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万見
- PDB-8b0h: 2C9, C5b9-CD59 cryoEM structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8b0h
タイトル2C9, C5b9-CD59 cryoEM structure
要素
  • (Complement component ...) x 6
  • CD59 glycoprotein
  • Complement C5Complement component 5
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Complement / CD59 / MAC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of activation of membrane attack complex / cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / other organism cell membrane / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis ...negative regulation of activation of membrane attack complex / cell killing / Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / regulation of complement-dependent cytotoxicity / other organism cell membrane / regulation of complement activation / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / Cargo concentration in the ER / complement activation, alternative pathway / 補体 / chemokine activity / COPII-mediated vesicle transport / retinol binding / endopeptidase inhibitor activity / tertiary granule membrane / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / specific granule membrane / COPI-mediated anterograde transport / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / 小胞 / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / ER to Golgi transport vesicle membrane / 走化性 / positive regulation of immune response / extracellular vesicle / 凝固・線溶系 / G alpha (i) signalling events / blood microparticle / killing of cells of another organism / in utero embryonic development / vesicle / cell surface receptor signaling pathway / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : ...Kazal-type serine protease inhibitor domain / : / : / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Complement component C7, FIM2 N-terminal / Complement component C7, Kazal domain / : / Complement component C6, KAZAL domain / Complement component C8 gamma chain / : / Complement components C8A/B/C6, EGF-like domain / Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Alpha-1-microglobulin / Factor I / membrane attack complex / factor I membrane attack complex / CD59 antigen, conserved site / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / Ly-6 / u-PAR domain signature. / Ly-6 antigen / uPA receptor -like domain / u-PAR/Ly-6 domain / Ly-6 antigen/uPA receptor-like / : / Complement component 5, CUB domain / membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Kazal domain / Kazal domain profile. / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / Thrombospondin type 1 domain / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Lipocalin family conserved site / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Snake toxin-like superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Calycin / Lipocalin signature. / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C5 / Complement component C9 / Complement component C8 alpha chain / Complement component C8 beta chain / Complement component C8 gamma chain / Complement component C7 / Complement component C6 / CD59 glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Couves, E.C. / Gardner, S. / Bubeck, D.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)No. 864751European Union
Cancer Research UKC24523/A26234 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for membrane attack complex inhibition by CD59.
著者: Emma C Couves / Scott Gardner / Tomas B Voisin / Jasmine K Bickel / Phillip J Stansfeld / Edward W Tate / Doryen Bubeck /
要旨: CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to ...CD59 is an abundant immuno-regulatory receptor that protects human cells from damage during complement activation. Here we show how the receptor binds complement proteins C8 and C9 at the membrane to prevent insertion and polymerization of membrane attack complex (MAC) pores. We present cryo-electron microscopy structures of two inhibited MAC precursors known as C5b8 and C5b9. We discover that in both complexes, CD59 binds the pore-forming β-hairpins of C8 to form an intermolecular β-sheet that prevents membrane perforation. While bound to C8, CD59 deflects the cascading C9 β-hairpins, rerouting their trajectory into the membrane. Preventing insertion of C9 restricts structural transitions of subsequent monomers and indirectly halts MAC polymerization. We combine our structural data with cellular assays and molecular dynamics simulations to explain how the membrane environment impacts the dual roles of CD59 in controlling pore formation of MAC, and as a target of bacterial virulence factors which hijack CD59 to lyse human cells.
履歴
登録2022年9月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: CD59 glycoprotein
D: Complement component C8 beta chain
F: Complement component C8 gamma chain
E: Complement component C8 alpha chain
A: Complement C5
C: Complement component C7
B: Complement component C6
H: Complement component C9
I: Complement component C9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)682,4739
ポリマ－682,4739
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 GA

#1: タンパク質 CD59 glycoprotein / 1F5 antigen / 20 kDa homologous restriction factor / HRF-20 / HRF20 / MAC-inhibitory protein / MAC- ...1F5 antigen / 20 kDa homologous restriction factor / HRF-20 / HRF20 / MAC-inhibitory protein / MAC-IP / MEM43 antigen / Membrane attack complex inhibition factor / MACIF / Membrane inhibitor of reactive lysis / MIRL / Protectin


分子量: 14234.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD59, MIC11, MIN1, MIN2, MIN3, MSK21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P13987
#5: タンパク質 Complement C5 / Complement component 5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4


分子量: 188512.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031

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Complement component ... , 6種, 7分子 DFECBHI

#2: タンパク質 Complement component C8 beta chain / Complement component 8 subunit beta


分子量: 67136.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07358
#3: タンパク質 Complement component C8 gamma chain


分子量: 22302.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07360
#4: タンパク質 Complement component C8 alpha chain / Complement component 8 subunit alpha


分子量: 65239.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P07357
#6: タンパク質 Complement component C7


分子量: 93625.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10643
#7: タンパク質 Complement component C6


分子量: 104918.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13671
#8: タンパク質 Complement component C9


分子量: 63252.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02748

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
12C9, CD59 inhibited MAC ComplexCOMPLEXSolved in a DOPC, MSP2N2 nanodisc with a myristolated cytotopic CD59.all0MULTIPLE SOURCES
2CD59 glycoproteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Complement components C5, C6, C7, C8 and C9COMPLEX#2-#81NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞内の位置
22Homo sapiens (ヒト)9606Serum
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 120 mM NaCl
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2120 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 9000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 4000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 52838 / 詳細: Collected over 4 separate data collections

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2cryoSPARC粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFIND4.1CTF補正
8ISOLDEモデルフィッティング
10PHENIX1.2モデル精密化
11cryoSPARC2初期オイラー角割当
12RELION最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: Dataset 1: 737,138 Dataset 2: 1,058,026 Dataset 3: 1,330,232 Dataset 4: 722,870
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47244 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Initial fitting was done in ISODLE, final refinements were done in ISOLDE
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
17NYD

7nyd

1
22J8B

2j8b

1
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00438094
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8751537
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.365239
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0545575
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.016740

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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