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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tm5 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Nek2A substrate at 3.9 angstrom resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / E3 ubiquitin Ligase (ユビキチンリガーゼ) / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome separation / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects ...negative regulation of centriole-centriole cohesion / centrosome separation / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / 後期促進複合体 / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of exit from mitosis / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of the APC/C / protein K11-linked ubiquitination / regulation of mitotic centrosome separation / enzyme-substrate adaptor activity / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / positive regulation of dendrite morphogenesis / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / regulation of mitotic nuclear division / mitotic metaphase chromosome alignment / cullin family protein binding / positive regulation of telomere capping / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / blastocyst development / Transcriptional Regulation by VENTX / mitotic spindle assembly / spindle assembly / positive regulation of axon extension / ヘテロクロマチン / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of telomerase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / regulation of mitotic cell cycle / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / nuclear periphery / AURKA Activation by TPX2 / meiotic cell cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / condensed nuclear chromosome / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / chromosome segregation / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / brain development / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / 紡錘体 / 動原体 / spindle / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 紡錘体 / ubiquitin-protein transferase activity / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / ubiquitin protein ligase activity / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / mitotic cell cycle / nervous system development / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / protein phosphatase binding / 微小管 / protein autophosphorylation / 細胞分化 / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / protein-containing complex / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Alfieri, C. / Barford, D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020 タイトル: A unique binding mode of Nek2A to the APC/C allows its ubiquitination during prometaphase. 著者: Claudio Alfieri / Thomas Tischer / David Barford / 要旨: The anaphase-promoting complex (APC/C) is the key E3 ubiquitin ligase which directs mitotic progression and exit by catalysing the sequential ubiquitination of specific substrates. The activity of ...The anaphase-promoting complex (APC/C) is the key E3 ubiquitin ligase which directs mitotic progression and exit by catalysing the sequential ubiquitination of specific substrates. The activity of the APC/C in mitosis is restrained by the spindle assembly checkpoint (SAC), which coordinates chromosome segregation with the assembly of the mitotic spindle. The SAC effector is the mitotic checkpoint complex (MCC), which binds and inhibits the APC/C. It is incompletely understood how the APC/C switches substrate specificity in a cell cycle-specific manner. For instance, it is unclear how in prometaphase, when APC/C activity towards cyclin B and securin is repressed by the MCC, the kinase Nek2A is ubiquitinated. Here, we combine biochemical and structural analysis with functional studies in cells to show that Nek2A is a conformational-specific binder of the APC/C-MCC complex (APC/C ) and that, in contrast to cyclin A, Nek2A can be ubiquitinated efficiently by the APC/C in conjunction with both the E2 enzymes UbcH10 and UbcH5. We propose that these special features of Nek2A allow its prometaphase-specific ubiquitination. | ||||||
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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PDBx/mmCIF形式 | 6tm5.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tm5.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tm5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/6tm5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Anaphase-promoting complex subunit ... , 11種, 13分子 ABDEGWILMNOXY
#1: タンパク質 | 分子量: 216775.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC1, TSG24 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H1A4 | ||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 9854.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC11, HSPC214 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYG5 | ||||||||||||
#4: タンパク質 | 分子量: 14286.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC15, C11orf51, HSPC020 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60006 | ||||||||||||
#5: タンパク質 | 分子量: 11677.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC16, C10orf104, CENP-27 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96DE5 | ||||||||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 9793.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC26, ANAPC12, C9orf17 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NHZ8 #8: タンパク質 | | 分子量: 92219.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC4, APC4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX5 #10: タンパク質 | | 分子量: 21282.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC10, APC10 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UM13 #11: タンパク質 | | 分子量: 8528.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS18 #12: タンパク質 | | 分子量: 93938.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX6 #13: タンパク質 | | 分子量: 85179.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC5, APC5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX4 #15: タンパク質 | 分子量: 66929.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC7, APC7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX3 |
-Cell division cycle protein ... , 3種, 6分子 CPFHJK
#3: タンパク質 | 分子量: 68921.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC23, ANAPC8 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UJX2 #6: タンパク質 | 分子量: 91973.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC27, ANAPC3, D0S1430E, D17S978E / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30260 #9: タンパク質 | 分子量: 71747.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC16, ANAPC6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13042 |
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-Serine/threonine-protein kinase ... , 2種, 2分子 SQ
#16: タンパク質 | 分子量: 51788.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEK2, NEK2A, NLK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P51955, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#17: タンパク質 | 分子量: 51848.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEK2, NEK2A, NLK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) 参照: UniProt: P51955, non-specific serine/threonine protein kinase |
-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 4分子 T
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1183.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
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#18: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of the Anaphase-promoting complex/Cyclosome, in complex with the Nek2A substrate at 3.9 angstrom resolution タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 29 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 233840 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 3.9 Å |