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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lxv | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of phosphoketolase from Bifidobacterium longum | ||||||
要素 | Phosphoketolaseホスホケトラーゼ | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / ketolase / thiamine diphosphate (チアミンピロリン酸) / octamer (オリゴマー) / Bifidobacterium longum / lyase activity (リアーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 フルクトース-6-リン酸ホスホケトラーゼ / fructose-6-phosphate phosphoketolase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bifidobacterium longum subsp. longum F8 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Nakata, K. / Miyazaki, N. / Yamaguchi, H. / Hirose, M. / Miyano, H. / Mizukoshi, T. / Kashiwagi, T. / Iwasaki, K. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2022 タイトル: High-resolution structure of phosphoketolase from Bifidobacterium longum determined by cryo-EM single-particle analysis. 著者: Kunio Nakata / Naoyuki Miyazaki / Hiroki Yamaguchi / Mika Hirose / Tatsuki Kashiwagi / Nidamarthi H V Kutumbarao / Osamu Miyashita / Florence Tama / Hiroshi Miyano / Toshimi Mizukoshi / Kenji Iwasaki / 要旨: In bifidobacteria, phosphoketolase (PKT) plays a key role in the central hexose fermentation pathway called "bifid shunt." The three-dimensional structure of PKT from Bifidobacterium longum with co- ...In bifidobacteria, phosphoketolase (PKT) plays a key role in the central hexose fermentation pathway called "bifid shunt." The three-dimensional structure of PKT from Bifidobacterium longum with co-enzyme thiamine diphosphate (ThDpp) was determined at 2.1 Å resolution by cryo-EM single-particle analysis using 196,147 particles to build up the structural model of a PKT octamer related by D symmetry. Although the cryo-EM structure of PKT was almost identical to the X-ray crystal structure previously determined at 2.2 Å resolution, several interesting structural features were observed in the cryo-EM structure. Because this structure was solved at relatively high resolution, it was observed that several amino acid residues adopt multiple conformations. Among them, Q546-D547-H548-N549 (the QN-loop) demonstrate the largest structural change, which seems to be related to the enzymatic function of PKT. The QN-loop is at the entrance to the substrate binding pocket. The minor conformer of the QN-loop is similar to the conformation of the QN-loop in the crystal structure. The major conformer is located further from ThDpp than the minor conformer. Interestingly, the major conformer in the cryo-EM structure of PKT resembles the corresponding loop structure of substrate-bound Escherichia coli transketolase. That is, the minor and major conformers may correspond to "closed" and "open" states for substrate access, respectively. Moreover, because of the high-resolution analysis, many water molecules were observed in the cryo-EM structure of PKT. Structural features of the water molecules in the cryo-EM structure are discussed and compared with water molecules observed in the crystal structure. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lxv.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lxv.ent.gz | 968.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lxv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lx/6lxv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93450.016 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. longum F8 (バクテリア) 遺伝子: BIL_11880 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D6D942, フルクトース-6-リン酸ホスホケトラーゼ #2: 化合物 | ChemComp-TPP / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Phosphoketolase with thiamine-diphophate / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bifidobacterium longum subsp. longum F8 (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pET24 |
緩衝液 | pH: 9 |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: MOLYBDENUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2750 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 45 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 2897 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 426149 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 194517 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT |