||||||
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Title | Structure function studies of R. palustris RubisCO (R. palustris/R. rubrum chimera) | |||||||||
Components | Ribulose bisphosphate carboxylase (R. palustris/R. rubrum chimera),Ribulose bisphosphate carboxylase | |||||||||
Keywords | LYASE / RubisCO / hexamer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / monooxygenase activity / magnesium ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rhodopseudomonas palustris (phototrophic) Rhodospirillum rubrum (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.95 Å | |||||||||
Authors | Arbing, M.A. / Shin, A. / Cascio, D. / Satagopan, S. / Tabita, F.R. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Structure function studies of R. palustris RubisCO. Authors: Arbing, M.A. / Satagopan, S. / Varaljay, V.A. / Tabita, F.R. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5hqm.cif.gz | 671.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5hqm.ent.gz | 554 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5hqm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hq/5hqm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5haoC 5hatC 5hjxC 5hjyC 5hk4C 5kozC 4lf1S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53358.945 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodopseudomonas palustris (phototrophic), (gene. exp.) Rhodospirillum rubrum (bacteria) Plasmid: pET28a / Gene: cbbM, cbbL2, rbpL / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q6N0W9, UniProt: P04718, ribulose-bisphosphate carboxylase #2: Sugar | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: Reservoir solution: 0.4 M Sodium phosphate monobasic/1.6 M Potassium phosphate dibasic, 0.1 M Imidazole (pH 8.0), 0.2 M NaCl. Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% ...Details: Reservoir solution: 0.4 M Sodium phosphate monobasic/1.6 M Potassium phosphate dibasic, 0.1 M Imidazole (pH 8.0), 0.2 M NaCl. Protein storage buffer: 20 mM Tris, pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% Glycerol, 10 mM MgCl2, 20 mM NaHCO3. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 18, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→82.56 Å / Num. obs: 76203 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 33.61 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 17.19 / Num. measured all: 386908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4LF1 Resolution: 1.95→82.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9384 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU R Cruickshank DPI: 0.232 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.121
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Displacement parameters | Biso max: 152.37 Å2 / Biso mean: 45.15 Å2 / Biso min: 20.24 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.95→82.56 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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