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万見
- PDB-4h4k: Structure of the Cmr2-Cmr3 subcomplex of the Cmr RNA-silencing complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h4k
タイトルStructure of the Cmr2-Cmr3 subcomplex of the Cmr RNA-silencing complex
要素(CRISPR system Cmr subunit ...) x 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Ferredoxin (フェレドキシン) / Palm (パーム) / RAMP (斜面) / Repeat Associated Mysterious Protein / Polymerase (ポリメラーゼ) / Nuclease (ヌクレアーゼ) / RNA-interference / Cmr proteins CRISPR RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to virus / nucleotide binding / RNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2940 / Immunoglobulin-like - #4350 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #70 / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D2 domain, helical bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D4 domain, six-helix bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain ...Alpha-Beta Plaits - #2940 / Immunoglobulin-like - #4350 / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A - #70 / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D2 domain, helical bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D4 domain, six-helix bundle / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / : / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, first helical domain / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, Zn-binding domain / CRISPR-associated protein, TM1793 / CRISPR-associated protein, Cmr3 / CRISPR-associated protein (Cas_Cmr3) / Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A / CRISPR-associated protein Cmr2 / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / CRISPR-Cas system, Cmr2 subunit, D1 domain, cysteine cluster / CRISPR-associated protein Cmr2, N-terminal / : / CRISPR RNA silencing complex Cmr2 subunit, second helical domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CRISPR system Cmr subunit Cmr2 / CRISPR system Cmr subunit Cmr3
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.804 Å
データ登録者Shao, Y. / Cocozaki, A.I. / Ramia, N.F. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Li, H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structure of the cmr2-cmr3 subcomplex of the cmr RNA silencing complex.
著者: Shao, Y. / Cocozaki, A.I. / Ramia, N.F. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Li, H.
履歴
登録2012年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月27日Group: Database references
改定 1.22016年3月30日Group: Other
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR system Cmr subunit Cmr3
C: CRISPR system Cmr subunit Cmr2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,4476
ポリマ－116,8282
非ポリマー6194
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4410 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area38470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.523, 135.958, 189.655
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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CRISPR system Cmr subunit ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 CRISPR system Cmr subunit Cmr3 / CRISPR type III-B/RAMP module-associated protein Cmr3


分子量: 36366.379 Da / 分子数: 1 / 断片: Cmr3 (unp residues 1-322) / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cmr3, PF1128 / プラスミド: PET200D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8U1S7
#2: タンパク質 CRISPR system Cmr subunit Cmr2 / CRISPR-associated protein Cas10/Cmr2 / subtype III-B


分子量: 80461.828 Da / 分子数: 1 / 断片: Cmr2dHD (unp residues 215-871) / 変異: dHD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: cmr2, PF1129 / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q8U1S6

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非ポリマー , 4種, 5分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 20% Polyethylene Glycol (PEG1500) , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.0456 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月11日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0456 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 32825 / Num. obs: 32764 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.804→36.833 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2838 1909 6.11 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
obs0.2185 31226 94.95 %-
all-32825 --
溶媒の処理減衰半径: 1.13 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.57 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.8455 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.5081 Å20 Å2
3----5.3374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.804→36.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6979 0 34 1 7014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1469682
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.632714
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071075
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041200
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8039-2.8740.46521080.36581727X-RAY DIFFRACTION79
2.874-2.95170.37441240.31081871X-RAY DIFFRACTION86
2.9517-3.03850.35271290.27971937X-RAY DIFFRACTION89
3.0385-3.13650.3431300.26761977X-RAY DIFFRACTION92
3.1365-3.24860.30671380.22962111X-RAY DIFFRACTION96
3.2486-3.37860.30951380.23772101X-RAY DIFFRACTION96
3.3786-3.53220.29951370.22392138X-RAY DIFFRACTION97
3.5322-3.71830.29681400.2062140X-RAY DIFFRACTION98
3.7183-3.9510.27491380.19782159X-RAY DIFFRACTION98
3.951-4.25560.26551430.18422196X-RAY DIFFRACTION99
4.2556-4.68310.2421430.17072186X-RAY DIFFRACTION99
4.6831-5.3590.26421440.18712219X-RAY DIFFRACTION100
5.359-6.7450.30921460.23782238X-RAY DIFFRACTION100
6.745-36.83590.24781510.21022317X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.4336 Å / Origin y: -46.5134 Å / Origin z: 28.7962 Å
111213212223313233
T0.2515 Å20.0499 Å20.0433 Å2-0.2152 Å2-0.11 Å2--0.2163 Å2
L0.3017 °2-0.1838 °2-0.0319 °2-0.4413 °20.1202 °2--0.332 °2
S0.0306 Å °-0.0704 Å °0.0971 Å °-0.0004 Å °-0.0991 Å °0.0982 Å °-0.0742 Å °-0.0686 Å °-0.3269 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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