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- PDB-6tzv: Crystal Structure of the carboxyltransferase subunit of ACC (AccD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tzv
タイトルCrystal Structure of the carboxyltransferase subunit of ACC (AccD6) in complex with inhibitor Phenyl-Cyclodiaone from Mycobacterium tuberculosis
要素Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE INHIBITOR ACCD6 / CARBOXYLTRANSFERASE BETA-SUBUNIT OF ACYL-COACARBOXYLASE / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / TRANSFERASE (転移酵素) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA carboxytransferase / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの / propionyl-CoA carboxylase activity / fatty acid elongation, saturated fatty acid / acetyl-CoA carboxylase complex / acetyl-CoA carboxylase activity / peptidoglycan-based cell wall / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, C-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase C-terminal domain profile. / Acetyl-coenzyme A carboxyltransferase, N-terminal / Acetyl-coenzyme A (CoA) carboxyltransferase N-terminal domain profile. / アセチルCoAカルボキシラーゼ / Carboxyl transferase domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PKP / Biotin-dependent acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase beta6 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.388 Å
データ登録者Reddy, M.C.M. / Zhou, N. / Sacchettini, J. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Novel herbicidal derivatives that inhibit carboxyltransferase subunit of the acetyl-CoA carboxylase in Mycobacterium tuberculosis
著者: Reddy, M.C.M. / Zhou, N. / Sacchettini, J.
履歴
登録2019年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
B: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
C: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
D: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
E: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
F: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
G: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
H: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)404,79116
ポリマ－401,5918
非ポリマー3,1998
水20,3031127
1
A: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
B: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1984
ポリマ－100,3982
非ポリマー8002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area31480 Å2
手法PISA
2
C: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
D: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1984
ポリマ－100,3982
非ポリマー8002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area30900 Å2
手法PISA
3
E: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
F: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1984
ポリマ－100,3982
非ポリマー8002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA
4
G: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
H: Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,1984
ポリマ－100,3982
非ポリマー8002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5350 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area31140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.345, 153.069, 150.184
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Probable propionyl-CoA carboxylase beta chain 6 / PCCase / Propanoyl-CoA:carbon dioxide ligase


分子量: 50198.934 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: accD6, Rv2247, MTCY427.28 / プラスミド: PET28b-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WQH5, プロピオニルCoAカルボキシラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-PKP / 4'-[(6-chloro-1,3-benzothiazol-2-yl)oxy]-6-hydroxy-4,4-dimethyl-4,5-dihydro[1,1'-biphenyl]-2(3H)-one


分子量: 399.891 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H18ClNO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 7, 1 M potassium sodium tartarate

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0,987
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
101
29871
反射解像度: 2.388→35.76 Å / Num. obs: 180446 / % possible obs: 98.69 % / 冗長度: 1.36 % / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 32.5
反射 シェル解像度: 2.43→2.48 Å / Num. unique obs: 2463 / CC1/2: 0.89 / % possible all: 98.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.388→35.76 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2045 9047 5.01 %
Rwork0.1664 171399 -
obs0.1683 180446 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.37 Å2 / Biso mean: 41.0472 Å2 / Biso min: 18.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.388→35.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24639 0 216 1127 25982
Biso mean--40.58 42.4 -
残基数----3375
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3885-2.41560.26652670.2041486585
2.4156-2.4440.24752960.1849578699
2.444-2.47380.24723000.1823568399
2.4738-2.50520.21983060.1794577399
2.5052-2.53810.23573040.1771571799
2.5381-2.57290.2393110.1851571299
2.5729-2.60960.24363490.1885569699
2.6096-2.64860.26123030.1875574399
2.6486-2.68990.23463120.1807575099
2.6899-2.7340.24142970.1728575899
2.734-2.78110.23232910.183572899
2.7811-2.83170.24392810.183569598
2.8317-2.88610.24243180.18855714100
2.8861-2.9450.23582820.18635780100
2.945-3.0090.24523180.18765734100
3.009-3.0790.21982890.18275794100
3.079-3.15590.223080.18345712100
3.1559-3.24120.22982800.1875577599
3.2412-3.33650.21853070.18025770100
3.3365-3.44410.22513240.1759565498
3.4441-3.56710.19362660.1639576399
3.5671-3.70980.19343030.16175796100
3.7098-3.87840.19543030.16025743100
3.8784-4.08270.17412930.15335801100
4.0827-4.3380.18523010.1485577599
4.338-4.67230.16482930.1324569098
4.6723-5.14130.16683400.1445759100
5.1413-5.88240.19523250.17055776100
5.8824-7.40040.22662930.1705578798
7.40040.15472870.1479567096

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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