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- PDB-6vbp: Crystal structure of anti-HIV-1 antibody DH815 bound to gp120 V2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vbp
タイトルCrystal structure of anti-HIV-1 antibody DH815 bound to gp120 V2 peptide
要素
  • DH815 heavy chain
  • DH815 light chain
  • Envelope glycoprotein gp160
キーワードIMMUNE SYSTEM/Viral Protein (免疫系) / Antibody (抗体) / GP120 V2 / RV305/RV144 / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-Viral Protein complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Gp120 (HIV) / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.298 Å
データ登録者Janus, B.M. / Ofek, G.
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2020
タイトル: HIV vaccine delayed boosting increases Env variable region 2-specific antibody effector functions.
著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. ...著者: Easterhoff, D. / Pollara, J. / Luo, K. / Janus, B. / Gohain, N. / Williams, L.D. / Tay, M.Z. / Monroe, A. / Peachman, K. / Choe, M. / Min, S. / Lusso, P. / Zhang, P. / Go, E.P. / Desaire, H. / Bonsignori, M. / Hwang, K.K. / Beck, C. / Kakalis, M. / O'Connell, R.J. / Vasan, S. / Kim, J.H. / Michael, N.L. / Excler, J.L. / Robb, M.L. / Rerks-Ngarm, S. / Kaewkungwal, J. / Pitisuttithum, P. / Nitayaphan, S. / Sinangil, F. / Tartaglia, J. / Phogat, S. / Wiehe, K. / Saunders, K.O. / Montefiori, D.C. / Tomaras, G.D. / Moody, M.A. / Arthos, J. / Rao, M. / Joyce, M.G. / Ofek, G.A. / Ferrari, G. / Haynes, B.F.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: DH815 light chain
H: DH815 heavy chain
B: DH815 light chain
A: DH815 heavy chain
D: DH815 light chain
C: DH815 heavy chain
F: Envelope glycoprotein gp160
E: Envelope glycoprotein gp160
G: Envelope glycoprotein gp160
I: DH815 light chain
J: DH815 heavy chain
K: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,94213
ポリマ－202,90712
非ポリマー351
水9,422523
1
L: DH815 light chain
H: DH815 heavy chain
G: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7273
ポリマ－50,7273
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
2
B: DH815 light chain
A: DH815 heavy chain
F: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7273
ポリマ－50,7273
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4960 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
3
D: DH815 light chain
C: DH815 heavy chain
E: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7624
ポリマ－50,7273
非ポリマー351
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area20540 Å2
手法PISA
4
I: DH815 light chain
J: DH815 heavy chain
K: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7273
ポリマ－50,7273
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4870 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.903, 158.531, 92.646
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.270, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体
DH815 light chain


分子量: 24082.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質
DH815 heavy chain


分子量: 23968.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド
Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 2675.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: I2E6B7
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2M sodium chloride, 20% PEG 8000 and 0.1M sodium citrate pH 4.2.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.298→50 Å / Num. obs: 80681 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3 % / Rpim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 9.31
反射 シェル解像度: 2.298→2.35 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique obs: 6592 / Rpim(I) all: 0.483 / % possible all: 77.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3228精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3228位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KMT

4kmt


解像度: 2.298→45.152 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2287 1983 2.46 %
Rwork0.1803 78616 -
obs0.1815 80599 95.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 189.06 Å2 / Biso mean: 54.6552 Å2 / Biso min: 17.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.298→45.152 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13641 0 1 523 14165
