[日本語] English
万見
- PDB-6iat: Icosahedrally averaged capsid of bacteriophage P68 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6iat
タイトルIcosahedrally averaged capsid of bacteriophage P68
要素
  • Arstotzka protein
  • Major head protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / bacteriophage capsid / HK97 fold
機能・相同性Uncharacterized protein / Major head protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus phage P68 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Hrebik, D. / Skubnik, K. / Fuzik, T. / Plevka, P.
資金援助 チェコ, 4件
組織認可番号国
Czech Science Foundation15-21631Y チェコ
Czech Science Foundation18-17810S チェコ
European Molecular Biology Organization3041 チェコ
16-29916A チェコ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structure and genome ejection mechanism of phage P68.
著者: Dominik Hrebík / Dana Štveráková / Karel Škubník / Tibor Füzik / Roman Pantůček / Pavel Plevka /
要旨: Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect ...Phages infecting can be used as therapeutics against antibiotic-resistant bacterial infections. However, there is limited information about the mechanism of genome delivery of phages that infect Gram-positive bacteria. Here, we present the structures of native phage P68, genome ejection intermediate, and empty particle. The P68 head contains 72 subunits of inner core protein, 15 of which bind to and alter the structure of adjacent major capsid proteins and thus specify attachment sites for head fibers. Unlike in the previously studied phages, the head fibers of P68 enable its virion to position itself at the cell surface for genome delivery. The unique interaction of one end of P68 DNA with one of the 12 portal protein subunits is disrupted before the genome ejection. The inner core proteins are released together with the DNA and enable the translocation of phage genome across the bacterial membrane into the cytoplasm.
履歴
登録2018年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Other / カテゴリ: symmetry
Item: _symmetry.Int_Tables_number / _symmetry.space_group_name_H-M
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

-
構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4438
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4438
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Major head protein
A: Major head protein
B: Major head protein
D: Major head protein
E: Arstotzka protein
F: Arstotzka protein
G: Arstotzka protein
H: Arstotzka protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,5108
ポリマ－215,5108
非ポリマー00
水0
1
C: Major head protein
A: Major head protein
B: Major head protein
D: Major head protein
E: Arstotzka protein
F: Arstotzka protein
G: Arstotzka protein
H: Arstotzka protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,930,577480
ポリマ－12,930,577480
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Major head protein
A: Major head protein
B: Major head protein
D: Major head protein
E: Arstotzka protein
F: Arstotzka protein
G: Arstotzka protein
H: Arstotzka protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.08 MDa, 40 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,077,54840
ポリマ－1,077,54840
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
C: Major head protein
A: Major head protein
B: Major head protein
D: Major head protein
E: Arstotzka protein
F: Arstotzka protein
G: Arstotzka protein
H: Arstotzka protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.29 MDa, 48 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,293,05848
ポリマ－1,293,05848
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1

-
要素

#1: タンパク質
Major head protein


分子量: 46954.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage P68 (ファージ) / 参照: UniProt: Q859I3
#2: タンパク質
Arstotzka protein


分子量: 6922.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Staphylococcus phage P68 (ファージ) / 参照: UniProt: Q859I2

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Staphylococcus phage P68VIRUSall0NATURAL
2Major capsid proteinCOMPLEX#11NATURAL
3Arstotzka proteinCOMPLEX#21NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
1119.7 MDaNO
210.047 MDaNO
310.0069 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Staphylococcus phage P68 (ファージ)204090
32Staphylococcus phage P68 (ファージ)204090
43Staphylococcus phage P68 (ファージ)204090
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Staphylococcus aureus / 株: dTarM 4220
ウイルス殻名称: Capsidカプシド / 直径: 480 nm / 三角数 (T数): 4
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMtris(hydroxymethyl)aminomethaneTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン1
210 mMcalcium chlorideCaCl1
310 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot time 2s; blot force -2; 3.6 ul of sample

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1 sec. / 電子線照射量: 21 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2891
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (dev_3042: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN22.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティング
9PHENIXdev:3042モデル精密化
10RELION2.1初期オイラー角割当
11RELION2.1最終オイラー角割当
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 37218 / 詳細: Manual selection in EMAN
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21625 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化解像度: 3.3→360.794 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 100 / 位相誤差: 34.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3181 32700 5 %
Rwork0.3193 --
obs0.3192 654272 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00972090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17497250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.18826695
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08710715
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00612430

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る