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- PDB-6hwr: Red kidney bean purple acid phosphatase in complex with adenosine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hwr
タイトルRed kidney bean purple acid phosphatase in complex with adenosine divanadate
要素(Fe(3+)-Zn(2+) purple acid ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Purple acid phosphatase / metallohydrolases / transition state (遷移状態) / catalysis / osteoporosis (骨粗鬆症)
機能・相同性
機能・相同性情報


酸性ホスファターゼ / acid phosphatase activity / ferric iron binding / zinc ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase-like / Purple acid phosphatase, N-terminal / Iron/zinc purple acid phosphatase-like C-terminal domain / Purple acid phosphatase, metallophosphatase domain / Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C / Purple acid Phosphatase, N-terminal domain / Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 ...Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Purple acid phosphatase-like / Purple acid phosphatase, N-terminal / Iron/zinc purple acid phosphatase-like C-terminal domain / Purple acid phosphatase, metallophosphatase domain / Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C / Purple acid Phosphatase, N-terminal domain / Purple acid phosphatase-like, N-terminal / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / adenosine divanadate / Chem-H1T / pentakis(oxidanyl)vanadium / 2-プロパノール / TRIETHYLENE GLYCOL / VANADATE ION / Chem-VV6 / Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Phaseolus vulgaris (インゲン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Feder, D. / Gahan, L.R. / McGeary, R.P. / Guddat, L.W. / Schenk, G.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research CouncilDP150104358 オーストラリア
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019
タイトル: The Binding Mode of an ADP Analogue to a Metallohydrolase Mimics the Likely Transition State.
著者: Feder, D. / Gahan, L.R. / McGeary, R.P. / Guddat, L.W. / Schenk, G.
履歴
登録2018年10月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2019年4月3日ID: 4KKZ
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年6月26日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
B: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
A: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
D: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,46197
ポリマ－198,2234
非ポリマー12,23993
水40,1012226
1
C: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
D: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,39250
ポリマ－99,1122
非ポリマー6,28048
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12560 Å2
ΔGint-229 kcal/mol
Surface area31320 Å2
手法PISA
2
B: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
A: Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,06947
ポリマ－99,1112
非ポリマー5,95845
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11240 Å2
ΔGint-292 kcal/mol
Surface area31240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.242, 126.242, 296.877
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

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Fe(3+)-Zn(2+) purple acid ... , 2種, 4分子 CBAD

#1: タンパク質 Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase / PAP / Iron(III)-zinc(II) purple acid phosphatase


分子量: 49555.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 参照: UniProt: P80366, 酸性ホスファターゼ
#2: タンパク質 Fe(3+)-Zn(2+) purple acid phosphatase / PAP / Iron(III)-zinc(II) purple acid phosphatase


分子量: 49556.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phaseolus vulgaris (インゲン) / 参照: UniProt: P80366, 酸性ホスファターゼ

-
糖 , 3種, 12分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 14種, 2307分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#7: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O4
#12: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#13: 化合物 ChemComp-H1T / [[[[bis($l^{1}-oxidanyl)-[$l^{1}-oxidanyl-[tris($l^{1}-oxidanyl)vanadiooxy]vanadio]oxy-vanadio]oxy-bis($l^{1}-oxidanyl)vanadio]oxy-oxidanylidene-vanadio]-[bis($l^{1}-oxidanyl)vanadio]-$l^{3}-oxidanyl]-tetrakis($l^{1}-oxidanyl)vanadium


分子量: 676.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O20V7
#14: 化合物 ChemComp-VV6 / [[[[bis(oxidanyl)-[tris(oxidanyl)vanadiooxy]vanadio]oxy-bis(oxidanyl)vanadio]-oxidanylidene-vanadio]oxy-oxidanyl-vanadio]oxy-tetrakis(oxidanyl)vanadium


分子量: 589.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H12O17V6
#15: 化合物 ChemComp-H1Q / adenosine divanadate


分子量: 481.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H13N5O11V2
#16: 化合物 ChemComp-H1W / pentakis(oxidanyl)vanadium


分子量: 135.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H5O5V
#17: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#18: 化合物 ChemComp-VN3 / VANADATE ION / METAVANADATE / バナジン酸塩


分子量: 98.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO3
#19: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.35 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.3 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→19.97 Å / Num. obs: 199405 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 19.55 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.214 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.226 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 1.193 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 28831 / CC1/2: 0.585 / Rpim(I) all: 0.419 / Rrim(I) all: 1.265 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DHL

4dhl


解像度: 1.95→19.966 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 2001 1 %
Rwork0.1632 --
obs0.1635 199304 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13988 0 658 2226 16872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88720735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0275435
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592095
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.99870.26561420.245613917X-RAY DIFFRACTION100
1.9987-2.05270.27691400.222913941X-RAY DIFFRACTION100
2.0527-2.11310.21351430.20913989X-RAY DIFFRACTION100
2.1131-2.18120.22291420.189513997X-RAY DIFFRACTION100
2.1812-2.2590.24971430.181513981X-RAY DIFFRACTION100
2.259-2.34940.19281410.17114005X-RAY DIFFRACTION100
2.3494-2.45610.22451450.165314000X-RAY DIFFRACTION100
2.4561-2.58530.21761410.163614032X-RAY DIFFRACTION100
2.5853-2.74690.21291410.168214058X-RAY DIFFRACTION100
2.7469-2.95840.20431450.163814114X-RAY DIFFRACTION100
2.9584-3.2550.21671430.157414093X-RAY DIFFRACTION100
3.255-3.72330.16231420.132314206X-RAY DIFFRACTION100
3.7233-4.6810.13591470.121114294X-RAY DIFFRACTION100
4.681-19.96660.19071460.170914676X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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