Biso mean--59.08 44.81 -
残基数----1790
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2982-2.35570.30541000.2699409870
2.3557-2.41940.32361400.2599562096
2.4194-2.49060.31851420.2544565897
2.4906-2.5710.31161420.2483565597
2.571-2.66280.32821420.2382566497
2.6628-2.76940.2851460.2317564397
2.7694-2.89550.25191370.2253570497
2.8955-3.04810.2881520.2162569897
3.0481-3.2390.24621390.1936571698
3.239-3.4890.2061520.1772579199
3.489-3.840.20761470.164583299
3.84-4.39520.17421490.1413581299
4.3952-5.53590.16471410.1289581899
5.5359-45.1520.23091540.1657590799
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0987-0.81553.05881.8745-0.58687.5458-0.4576-0.14680.15710.14020.02130.4231-0.9173-0.4140.34650.3523-0.0061-0.02550.332-0.02820.3375-22.661530.9177-53.7779
22.3712-0.01491.35192.13941.5554.75870.135-0.1977-0.09250.105-0.12370.17460.2616-0.31490.03060.3124-0.04550.01230.4706-0.00980.2798-29.40122.227-57.9238
32.51350.92111.79580.88120.96592.4530.1386-0.11060.0194-0.0081-0.14310.0450.2347-0.2102-0.0170.34480.014-0.01270.3283-0.02790.2434-19.401726.5862-55.3421
42.53990.7110.57792.5414-0.19333.1457-0.13510.084-0.315-0.14810.1179-1.0525-0.38840.9023-0.12730.3311-0.1070.12330.4965-0.13320.586516.484539.6675-57.5927
54.35691.9203-3.36562.8426-0.85113.8288-0.08790.51710.4504-0.33190.23430.28580.2338-0.0219-0.25810.3129-0.0367-0.02150.36140.02610.25272.210941.5198-52.1381
60.52280.6736-0.49822.36120.1570.7867-0.03040.33150.1063-0.20410.3962-0.1804-0.304-0.2156-0.31060.4475-0.0070.00130.47920.07430.36743.873847.4186-59.1432
72.57541.3503-1.42523.08730.043.57760.28730.16960.3698-0.04540.00940.0298-0.33690.1879-0.27030.34110.00810.02680.31850.0360.35056.433342.9353-52.2788
84.38342.13-0.82233.44540.12571.8686-0.0168-0.0197-0.1746-0.0187-0.0288-0.1430.07170.35740.08190.3396-0.0076-0.08070.46790.00820.2087-15.416615.7884-75.1453
92.8273-0.5372-0.41620.10950.29433.7694-0.14540.26130.0694-0.26180.01860.1912-0.13360.09480.13020.37930.0446-0.11710.4746-0.01420.3164-22.155718.7911-82.943
102.9961.3601-1.22541.47120.51583.16580.0851-0.0946-0.13120.0241-0.0829-0.11740.17220.0672-0.07660.29420.0432-0.07270.47280.00850.3538-16.721916.8831-74.812
112.77211.61720.32592.57131.05132.0531-0.10230.3452-0.26810.05010.1996-0.27570.00090.1109-0.01660.25980.0342-0.00250.4102-0.03920.30558.855828.8551-60.0056
123.38371.28111.66392.04150.94987.1430.24650.3742-0.54250.25670.2819-0.73060.25581.0323-0.57250.35470.0846-0.08950.5278-0.06130.549818.063524.869-57.2354
135.8623-0.371-3.21462.2365-0.26822.721-0.4392-0.0757-0.98620.1805-0.11710.16870.3480.15120.60880.39170.04390.05270.3008-0.02050.4546-42.5207-21.5518-46.023
146.84220.1174-0.92652.79571.49971.3943-0.1451-0.1179-0.0254-0.2096-0.1460.3310.0529-0.20990.25980.30620.02530.03210.323-0.02950.4486-50.883-12.9362-45.6604
154.337-0.2663-1.01830.89480.98733.4501-0.01280.67680.2517-0.0727-0.24310.2249-0.1182-0.43640.27290.28960.06110.01550.3127-0.05740.5038-48.8767-12.4179-52.6875
161.6464-1.293-0.57831.4320.64690.2266-0.11820.2193-0.01140.1221-0.02990.2262-0.01470.04610.14570.36250.00810.06880.3517-0.02250.3947-40.343-16.6868-44.6564
172.52260.3380.71443.61121.40044.84140.0226-0.3361-0.07840.45520.5973-0.8597-0.41061.2031-0.40410.4039-0.0201-0.140.5518-0.07310.4463-10.1453-24.4545-21.8652
182.8036-0.96162.42890.3938-0.93315.32580.22080.0597-0.32070.05870.21060.1439-0.12260.0783-0.41760.3123-0.02690.01390.3003-0.02040.343-20.3839-29.4422-31.8665
192.44280.6982.09341.8499-1.53994.72820.7165-0.0647-0.5050.0551-0.32580.15280.13910.221-0.41690.35440.01690.04680.3368-0.03060.311-22.6307-32.6106-23.3597
200.9128-0.78662.03113.1959-1.41954.5430.0009-0.1380.02580.28430.115-0.2452-0.0647-0.0198-0.11380.26690.01910.00960.3529-0.02780.3148-16.6747-30.3576-29.4341
212.3621-0.60971.84252.854-0.15742.12880.05690.2572-0.12150.2008-0.12810.19290.13770.29030.0860.42330.07480.1080.3382-0.01260.318-45.5304-0.2024-29.7301
