PDB-3rb7: Crystal structure of CBD12 from CALX1.2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rb7

タイトル

Crystal structure of CBD12 from CALX1.2

要素

Na/Ca exchange protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / calcium binding domain /

calcium binding (カルシウム)

機能・相同性

機能・相同性情報

rhabdomere membrane / calcium:sodium antiporter activity / neuromuscular process controlling posture / calcium ion import across plasma membrane /

phototransduction / sodium ion transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress /

筋鞘 / postsynapse /

calmodulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wu, M. / Zheng, L.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Basis of the Ca(2+) Inhibitory Mechanism of Drosophila Na(+)/Ca(2+) Exchanger CALX and Its Modification by Alternative Splicing.
著者: Wu, M. / Tong, S. / Gonzalez, J. / Jayaraman, V. / Spudich, J.L. / Zheng, L.

履歴

登録	2011年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rb7.cif.gz	211.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rb7.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/3rb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rb5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ra5-d 5lqf-2 4und-d 5lqf-1 4or5-1 6gu2-d 4ogr-3 5f9e-d 6yq7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Na/Ca exchange protein

B: Na/Ca exchange protein

E: Na/Ca exchange protein

G: Na/Ca exchange protein

ヘテロ分子

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Na/Ca exchange protein

G: Na/Ca exchange protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Na/Ca exchange protein

E: Na/Ca exchange protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.535, 107.535, 358.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Na/Ca exchange protein 分子量: 33793.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Calx, NCX, CG5685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24413, UniProt: Q9VDG5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE CONSTRUCT USED IN THIS STUDY IS AN ISOFORM OF UNIPROT ENTRY Q24413. THEY ...AUTHORS STATE THAT THE CONSTRUCT USED IN THIS STUDY IS AN ISOFORM OF UNIPROT ENTRY Q24413. THEY DIFFER IN THE SEQUENCES BETWEEN RESIDUES 651 AND 655.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.4 M ammonium sulfate, 16% Polyethylene glycol 3350, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月24日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→119.5 Å / Num. all: 37587 / Num. obs: 34280 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CrystalClear	データ収集
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
d*TREK	データ削減
d*TREK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→119.5 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.278	1579	5.1% random
R_work	0.2307	-	-
all	-	34280	-
obs	-	29597	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→119.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7895	0	36	38	7969

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_deg	1.255

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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