PDB-3tix: Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tix

タイトル

Crystal structure of the Chp1-Tas3 complex core

要素

Chromo domain-containing protein 1
Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

キーワード

GENE REGULATION/PROTEIN BINDING /

PIN (待ち針) /

Rossmann fold (ロスマンフォールド) /

SPOC / alpha-helical hairpin /

heterochromatin (ヘテロクロマチン) /

silencing /

RITS /

RNAi (RNA干渉) /

Argonaute (アルゴノート (タンパク質)) /

ClrC / RDRC /

Nucleus (Nucleus) / GENE REGULATION-PROTEIN BINDING complex

機能・相同性

機能・相同性情報

RITS complex / siRNA-mediated pericentric heterochromatin formation / mating-type region heterochromatin / heterochromatin island / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMOylation of SUMOylation proteins / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9001 Å

データ登録者

Schalch, T. / Joshua-Tor, L.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: The Chp1-Tas3 core is a multifunctional platform critical for gene silencing by RITS.
著者: Schalch, T. / Job, G. / Shanker, S. / Partridge, J.F. / Joshua-Tor, L.

履歴

登録	2011年8月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月7日	Group: Database references
改定 1.2	2011年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tix.cif.gz	480.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tix.ent.gz	399.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/3tix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4gyq-d 6u8d-d 5mql-d 4bwr-d 3hie-d 6s3t-2 6a9y-1 6pme-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

B: Chromo domain-containing protein 1

C: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

D: Chromo domain-containing protein 1

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

B: Chromo domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3

D: Chromo domain-containing protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.880, 172.200, 198.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-like protein SMT3,RNA-induced transcriptional silencing complex protein tas3 / RITS protein tas3 分子量: 23333.049 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN,N-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母), (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: ATCC 204508 / S288c, 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15, tas3, SPBC83.03c / プラスミド: pFL, Multibac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q12306, UniProt: O94687
#2: タンパク質	Chromo domain-containing protein 1 分子量: 52361.988 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL HALF / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: chp1, SPAC18G6.02c / プラスミド: pFL, Multibac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q10103
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: microseeding in 0.95 M potassium sodium tartrate, 100 mM MES, 180 mM sodium thiocyanate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月31日
放射	モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR WITH HORIZONTAL FOCUSING SAGITTAL BEND SECOND MONO CRYSTAL WITH 4:1 MAGNIFICATION RATIO AND VERTICALLY FOCUSING MIRROR プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→89.7 Å / Num. all: 40228 / Num. obs: 40143 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.93 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 8.04
反射シェル	解像度: 2.9→2.98 Å / 冗長度: 1.93 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
HKL2Map		モデル構築
SHELX		モデル構築
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS	(VERSION February 3	データ削減
XDS	(VERSION February 3	データスケーリング
HKL2Map		位相決定
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9001→65.063 Å / SU ML: 0.82
Isotropic thermal model: isotropic grouped main chain and side chain, TLS.
σ(F): 1.59 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: used riding hydrogens

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	1996	4.97 %
R_work	0.2107	-	-
obs	0.2123	40128	99.77 %
all	-	40228	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 55.61 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.1384 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	15.2281 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-8.0897 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9001→65.063 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9272	0	11	26	9309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	9464
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.526	12793
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.149	3554
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	1459
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1625

