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- PDB-5eh1: Crystal structure of the extracellular part of receptor 2 of huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5eh1
タイトルCrystal structure of the extracellular part of receptor 2 of human interferon gamma
要素Interferon gamma receptor 2
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / interferon gamma (インターフェロンγ) / immunity / fibronectin III domain (フィブロネクチン)
機能・相同性
機能・相同性情報


type II interferon receptor activity / type III interferon-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / IFNG signaling activates MAPKs / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / microglial cell activation / response to virus / cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to virus ...type II interferon receptor activity / type III interferon-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / IFNG signaling activates MAPKs / type II interferon-mediated signaling pathway / Regulation of IFNG signaling / microglial cell activation / response to virus / cytoplasmic vesicle membrane / cellular response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / Interferon gamma signaling / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / Tissue factor / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
システイン / Interferon gamma receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kolenko, P. / Mikulecky, P. / Zahradnik, J. / Dohnalek, J. / Koval, T. / Cerny, J. / Necasova, I. / Schneider, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of human interferon-gamma receptor 2 reveals the structural basis for receptor specificity.
著者: Mikulecky, P. / Zahradnik, J. / Kolenko, P. / Cerny, J. / Charnavets, T. / Kolarova, L. / Necasova, I. / Pham, P.N. / Schneider, B.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月14日Group: Database references
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon gamma receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2708
ポリマ－26,2081
非ポリマー1,0617
水5,603311
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1560 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.102, 58.102, 377.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-669-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Interferon gamma receptor 2 / / IFN-gamma-R2 / Interferon gamma receptor accessory factor 1 / AF-1 / Interferon gamma transducer 1


分子量: 26208.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNGR2, IFNGT1 / プラスミド: pMT-BiP-V5-His_A
詳細 (発現宿主): pMT-BiP-V5-His_A vector co-transfected with the pCoBlast for selection
細胞株 (発現宿主): Schneider 2 cells
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P38484
#2: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES pH 5.0 + 10% PEG 6000, cryoprotected in 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→62.88 Å / Num. obs: 36722 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.799→1.91 Å / 冗長度: 19.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2455 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→62.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / SU B: 2.254 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1820 5 %Random selection
Rwork0.19 ---
obs0.191 36722 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20.16 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→62.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 0 67 311 2049
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.021876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.962575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90134001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9945229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.42823.64785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.815290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3521510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.872.39864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8622.385863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0053.5561080
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0063.5611081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4492.7121012
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4472.7121012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9543.9531482
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55221.6322251
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.56620.1192084
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 144 -
Rwork0.288 2455 -
obs--99.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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