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- PDB-5dq9: Structure of S55-3 Fab in complex with Lipid A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dq9
タイトルStructure of S55-3 Fab in complex with Lipid A
要素
  • MAb 44B1 light chain
  • S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / antibody (抗体) / Fab / complex / carbohydrate (炭水化物)
機能・相同性抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Haji-Ghassemi, O. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Lipid A-antibody structures reveal a widely-utilized pocket specific for negatively charged groups derived from from unrelated V-genes
著者: Haji-Ghassemi, O. / Muller-Loennies, S. / Rodriguez, T. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain
B: MAb 44B1 light chain
C: S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain
D: MAb 44B1 light chain
H: S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain
L: MAb 44B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,28711
ポリマ－142,4636
非ポリマー1,8245
水8,701483
1
A: S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain
B: MAb 44B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0723
ポリマ－47,4882
非ポリマー5841
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
2
C: S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain
D: MAb 44B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1074
ポリマ－47,4882
非ポリマー6202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
3
H: S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain
L: MAb 44B1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1074
ポリマ－47,4882
非ポリマー6202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)338.121, 52.865, 75.391
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.950, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-301-

CL

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22H
13B
23D
14B
24L
15C
25H
16D
26L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 222
2010C1 - 222
1020A1 - 222
2020H1 - 222
1030B1 - 215
2030D1 - 215
1040B1 - 215
2040L1 - 215
1050C1 - 222
2050H1 - 222
1060D1 - 214
2060L1 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: 抗体 S55-3 Fab (IgG2b) heavy chain


分子量: 23382.039 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 MAb 44B1 light chain


分子量: 24105.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ascites / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono- ...2-acetamido-2-deoxy-4-O-phosphono-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 584.361 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_1*OPO/3O/3=O_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_4*OPO/3O/3=O]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][P]{[(0+1)][a-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+0)][P]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 483 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 1M LiCl, 0.1M citric acid, and 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月30日 / 詳細: OSMIC BLUE MIRRORS
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 94048 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.064 / Net I/av σ(I): 14.362 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 385955
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-2.024.20.57792940.99298.7
2.02-2.14.20.43293481.08598.7
2.1-2.24.20.34493521.0898.7
2.2-2.314.20.28593471.0898.9
2.31-2.464.20.23693391.06898.9
2.46-2.654.20.17994031.06998.9
2.65-2.914.10.13294461.07398.9
2.91-3.3340.09693741.03998.4
3.33-4.23.80.06494451.09298.2
4.2-253.80.0597001.06198.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ODS

4ods


解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2569 / WRfactor Rwork: 0.2226 / FOM work R set: 0.8071 / SU B: 4.548 / SU ML: 0.13 / SU R Cruickshank DPI: 0.1978 / SU Rfree: 0.1671 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 4730 5 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2139 89318 98.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.18 Å2 / Biso mean: 38.843 Å2 / Biso min: 8.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.75 Å2
2---0.71 Å20 Å2
3---0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9801 0 113 484 10398
Biso mean--20.07 37.22 -
残基数----1292
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0210147
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.029153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4721.96213827
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1093.00521211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55551281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59924.03397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.794151577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9241548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2933.7795157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2933.7795156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4415.656427
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A111570.1
12C111570.1
21A112250.1
22H112250.1
31B113560.12
32D113560.12
41B111360.12
42L111360.12
51C114180.09
52H114180.09
61D111080.11
62L111080.11
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 293 -
Rwork0.257 6279 -
all-6572 -
obs--93.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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