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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5yzc | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with a fusion inhibitor compound (AS-48) | ||||||||||||||||||
要素 | (glycoprotein ...糖タンパク質) x 2 | ||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / glycoprotein (糖タンパク質) / fusion protein (融合タンパク質) / paramyxovirus / inhibitor (酵素阻害剤) / chemical compound | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Measles virus (麻疹ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.334 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Hashiguchi, T. / Fukuda, Y. / Matsuoka, R. / Kuroda, D. / Kubota, M. / Shirogane, Y. / Watanabe, S. / Tsumoto, K. / Kohda, D. / Plemper, R.K. / Yanagi, Y. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Structures of the prefusion form of measles virus fusion protein in complex with inhibitors. 著者: Hashiguchi, T. / Fukuda, Y. / Matsuoka, R. / Kuroda, D. / Kubota, M. / Shirogane, Y. / Watanabe, S. / Tsumoto, K. / Kohda, D. / Plemper, R.K. / Yanagi, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5yzc.cif.gz | 108.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5yzc.ent.gz | 79 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5yzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yz/5yzc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 10524.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Measles virus (strain Ichinose-B95a) (麻疹ウイルス) 株: Ichinose-B95a / 遺伝子: F / Cell (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q786F3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 44925.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The fusion protein of glycoprotein F1,measles virus fusion protein and Tags 由来: (組換発現) Measles virus (strain Ichinose-B95a) (麻疹ウイルス), (組換発現) Measles virus (麻疹ウイルス) 株: Ichinose-B95a, IC-B / 遺伝子: F / Cell (発現宿主): S2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q786F3 |
-糖 , 2種, 2分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 159分子
#5: 化合物 | ChemComp-95C / |
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#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium formate, glycerol, sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.334→119.852 Å / Num. obs: 34515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.334→2.342 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5YXW 解像度: 2.334→53.6 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.334→53.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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