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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5y16 | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human DUSP28(Y102H) | ||||||||||||
要素 | Dual specificity phosphatase 28 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / DUSP28 / dual-specificity phosphatase / DUSP / protein tyrosine phosphatase (プロテインチロシンホスファターゼ) / PTP | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / 脱リン酸化 / protein dephosphorylation / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.399 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Ku, B. / Kim, M. / Kim, S.J. / Ryu, S.E. | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017 タイトル: Structural and biochemical analysis of atypically low dephosphorylating activity of human dual-specificity phosphatase 28 著者: Ku, B. / Hong, W. / Keum, C.W. / Kim, M. / Ryu, H. / Jeon, D. / Shin, H.C. / Kim, J.H. / Kim, S.J. / Ryu, S.E. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5y16.cif.gz | 70.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5y16.ent.gz | 50.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5y16.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/5y16 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20576.473 Da / 分子数: 2 / 変異: R59Q, Y102H, C103S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUSP28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q4G0W2, protein-serine/threonine phosphatase, プロテインチロシンホスファターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.5, 100 mM NaCl, 28% [w/v] polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 12461 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 89.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5Y15 解像度: 2.399→27.634 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.51 / 位相誤差: 23.71
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.399→27.634 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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