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Yorodumi- PDB-5x4g: Crystal structure of Fab fragment of anti-CD147 monoclonal antibo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5x4g | |||||||||
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Title | Crystal structure of Fab fragment of anti-CD147 monoclonal antibody 6H8 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / CD147 | |||||||||
Function / homology | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Function and homology information | |||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45 Å | |||||||||
Authors | Lin, P. / Zhang, M.-Y. / Chen, X. / Ye, S. / Yu, X.-L. / Zhang, R.-G. / Zhu, P. / Chen, Z.-N. | |||||||||
Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of CD147 C2 domain in complex with Fab of its monoclonal antibody Authors: Zhang, M.-Y. / Lin, P. / Zhu, P. / Chen, Z.-N. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5x4g.cif.gz | 193.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5x4g.ent.gz | 159.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5x4g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x4g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 26331.660 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
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#2: Antibody | Mass: 25913.680 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Production host: Mus musculus (house mouse) |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: evaporation / Details: 0.16M NaSCN, 26% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97852 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97852 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.45→31.34 Å / Num. obs: 77443 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 1 % / Net I/σ(I): 10.9 |
Reflection shell | Resolution: 1.45→1.47 Å / Redundancy: 1 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.45→31.339 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.88
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.45→31.339 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -7.4795 Å / Origin y: -30.3007 Å / Origin z: 11.6731 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |