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- PDB-8pvv: Archaeoglobus fulgidus AfAgo complex with AfAgo-N protein (fAfAgo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8pvv
タイトルArchaeoglobus fulgidus AfAgo complex with AfAgo-N protein (fAfAgo) bound with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target
要素
  • Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
  • DNA (51-MER)
  • Piwi protein
  • RNA (30-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / ARGONAUTE (アルゴノート (タンパク質)) / PIWI DOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / Uncharacterized protein / Piwi protein
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (アルカエオグロブス属)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Manakova, E.N. / Zaremba, M. / Pocevicuite, R. / Golovinas, E. / Sasnauskas, G. / Zagorskaite, E. / Silanskas, A.
資金援助リトアニア, 2件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaS-MIP-23-131リトアニア
Research Council of LithuaniaS-MIP-20-37リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: The missing part: the Archaeoglobus fulgidus Argonaute forms a functional heterodimer with an N-L1-L2 domain protein.
著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / ...著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / Algirdas Grybauskas / Česlovas Venclovas / Mindaugas Zaremba
要旨: Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid ...Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid targets and are responsible for gene expression regulation, mobile genome element silencing, and defence against viruses or plasmids. According to their domain organization, Agos are divided into long and short Agos. Long Agos found in prokaryotes (long-A and long-B pAgos) and eukaryotes (eAgos) comprise four major functional domains (N, PAZ, MID and PIWI) and two structural linker domains L1 and L2. The majority (∼60%) of pAgos are short pAgos, containing only the MID and inactive PIWI domains. Here we focus on the prokaryotic Argonaute AfAgo from Archaeoglobus fulgidus DSM4304. Although phylogenetically classified as a long-B pAgo, AfAgo contains only MID and catalytically inactive PIWI domains, akin to short pAgos. We show that AfAgo forms a heterodimeric complex with a protein encoded upstream in the same operon, which is a structural equivalent of the N-L1-L2 domains of long pAgos. This complex, structurally equivalent to a long PAZ-less pAgo, outperforms standalone AfAgo in guide RNA-mediated target DNA binding. Our findings provide a missing piece to one of the first and the most studied pAgos.
履歴
登録2023年7月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piwi protein
C: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
R: RNA (30-MER)
S: DNA (51-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0565
ポリマ－106,0324
非ポリマー241
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Piwi protein /


分子量: 49302.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
株: DSM4304 / 遺伝子: XD48_2091 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A101DYI0
#2: タンパク質 Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein


分子量: 31356.576 Da / 分子数: 1 / Mutation: N-terminal His tag / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His tag for purification
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (アルカエオグロブス属)
遺伝子: AFULGI_00014290 / プラスミド: plasmid / 詳細 (発現宿主): pBAD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075WKW4

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RNA鎖 / DNA鎖 , 2種, 2分子 RS

#3: RNA鎖 RNA (30-MER)


分子量: 9792.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 DNA (51-MER)


分子量: 15579.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 37分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1AfAgo and AfAgo-N complex with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA targetCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Piwi proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N proteinCOMPLEX#21RECOMBINANT
4RNA (30-MER)COMPLEX#31RECOMBINANT
5DNA (51-MER)COMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 0.09 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)2234
33Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (アルカエオグロブス属)1344584
44Escherichia coli (大腸菌)562
55Escherichia coli (大腸菌)562
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
22Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008BL21(DE3)pBAD
33Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
44synthetic construct (人工物)32630
55synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 8.5
詳細: fAfAgo complex with 30/51 guide-target heteroduplexes was mixed and applied on grid
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1125 mMKClKCl1
220 mMTris hydrochloride pH8.5C4H11NO31
32 mMMgCl2MgCl21
42 mMDTTC4H10O2S21
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: fAfAgo complex with 30/51 guide-target heteroduplexes was mixed and applied on grid
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 92000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER
撮影平均露光時間: 46.33 sec. / 電子線照射量: 31 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2152
画像スキャン横: 4000 / 縦: 4000

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv.4.2.1粒子像選択
2PHENIX1.18.2_3874:モデル精密化
3EPU画像取得
4UCSF Chimera1.17.1maskingマスキング
5cryoSPARCv.4.2.1CTF補正
6UCSF Chimera1.17.1モデルフィッティング
7Coot0.9その他
10cryoSPARCv.4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARCv.4.2.1最終オイラー角割当
12cryoSPARCv.4.2.1分類
13cryoSPARCv.4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2326555 / 詳細: Blob particle picking
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 498038 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 8ok9 / 詳細: fAfAgo complex was used as initial model / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 8ok9

8ok9

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-IDChain-IDChain residue rangePdb chain residue range
1AA1-4271-427
2CC20-24520-245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036698
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5659308
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.0321265
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0431047
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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