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9001-2.9726	0.3745	138	0.3079	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9726-3.053	0.3322	148	0.2959	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.053-3.1428	0.3238	146	0.2817	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1428-3.2442	0.311	147	0.2588	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2442-3.3602	0.2797	137	0.2452	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3602-3.4947	0.2814	133	0.2371	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4947-3.6538	0.2674	143	0.2197	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6538-3.8464	0.2458	141	0.2026	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8464-4.0873	0.2022	147	0.1893	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0873-4.4028	0.2072	135	0.1679	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4028-4.8458	0.2072	150	0.1602	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8458-5.5467	0.2392	143	0.19	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5467-6.9869	0.2574	137	0.2346	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9869-65.0794	0.2022	151	0.2012	2854	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5497	0.5283	-1.9688	3.028	-1.075	4.7177	0.265	0.5099	-0.2512	0.0243	-0.2112	0.1012	-0.2495	-0.0189	0.0242	0.4807	-0.0423	0.0508	0.7139	0.0512	0.6627	-27.5729	-26.1793	56.0326
2	1.3981	0.5742	-0.6572	2.5843	-0.7103	2.7274	0.1506	0.0103	0.3565	0.339	0.4611	1.0346	-0.3145	-0.4682	0.0001	0.9625	0.1069	0.1692	1.4108	0.5047	1.3801	-39.341	-3.7785	41.7386
3	2.3362	0.7635	-0.3867	1.2726	0.1419	2.1498	0.6947	0.4024	1.8045	-0.2436	-0.3147	0.0273	-0.2402	-0.0698	-0	1.1635	0.0675	0.4817	0.9762	0.1616	1.6026	-51.1557	-14.0742	8.5321
4	4.7552	0.9018	-0.43	3.2011	-2.6012	4.054	0.0901	0.1043	0.4407	0.0785	0.3609	0.2036	0.1692	-0.1907	0.0259	0.6381	-0.0198	-0.0011	0.4386	0.0875	0.7659	-28.8804	-23.9582	-5.4617
5	6.075	1.3185	-2.1687	3.1805	0.4822	4.376	0.0054	0.1699	0.1848	0.2261	0.2248	0.5847	-0.0407	-0.2809	0	0.6513	-0.0378	0.0782	0.5195	0.1272	0.7972	-43.1973	-32.3042	77.0913
6	1.291	0.381	-1.5316	0.7556	0.211	1.9813	-0.4541	0.004	-0.6137	0.0572	0.2027	0.0124	0.4678	0.1082	0	0.6716	0.0091	0.0283	0.743	0.1063	0.6423	-20.7622	-32.7863	57.5372
7	4.1639	0.7283	-0.1826	4.1649	-0.2956	4.8034	-0.0233	0.4109	0.1327	-0.1777	0.1298	0.2429	-0.2961	-0.1939	-0	0.5137	-0.0228	0.0357	0.7374	0.079	0.4007	-9.3968	-20.6447	37.3158
8	1.7646	-0.1904	0.6705	4.5506	2.1314	1.2841	-0.4845	0.3686	-0.3527	-0.0013	0.253	-0.243	0.9357	1.2367	0.0006	0.6057	0.1032	0.0331	1.2046	0.0441	0.6144	0.732	-33.0586	18.8833
9	0.9401	-0.0745	0.4444	0.8324	0.9647	1.2489	-0.3771	0.1287	0.0103	-0.827	0.4044	-0.8124	0.8645	-0.6899	-0	0.9863	0.1028	0.0955	1.4362	-0.2398	1.1456	-0.267	-36.0161	-2.402
10	3.0033	-1.2741	-0.0836	3.1208	-0.2471	5.2355	-0.0039	0.8348	0.1743	0.2756	-0.0108	-0.0952	-0.0141	0.8924	0	0.627	-0.1109	0.0427	1.0631	-0.0684	0.5414	-3.1604	-26.9506	14.5551
11	2.5083	1.0321	1.4668	7.2095	-3.1651	4.1526	0.2074	0.2798	0.2202	-0.4313	0	0.049	0.0999	0.1776	0	0.7115	-0.0456	0.0621	0.7443	0.1374	0.8425	-22.1282	-7.7441	-27.6656
12	1.4113	-0.8647	0.7422	1.1542	-1.6573	2.5293	0.2938	0.5696	-0.289	-0.1038	-0.3124	-0.4257	0.2918	0.2278	-0.0001	0.6415	-0.0913	-0.0075	0.5551	-0.0732	0.7152	-22.0801	-30.7333	-8.9075
13	5.1982	0.6302	-0.4846	5.2525	-1.3009	4.5685	0.0216	-0.0664	0.0894	0.2194	0.264	0.1478	0.3684	-0.458	-0.0001	0.7148	-0.083	-0.0504	0.6372	0.06	0.6929	-32.5443	-43.5091	11.0467
14	2.8656	0.8279	1.7181	1.9087	1.6137	1.6076	0.7209	-0.4347	-0.9553	0.4044	-0.1974	-0.3972	1.5638	0.2607	0.0781	1.2938	0.0448	-0.2358	0.6861	0.3371	1.2379	-18.1985	-53.9587	27.6773
15	0.1432	0.1921	0.1403	0.3442	0.3618	0.3018	0.4532	-0.0019	-0.9306	0.2847	-0.8268	-0.4929	0.1615	0.0481	0.0001	1.7583	0.1158	-0.4277	1.4778	0.2843	1.6739	-14.0366	-54.9269	47.357
16	3.7303	0.038	1.0856	1.5662	0.3322	2.8664	0.6092	-0.4865	-0.6295	0.3366	-0.6453	-0.0465	0.5431	-0.2827	0.0001	1.2443	-0.1411	-0.2656	0.8549	0.2894	0.9907	-24.0583	-51.4383	32.518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid -4:100
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resid -100:-5
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and resid -100:-5
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain C and resid -4:100
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and resid 500:651
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain B and resid 652:683
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and resid 684:779
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and resid 799:845
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and resid 846:887
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and resid 888:960
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain D and resid 500:651
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain D and resid 652:683
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain D and resid 684:779
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain D and resid 799:845
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain D and resid 846:887
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain D and resid 888:960

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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