223.2829-0.54520.13961.4960.99544.11150.0741-0.2159-0.40120.5128-0.19880.47960.0356-0.17830.11220.41140.01040.10750.3969-0.05450.4964-55.323-1.2783-25.4944
233.2082-1.5370.86811.67950.51041.8223-0.0472-0.0257-0.13680.13120.07940.0736-0.1081-0.0119-0.07680.3533-0.01460.08070.2469-0.02460.4554-46.6171-1.2718-30.3818
242.0777-1.18080.60643.0629-0.1781.4084-0.18580.09580.01070.15090.1067-0.1981-0.35420.13140.08090.4057-0.0632-0.02340.2814-0.02520.2331-18.61-13.6357-26.0492
251.57770.78561.20672.3129-0.36041.53330.17870.16060.1116-0.4069-0.0754-0.6833-1.04910.4824-0.08550.5103-0.17430.06950.439-0.02790.4137-10.1082-13.2606-30.2939
266.1933-4.4477-1.95413.42322.21373.3471-0.54760.02340.27030.88540.7346-0.6903-0.4430.8898-0.34090.6738-0.1067-0.02810.6025-0.18380.7519-6.6873-11.3578-23.9798
272.1729-0.19892.36862.5958-0.65526.084-0.22140.0750.11570.1039-0.0030.0302-0.478-0.32170.22070.31330.05710.05680.3296-0.03270.285-0.661826.2818-21.1556
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363.0961-1.0171-0.35858.1185-1.64954.1871-0.06761.2755-0.3905-0.3090.07370.9298-0.0191-0.2139-0.07950.38580.0678-0.07950.704-0.01450.4925-61.8152.2857-41.6642
373.430.38910.27026.86561.58572.5220.03230.0628-0.2456-0.4842-0.2506-0.60930.30320.42430.28690.57320.1364-0.08760.45560.03230.389212.77951.3793-9.2523
385.1342-0.1033-0.21846.7143-0.63141.67380.0358-0.1322-0.4344-0.4977-0.55380.7340.1574-0.4250.36230.4568-0.1393-0.05510.5943-0.11270.3662-35.21111.326-74.114
395.1977-0.357-0.79151.612-0.40171.8014-0.03630.01320.10380.03870.06950.0927-0.0768-0.0724-0.03940.2388-0.00080.05490.29830.01720.326-37.345459.5595-24.6253
403.8999-1.8219-1.21251.10690.73251.62910.01490.17580.13430.03130.01670.0609-0.0548-0.1438-0.04990.26950.01640.07020.2640.02070.3601-29.037357.2641-21.6365
411.8098-0.9181.31143.8664-1.07263.53080.1677-0.0264-0.1020.45310.1883-0.12720.12190.0931-0.26630.27010.02520.03030.3427-0.08330.2836-4.767843.1646-8.523
423.6256-1.12221.3072.3648-1.58251.17760.13080.4727-0.8792-0.57640.36180.7120.6838-0.0502-0.04950.5171-0.0103-0.01780.427-0.12580.3578-10.482436.1271-6.8228
431.5014-0.61.26353.3269-1.30094.09150.08250.00480.07960.32090.0846-0.2570.23070.3082-0.17530.33010.0015-0.01270.3826-0.07670.3514-4.417941.0379-10.9016
444.1853-0.85142.27562.4407-0.37152.3986-0.4728-0.61640.39730.49620.0824-0.4656-0.9849-0.13910.18320.61230.0630.02570.4904-0.12090.5647-29.595266.08692.7278
453.7242-0.47372.09631.998-1.19343.1655-0.3251-0.73150.25030.50760.3420.3933-0.6013-0.7143-0.02520.52510.14420.13190.5681-0.05980.5552-41.425165.9068-2.8669
463.163-0.5151.46290.740.07913.2914-0.271-0.43160.38710.24680.177-0.0931-0.6096-0.31910.03990.41780.07570.06870.4356-0.12150.5-37.153565.9711-3.5992
474.2851-2.08882.73691.9435-0.91741.9429-0.3182-0.9173-0.32720.64070.38820.3051-0.5324-0.53830.05420.56770.02990.09210.605-0.07310.4607-20.845656.26766.5734
483.2803-0.57730.57592.9789-1.16515.91730.23170.02970.0886-0.0978-0.3716-0.56340.4770.8533-0.14530.37930.11550.04470.5077-0.04440.38842.951949.2763-3.8637
492.7145-1.62930.09571.08730.31634.2320.2350.09090.31040.14480.0191-0.3519-0.6325-0.1636-0.11630.4297-0.03690.04630.3231-0.05610.4192-7.748355.588-2.952
502.9439-1.84241.162.71751.17723.11350.33230.48450.0087-0.0977-0.3167-1.0292-0.89360.8169-0.10320.3609-0.05080.0150.63820.11060.54183.221155.4189-8.5834
512.14750.86220.84212.4038-0.44453.9988-0.35010.28290.75940.64010.3837-0.7227-0.12410.2708-0.0350.506-0.0685-0.06240.4243-0.11670.5397-0.506458.36422.6726
521.5949-0.49391.22965.5289-0.65622.94960.2888-0.04050.34060.13640.05770.1148-1.136-0.6545-0.39060.62520.24260.19230.80910.00890.8715-51.542872.796-12.9881
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 19 through 81 )L19 - 81
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 82 through 119 )L82 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 120 through 134 )L120 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 135 through 156 )L135 - 156
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 157 through 169 )L157 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 170 through 212 )L170 - 212
