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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4v7n | |||||||||
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タイトル | Glycocyamine kinase, beta-beta homodimer from marine worm Namalycastis sp., with transition state analog Mg(II)-ADP-NO3-glycocyamine. | |||||||||
要素 | Glycocyamine kinase beta chain | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / phosphagen kinase / glycocyamine kinase / transition state analog / Kinase (キナーゼ) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Namalycastis sp. ST01 (無脊椎動物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Lim, K. / Pullalarevu, S. / Herzberg, O. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Structural basis for the mechanism and substrate specificity of glycocyamine kinase, a phosphagen kinase family member. 著者: Lim, K. / Pullalarevu, S. / Surabian, K.T. / Howard, A. / Suzuki, T. / Moult, J. / Herzberg, O. #1: ジャーナル: COMP.BIOCHEM.PHYSIOL. B: BIOCHEM.MOL.BIOL. / 年: 2005 タイトル: Isolation, characterization, and cDNA-derived amino acid sequence of glycocyamine kinase from the tropical marine worm Namalycastis sp. 著者: Mizuta, C. / Tanaka, K. / Suzuki, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4v7n.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4v7n.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 4v7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/4v7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/4v7n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 36分子 AAABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARBABBBCBDBEBFBGBHBIBJBKBL...
#1: タンパク質 | 分子量: 44108.363 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Namalycastis sp. ST01 (無脊椎動物) 遺伝子: GK-beta, GK_beta / プラスミド: pGK_beta221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star(DE3) / 参照: UniProt: Q6AW42, EC: 2.7.3.1 |
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-非ポリマー , 5種, 4918分子
#2: 化合物 | ChemComp-NMG / #3: 化合物 | ChemComp-ADP / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-NO3 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 22.5% polyethylene glycol monomethyl ether (PMME) 2000, 0.1M calcium acetate, 0.1M Tris HCl, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 610182 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.403 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 81.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entries 1u6r and 1vrp 解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Used twinning refinement with twin operator (-h,-k,l) in Phenix program. Estimated twin fraction was 0.31.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28 Å2 | ||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree: 0.344 / Rfactor Rwork: 0.273 |