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- PDB-5xyn: The crystal structure of Csm2-Psy3-Shu1-Shu2 complex from budding... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xyn
タイトルThe crystal structure of Csm2-Psy3-Shu1-Shu2 complex from budding yeast
要素
  • Chromosome segregation in meiosis protein 2
  • Platinum sensitivity protein 3
  • Suppressor of HU sensitivity involved in recombination protein 1
  • Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Comlex / REPLICATION (DNA複製)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / Shu complex / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / 相同組換え / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / 核小体 ...positive regulation of single-strand break repair via homologous recombination / Shu complex / error-free postreplication DNA repair / meiotic chromosome segregation / maintenance of rDNA / DNA recombinase assembly / 相同組換え / error-free translesion synthesis / site of double-strand break / 核小体 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Shu complex, component Psy3 / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Shu complex component Csm2, DNA-binding / Shu complex component Psy3, DNA-binding description / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of HU sensitivity involved in recombination protein 1 / Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2 / Chromosome segregation in meiosis protein 2 / Platinum sensitivity protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, S. / Zhang, T. / Ding, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31521061 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08010302 中国
Ministry of Science and Technology of China2013CB910404 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for the functional role of the Shu complex in homologous recombination.
著者: Zhang, S. / Wang, L. / Tao, Y. / Bai, T. / Lu, R. / Zhang, T. / Chen, J. / Ding, J.
履歴
登録2017年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Platinum sensitivity protein 3
B: Chromosome segregation in meiosis protein 2
C: Suppressor of HU sensitivity involved in recombination protein 1
D: Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,7685
ポリマ－96,7034
非ポリマー651
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.240, 174.240, 102.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Platinum sensitivity protein 3


分子量: 28427.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSY3, YLR376C, L8039.17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12318
#2: タンパク質 Chromosome segregation in meiosis protein 2 /


分子量: 24983.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSM2, YIL132C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40465
#3: タンパク質 Suppressor of HU sensitivity involved in recombination protein 1


分子量: 17138.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SHU1, YHL006C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38751
#4: タンパク質 Suppressor of hydroxyurea sensitivity protein 2


分子量: 26152.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SHU2, YDR078C, D4436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38957
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2M potassium sodium tartrate, 10% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 24375 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 53.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.924 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.426.30.69223960.7910.2890.7541.023100
3.42-3.556.30.5130.8710.2150.561.01399.9
3.55-3.726.90.3660.930.1460.3960.993100
3.72-3.916.80.2610.9670.1050.2830.999100
3.91-4.166.70.170.9850.0690.1850.992100
4.16-4.486.40.0970.9930.0410.1060.924100
4.48-4.936.50.0720.9950.030.0790.923100
4.93-5.646.80.0650.9960.0260.0710.84399.8
5.64-7.16.20.0550.9970.0230.060.78499.9
7.1-506.20.0270.9980.0120.030.74499.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHENIX位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→44.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.444 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25426 1223 5.1 %RANDOM
Rwork0.21738 ---
obs0.21929 22654 97.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→44.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6027 0 1 0 6028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.978333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.1175732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.19224.24283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.902151072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8511533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.301→3.387 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 62 -
Rwork0.275 1381 -
obs--82.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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