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Yorodumi- PDB-7bmm: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7bmm | ||||||
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Title | Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radiodurans in apo form | ||||||
Components | PPK2 domain-containing protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Polyphosphate / ATP / kinase | ||||||
Function / homology | Polyphosphate:nucleotide phosphotransferase, PPK2 / Polyphosphate phosphotransferase / Polyphosphate kinase-2-related / Polyphosphate kinase 2 (PPK2) / polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHATE ION / Polyphosphate kinase-2-related domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.06 Å | ||||||
Authors | Silva, S.T.N. / Romao, C. | ||||||
Funding support | Portugal, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radiodurans in apo form Authors: Silva, S.T.N. / Romao, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7bmm.cif.gz | 762.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7bmm.ent.gz | 530 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7bmm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/7bmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/7bmm | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6aqeS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30549.445 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans R1 (radioresistant) Gene: DR_0132 / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q9RY20, ATP-polyphosphate phosphotransferase #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0,04 M potassium phosphate 2% PEG 8K 8% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I24 / Wavelength: 0.9999 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 6, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.06→83.98 Å / Num. obs: 46075 / % possible obs: 92.5 % / Redundancy: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 21.77 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 6.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.06→2.346 Å / Redundancy: 6.8 % / Num. unique obs: 2305 / CC1/2: 0.537 / % possible all: 72.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6aqe Resolution: 2.06→83.98 Å / SU ML: 0.2412 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.5989 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 30.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.06→83.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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