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 52 )H1 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 53 through 73 )H53 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 74 through 111 )H74 - 111
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 112 through 193 )H112 - 193
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 194 through 214 )H194 - 214
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 18 )B1 - 18
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 19 through 54 )B19 - 54
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 55 through 81 )B55 - 81
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 82 through 119 )B82 - 119
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 120 through 134 )B120 - 134
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 135 through 156 )B135 - 156
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 157 through 169 )B157 - 169
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 170 through 213 )B170 - 213
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 1 through 52 )A1 - 52
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 53 through 73 )A53 - 73
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'A' and (resid 74 through 111 )A74 - 111
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'A' and (resid 112 through 180 )A112 - 180
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'A' and (resid 181 through 208 )A181 - 208
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'A' and (resid 209 through 214 )A209 - 214
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 1 through 18 )D1 - 18
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 19 through 38 )D19 - 38
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 39 through 96 )D39 - 96
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 97 through 119 )D97 - 119
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 120 through 134 )D120 - 134
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 135 through 169 )D135 - 169
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 170 through 213 )D170 - 213
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'C' and (resid 1 through 111 )C1 - 111
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'C' and (resid 112 through 216 )C112 - 216
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 172 through 184)F172 - 184
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 172 through 184 )E172 - 184
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 171 through 184 )G171 - 184
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'I' and (resid 1 through 81 )I1 - 81
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'I' and (resid 82 through 119 )I82 - 119
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'I' and (resid 120 through 156 )I120 - 156
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'I' and (resid 157 through 169 )I157 - 169
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'I' and (resid 170 through 213 )I170 - 213
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'J' and (resid 1 through 17 )J1 - 17
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'J' and (resid 18 through 73 )J18 - 73
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'J' and (resid 74 through 111 )J74 - 111
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'J' and (resid 112 through 124 )J112 - 124
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'J' and (resid 125 through 140 )J125 - 140
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'J' and (resid 141 through 180 )J141 - 180
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'J' and (resid 181 through 199 )J181 - 199
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'J' and (resid 200 through 215 )J200 - 215
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'K' and (resid 172 through 183 )K172 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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